侵略的主流民意，必须透过公投，让国际上能够更明确地了解。“行政院新闻局”宣布，愿意就是否应该举行公投一事与在野或民间人士举行 10 场辩论会，但国亲两党因选举考虑表示不愿意参加。
不过到 2月 17 日，公投辩论一事发生变化，政治评论家赵少康、无党籍立委陈文茜、作家李敖、民进党前主席许信良等 5名倾泛蓝的民间“名嘴”宣布愿意与“行政院”就公投议题辩论。他们指称：公投虽然是人民的基本权力，但是这次民进党发动的公投既不合法、又没必要，人民无论投赞同或支持，实际都预设了这种他们所宣称的违法行为，唯一的抵制方法应该是拒绝领票，让公投无法达到 50％投票率的门槛，而最终无效。
还有一个颇具争议性的问题是台湾教育改革。台湾教育改革 1994 年由中央研究院院长李远哲领导规划，但是在正式实施后暴露出许多问题。其中最突出的包括：学费升高、学生压力不减反升、学生学习品质下降等。陈水扁政府被指责应该为教改失败负责，特别是在学费调涨方面。在野党批评出生“三级贫户”的陈水扁在当选后脱离了底层中低收入阶层，学费负担过重令许多学生无法进入大学。民进党则反驳，教改是在国民党政府时期就已经开始推动，因此国民党才因负全部责任。且就学费涨幅而言。
在公投议题炒作不顺利后，民进党又转而展开另一波攻势，指责连战的家产取得不当。民进党称，连战祖上是台湾名门望族，但是家产都在日据期间被日本政府没收，连战现在的财产是从其祖父继承而来。但是连战的祖父、父亲与连战自己都是国民党公务员，怎么可能在三代之内积累财富 200亿台币？民进党又在连战矢口否认在国外拥有房产后，挖出连战在美国有三栋房产。国民党则先是否认连战 200亿财富的说法，后又指责陈水扁当总统的 3年内，股票市值增长 140％，而同时期全台湾人民股票市值平均减少 20％ ；国民党还称，陈水扁的儿子在服兵役期间就可以开跑车，置疑陈水扁的财产来源。
“黑金”是执政党利用行政优势，从财团或个人取得非法或不当利益。在过去，“黑金”一词始终于国民党联系在一起，国民党被认为是黑金政党。在 2000年的选举中，民进党的许多支持者，特别是在教育程度较高的支持者中，大多数都是为了“终结黑金”，才投票给民进党的。但是在这一次的选举中，民进党政府，甚至陈水扁本人的清廉作风遭到在野党置疑，最主要的批评就是陈水扁当选前一直攻击国民党黑金，当选后却立即与李登辉结盟，两人关系形同父子。
在选举之前 30 多天，正遭到台湾政府通缉的某集团前总裁陈由豪在香港表示，曾经以政治献金方式资助国、民两党。民进党指责陈是因为被通缉，所以才怀狠报复。 3月 1日，陈由豪又公开指控，宣称他曾经亲自到陈水扁家中，送给陈水扁妻子吴淑珍 600万现金。但是诸多指控，都未能提出更为明确的证据。而台湾的检调机关也持续要求陈由豪回国说明，但陈由豪却一直避不响应。由于陈由豪只透过媒体提出指控，因此也受到泛绿阵营普遍指控：泛蓝阵营在背后操纵的可能性。
3 月 15 日，陈由豪再度在美国召开记者会，公布了之前一直被广泛揣测的那位随陈由豪到陈水扁家的“大老”就是民进党立法委员沈富雄。对此沈富雄在3 天后出面说明：“可能”有此事，但不排除他自己或吴淑珍记错了，他还表示自己有相关的证据，但是一定要到法庭上才会公布。但是吴淑珍之后又表示自己不会记错：并无此事。
虽然民进党清廉形象因普遍亲泛蓝阵营媒体的密集质疑报导，多少遭到损害，但大多数台湾民众对国民党已经彻底洗心革面表示怀疑。国民党多处在独裁时代不当取得的资产，至今没有归还，且有透过所谓“信托化”的手段，藉以脱产的嫌疑。对于此一议题，除了泛绿阵营“立法委员”要求“政府”追讨外，“行政院”也提出“不当取得党产处理条例”。但在“立法院”遭到泛蓝阵营“立法委员”联手，在“程序委员会”封杀。
蓝绿双方的选举策略泛绿民进党的选举主轴很早已经定下，即以公投为选举的主轴，转移选民对经济状况的转移力，而更关心台湾的政治地位问题。此外民进党也拋出 2006 年新“宪法”，却故意模糊 2006 年新“宪法”的内容，在巩固自己的基本盘的情况下，也同时拉拢一些支持改革的中间选民。
另外泛绿也意识到必须团结、巩固自己的基本选民，为此他们动员 20 万人发动 10 、25公投大游行，再次展示自己在南部的实力。同时他们也通过“负面文宣”，批评对手的参选人，甚至不惜对对方进行人身攻击，如发布批泛蓝的光盘、指控宋楚瑜有小老婆、为马英九扣“红帽子”等，虽然有可能丧失一些中间选民的选票，却有利于巩固传统的亲泛绿选票。
民进党的策略在很大程度上是十分成功的，再加上陈水扁 2003 年 10 月过境美国出席多个公开场合，宣扬其在外交上的成就，使陈吕与连宋的民调差距从2003年 3月最高时的 15％左右已经缩小到 3％ 的误差范围以内，“总统府”秘书长丘义仁形容这次选举将会是“割喉战”，绿军仅差 40 万票。不过也有人评论，民调数字拉近主要并不是由于民进党的支持度上升（泛绿的支持度始终维持在 30％到 40％之间），而是由于泛蓝的支持度不断下滑，很多选民从原先的支持泛蓝改为不表态。
选战开始时，民进党的主要策略就是攻击 2000 年大选时声望较高的宋楚瑜，其中之一就是指责宋楚瑜是“散财童子”，在担任台湾“省主席”期间利用经济资源巩固自己在地方的影响，“要 5毛给 1块”，挥霍公款以突现自己的政绩。宋楚瑜在担任“省主席”期间以亲民的形象获得很高的民意支持，民进党希望通过打压宋楚瑜来打击连宋的高支持度，分化蓝营的团结。而讽刺的是，“散财童子”的“封号”正是 2000 年“总统”大选时国民党批评宋楚瑜的主要宣传手段，民进党在 2004 年选举中故意将 2000 年时连宋的矛盾暴露出来，希望能造成连宋是为利益结合的印象。对此亲民党表示现届政府也同样花费上百亿元用于高雄铁路的建设，也是一种巩固选票的行为，但不同的是民进党政府用掉大笔资金，却依然无法改善台湾经济。国亲两党也将 2000 年大选时的分裂归罪于当时的国民党主席李登辉。
2003年 10 月 22 日，李登辉首次就“兴票案”亲自到台北地方检察署作证。“兴票案”最早是 2000 年台湾“总统”大选时国民党指责宋楚瑜在任国民党秘书长期间不当侵占党产，并曾在 2000 年 2月提出告诉。但地检署在 2001 年作出不起诉处分决定，而在国亲两党公开联合后，国民党也表示放弃民事追诉权。但这次地检署以发现新证据为由，重新开始调查，并派出 5名检察官进行侦查，被亲民党指责是政治迫害。
宋楚瑜随后在 25 日召开记者会，表示愿意与李登辉当面对质。
亲民党也发现在一张据称是李登辉在庭上所写的发言要点中，字迹并不是李登辉的，但却用李登辉的口吻写成，因此怀疑是检察当局与李登辉串供。对此地检署否认，说只是在场的一名检察官记下的发言要点。亲民党也批评，民进党政府上台后并没有认真对多起涉及李登辉本人的案件进行侦查，却在选举时刻开始侦办“兴票案”，是有政治动机。
泛蓝在选举初期表现不理想，由于未能主导议题，而且也没有进行任何大规模的造势活动，令连宋的支持度从刚刚宣布联合时的超过 50％一路下滑，甚至在一些民调中已经落后民进党 1％。对此，很多人认为主要是由于泛蓝没有意识到选举已经接近，而是依然认为自己遥遥领先，能够依靠基本盘获胜。有人警告，台湾选民的基本结构已经从 2000 年时的 60 比 40 改为 55 比 45。很多人建议，国亲两党应该立即合并，以更有利于统一选举步调。此外也有人提议将“中国国民党”改名为“国民党”或“台湾国民党”，以突现本土化成分。此外，有人也批评连战所谓选举是“中华民国”对“台湾共和国”的说法，认为国亲两党应该将选举焦点带到经济方面，而不是在政治定位上与泛绿较量。
随着民调的不断下滑，国亲两党也有一些选举策略上的调整。 11 月 8日泛蓝在台中举行首场造势晚会，试图拉抬选举气氛，凝聚选票。11月底国亲两党又在公投议题上重拳出击，国亲两党提出的公投版本大获全胜，令民进党的选举策略受到重大影响。之后泛蓝决定由王金平出任连宋竞选总部主委，马英九为总干事。王金平在泛蓝较弱的南部有很大影响力，而马英九则是国民党的政治明星，两人在选举中担任要角，无疑帮连宋加分不少。
泛蓝另一个需要面对的问题是“宋强连弱”。宋楚瑜一直以来就十分善于选举造势，而连战却一直被认为没有领袖魅力。在这种情况下，泛蓝的候选人时常给人造成“宋强连弱”的印象，使得一些国民党的支持者担心，如果连宋当选，宋楚瑜有可能掌控实权。对此宋楚瑜不得不减少发言次数，让连战担当主角。到2003年 12 月时，大多数关于“宋强连弱”的担忧已经消失。
在整场选举中，泛蓝始终没有能够主导选举主轴，将焦点转移到民生经济议题上来。他们猛烈批评执政党没有执政能力，而突显自己拥有专业的行政团队，丰富的行政经验，还拉来 5名诺贝尔经济学奖得主，为他们的经济政策背书。但是尽管如此，泛蓝的这些动作都没有被媒体广泛报导，因为相较之下显然泛绿提出的“公投制宪”等议题更为吸引人。不过一些专家则认为，媒体所没有兴趣的并不等于公众就一定没有兴趣，事实上大多数人对于公投的两个题目都不清楚，他们更关注跟自己生活周遭的事情。
群众动员台湾选举的一个大特色就是动员群众举行“造势”活动。许多人相信，大型“造势”活动对于拉抬选情有很大帮助，这在大型造势活动后的民调中也有反映。但是还有一些人则认为，“造势”活动对于改变选民意愿没有任何帮助，而台湾真正的“中间选民”人数很少，所以此类活动并没有实际效果。不过两边阵营却都认为，“造势”虽然不会改变选民投票意向，但是有利于凝固自己的基本盘，并且鼓励那些倾向自己，却并不坚定或不愿意投票的选民最终出来投票。
泛绿阵营最大规模的一场“造势”活动是 2月 28 日所举行的“手护台湾”活动，有意仿照 1990 年，波罗的海三小国为争取脱离前苏联统治，达成主权独立而组成的“人间之链”。当天下午 2点 28 分，泛绿的支持者们手牵手，沿着台 1线道路，从台湾北端的基隆和平岛，一直牵到台湾南端的屏东长治乡昌隆村（取其“和平昌隆”之意），形成一条 300多公里的人龙，不少地区还出现了两、三排的人龙。参与者各出花招突显自己，仿佛一场嘉年华会。活动通过纪念二二八事件，终结悲情，赋予新意义。与支持公投，反对中�