日本占领钓鱼岛可以使其势力范围向西南方延伸，并可对台湾海峡附近海域的主要航道实行军事监控。这样，钓鱼岛海域就成了日本进入台湾海峡，南下东南亚、南太平洋必经的战略之路，也是日本赖以生存的中东石油能源补给线上最西南端的一点。如果日本在此建立军事基地或部署重型武器，则无异于在中国的家门口设下了定时炸弹。
自古以来钓鱼岛海域即为中国渔民的主要渔场和避风港。每年渔季，由中国台湾省的基隆、宜兰等地和福建省前往作业的渔船有三千多艘。渔民在赤尾屿上还建有土寮。一些渔民一年有两三个月在岛上居住。在历史上，中国关于钓鱼岛的最早记载可追溯到千年前的隋朝，那时中国的台湾和钓鱼岛邻近着另一个独立的国家叫琉球，隋炀帝曾派使臣朱宽召其归顺。到了 14 世纪，明太祖威震四方，琉球王乃正式进贡朝廷，成为藩邦属国。
1372年，中国人杨载首先驻足钓鱼岛。明永乐年间出版的《顺风相送》对钓鱼岛有详细记载。其间明人在台湾辖区钓鱼岛采珠集药、捕鱼开发从未间断过，这些在明嘉庆 11 年陈侃所著的《使琉球录》中也有清楚记载。明朝中叶，戚继光等民族英雄抗击倭寇时，就以钓鱼岛为战略防线。1654年，清康熙帝册封琉球王为尚质王，定两年进贡一次，称中国为父国，用大清年号。明清期间的多幅疆海图都清楚标明钓鱼岛为中国的一部分。
1873年日本出兵侵占我属国琉球，并入日本改为“冲绳县”。由于此时清王朝腐败无能，面对琉球王派到京城哭诉求援的使臣，只向日本提出“强烈抗议”后就不了了之，琉球从此被日本掠夺。但其间钓鱼岛始终归大清国的台湾管辖。光绪 19 年（1893）10月，慈禧太后还把钓鱼岛列屿赏赐给清廷内务官盛宣怀，供其采药之用。
1895年中日甲午战争后，日本凭《马关条约》割去台湾和澎湖列岛。1945年日本向中、美、英、法等盟国投降，声明无条件地废除两国之间签订的一切不平等条约，《马关条约》随即废除。按照此约，台湾和它所属各个群岛包括钓鱼岛，全部回归中国。
1943年 12 月 1日，中、美、英三国发表《开罗宣言》，规定“把像满洲、台湾及澎湖列岛那样的日本国从清国人手中盗取的所有地域返还给中国。”1945年 7月 26 日，中、美、英三国又发布了《波茨坦公告》（8 月 8日苏联参加）。其中第八条强调：“《开罗宣言》之条件必须实施，而日本的主权必将仅限于本州、北海道、九州、四国及吾等所决定之诸小岛之内。”同年 8月 15 日，日本天皇宣布接受《波茨坦公告》，无条件投降。
战后美国为实现其遏制战略，将钓鱼岛置于美国的行政管理之下。1971年 6月，美国又将钓鱼岛随同冲绳一起“归还”给日本。这一无视中国主权的行为激起全球华人的极大愤慨，从 1971 年元月起，首先是美国华人留学生集合 2500多人，在联合国总部前举行保钓示威，迅速波及全球各地华人和台湾、香港、大陆，形成了波澜壮阔的全球华人“保钓运动”。这迫使美国不敢承认钓鱼岛主权归属日本，而只是说交给日本“管辖权”。
美国把钓鱼岛作为日本领土交给日本这件事，引起了美国华侨以及在美中国留学生的极大愤慨，第一次“保钓运动”，便由在美华人以及留学生发起了。当时中国大陆并没有和美国建立外交关系，没有留美学生，加上大陆又在进行“文化大革命”和知识青年上山下乡运动，对外完全封闭的中国大陆青年学生根本不知道有“保钓运动”这样一回事。
马英九他们到达美国时，正是美国的保钓运动兴起之时，各地留学生积极参与这次运动，并且希望将这一运动扩大到全球华人之中。台湾来的这批年轻大学生，自然成了他们争取的对象，马英九也因此得知钓鱼岛主权有可能被日本占有这件事。强烈的爱国心驱使他参与并且了解美国这场运动的情况，然后将这场运动带回了台湾。
马英九回到台湾时，得知台湾的高校，也正兴起保钓运动，台湾高校以台大为主力，正在筹备组织“6。17保钓大游行”。刚刚回到台湾的“亚太地区学生领袖访美团”成员，几乎全部参加了这次活动。马英九成为其中的积极分子，参与了部分的组织工作，也因此脱颖而出，为他后来迅速成为台大学生代联会秘书长奠定了基础。当时的台湾正实施戒严，严酷的“戒严法”对于任何游行集会都是禁绝的，在这种大背景下组织的“6。17大游行”，显然是因为背后有强大的政治势力支持，这股政治势力的总后台，便是蒋介石父子。
1971年，正是美中关系松动，日本和中国建交的前夕，为了达成这一大目标，中国政府不可能就某个历史遗留问题而影响到建交大业，所以，在建交谈判中，将钓鱼岛问题保留下来，而在国际范围内保钓运动兴起时，也不曾将这一消息在国内透露。蒋介石则不同，一旦美中日中建交，世界上将会有一大批西方国家会随着美国对中国态度的改变而同中国建立外交关系，从而和台湾断交，使得蒋介石集团的外交空间受到巨大打击。对此，蒋介石是极其不满的，所以，便借助保钓运动，将这种不满发泄出来。
蒋经国利用台湾学生发起保钓运动的主要阵地，是当时的一本学术性杂志《大学》。《大学》创刊于 1968 年 1月，总编辑是台湾大学心理系教授杨国枢。杂志创刊之初，主要刊发一些学术类稿件，由于主办者和撰稿人都是高级知识分子，因此在各大学教职人员以及学生之中，具有相当的影响力。蒋经国决定发起民间保钓运动的时候，自然看中了这本杂志，便在暗中指使他所掌握的那些骨干，在这本杂志上发表与保钓有关的政论性文章，从而彻底改变了这本杂志的办刊宗旨。
马英九不但是“保钓”的行动派，而且更是“保钓”的理论研究者。实际上，他在美国哈佛大学修读博士学位时的博士论文《怒海油争：东海海床划界及外人投资之法律问题》，就是台湾地区首部研究钓鱼台问题的学朮论着。马英九返台并在政治大学法律研究所教书时，又在这篇英文论文的基础上，再对钓鱼台问题深入研究，于一九八六年一月以中文写成《从新海洋法论钓鱼台列屿与东海划界问题》一书，由正中书局出版发行。一九九六年十月间，海峡两岸四地的中国人再次掀起“保卫钓鱼台”高潮，正中书局趁热再版了马英九的这本力著。
马英九的这本力著，共分“钓鱼台列屿的自然环境与石油蕴藏”、“钓鱼台列屿在中国东海划界主张中的地位”、“就国际法〔新海洋法〕泛论岛屿在海床划界中的效力”、“从国际法〔新海洋法〕论钓鱼台列屿在东海海床划界中的地位”等四章，并附有一篇题为“一九八五年利〔比亚〕马〔尔他〕大陆礁层案对钓鱼台列屿划界效力的意义”的“补述”。
这本书引述了大量的国际司法判例及国际条约，指证了钓鱼台是中国领土的法理依据。著名国际法学专家丘宏达在为该书作序时指出，近十年来，国际法在国家海域主张及其划界问题方面，有了许多重要的发展。许 多国家签订了不少双边海域划界条约，各国学者论着也纷纷出版。在我国〔按：指台湾地区〕学界，对国际法在这方面的快速发展，还没有详尽与有系统的研究著作出版，马英九这本书是第一本这样的著作。本书针对国际法上海域划界的理论与实践及如何适用到钓鱼台列屿上等问题，作了分析研究。
对着镜子练演讲马英九成为台湾新生代的政治明星，正是源于保钓运动。他从美国归来时，正是台湾保钓运动兴起之时。在美国，留学生中建立了数十个保钓组织，马英九的几个姐姐，当时都在美国留学，她们也都是保钓运动的积极参与者，马英九受她们的影响，在美国便参与了这项运动，并且受到不小的震撼。
回到台湾之后，他见这项运动也正在兴起，自然便成为其中的一员。当时，这项运动丝毫看不出有政治背景，似乎仅仅只是一些爱国学生在那里奔走呼喊。
刚开始时，马英九还只是这次运动普通的参与者和积极分子，他还不可能进入《大学》杂志的核心圈子，充其量也就是学生领袖中的中级层次，属于那种冲锋陷阵的一线指挥员。
但马英九在这次活动中的表现却异常突出，他充分发挥了自己演讲以及写作方面的才能，在许多次集会上发表慷慨激昂的演讲，又组织学生前往美国以及日本大使馆抗议，将由他亲手所写的抗议书递交给两国使馆。马英九个子很高，外貌又英俊，他领头走在抗议队伍的前列，十分引人注目。游行队伍中，他是领呼口号者之一，他似乎创造性地发挥了原已拟定的口号，喊出“日本无理，美国荒谬”的口号，令那些参与游行的大学生，感到异常贴切和振奋。
因为这项运动是蒋经国在幕后暗中支持，所以，运动中表现突出的学生，很容易受到蒋经国的关注。这次游行之后，保钓运动并没有结束，而是向纵深方向发展。从此以后，马英九一直都没有放弃保钓，即使是几年之后去美国留学时，他主持台湾留美学生刊物《波士顿通讯》，在上面发表了许多保钓文章。他从事博士研究时，也曾广泛研究过与保钓相关的课题。那时，他确实有一种雄心壮志，希望将来有朝一日，中国和日本就钓鱼岛主权进入国际法庭打官司的时候，由他来担任辩护律师。
正因为他的一贯表现以及在保钓运动中的突出成就，台湾大学国民党学生党部决定让他担任更为重要的学生领袖角色，提拔他担任了台大学生代联会秘书长。而马英九之所以能够担任秘书长一职而不是别的职务，却与他本人能说会唱，又能写一手好文章大有关联。那时正是保钓运动的高峰时期，每一所大学的学生领袖中，都需要强有力的笔杆子。这是个十分显赫的职位，从此，马英九真正步入了学生领袖的行列，也正式成为蒋经国青年后备军的预备人才。
有人因为保钓运动倒了霉，有人因此成了明星般的人物，马英九便是因为保钓成了人所共知的英雄。这之间的区别，真是微妙至极。这并不是说，当时的马英九，便已经有了足够的政治敏感，因此才能在这场微妙的斗争中立于不败之地。显然不是，他毕竟是一名十几岁的年轻大学生，各方面都还不成熟，不可能具备那样的政治敏感性。可是，他不仅没有被清洗，反而因此增加了自己的政治资本，原因何在？这与他父亲长期从事国民党党工有关。
马鹤凌是一名老牌的党务工作者，他具备三大特点，其一，对国民党的统治手段，有着充分的了解；其二，对于蒋经国的想法做法，有着绝对的把握；其三，对国民党的理想信念，有着绝对的真诚。否则，他根本不可能在太子班底中长期呆下去。既然有了这样的基础，他不可能不知道是谁在发起和操纵这项运动，如果这项运动的后台是蒋经国，那他肯定能知道蒋经国发起这次保钓运动的真实目的。即使他不会明确向儿子说明这一切，也会在暗中支持或指导儿子，让他明白哪些事该做�