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“2 、28活动”的成功不仅表现在参与的人数，更反应在此后的民意调查之中。原先绿营一直落后蓝营 7到 5个百分点，但在“2 、28活动”之后，绿营只差蓝营 3个百分点，一些民调甚至显示绿营有超过蓝营的现象。
民进党“2 、28活动”令国亲两党不得不举行另一场活动来抗衡。他们在 3月 13 日同样发动百万支持者的造势活动，原先的主题是“反黑金”，后又改为反扁“跄声”（闽南语，意为“耀武扬威”或“叫阵”）大游行，主要是担心绿营讽刺国民党是“黑金反黑金”。
支持者在 3月 13 日当天下午 3时 20 分喊出“换总统”的口号。当天，连宋王马四人分别在台北、台中、高雄和桃园四个主会场。3 时 20 分，现场群众高喊“换总统”、“3 、20，连宋赢”等口号。第二个高潮则是在 10 多分钟后，宋楚瑜夫妇在台中率先跪下亲吻台湾土地，10分钟后在台北，连战夫妇更以五体投地的方式亲吻土地，显示自己热爱台湾。泛蓝的动员超出预期，他们宣称有 300万人参加，但是大多数媒体认为参加人数在 100万人左右。
电视辩论在经过民进党和国民党多次的磋商之后，连战、陈水扁终于达成协议，在 2月 14 日、 2月 20 日举行两场电视辩论会，这也是台湾历史上首次举行总统候选人电视辩论会。但是 2月 14 日首场辩论结束后，却令很多政治评论家和普通选民感到失望。双方在议题方面的辩论都避重就轻，两人却有多次针对对方的人身攻击。但是总体而言，大多数人认为陈水扁表现较好，但是连战的支持度依旧领先。
各方面对于台湾选举的公正性一直有很多怀疑，在这一次的选举中，蓝绿双方都指责对方非法操控选举。首先是蓝军称，发现由民进党执政的台北县近日销毁了 56 袋印错的选票，而台北县根本就不需要那么多选票，置疑当局故意多印选票，然后发给民进党支持者，以增加陈水扁的选票。民进党对此否认，称只印错了 600多张选票，其余只是裁剪选票后遗留下来的纸张。但是泛蓝仍然表示担心，称会在各投票站部署人员，现场监看投票过程。
另一方面，民进党也在 3月 18 日指责，泛蓝在绿军领先的南台湾展开扣压身份证的行动，他们收购一些选民的身份证，在 3月 20 日选举结束后才归还，以降低泛绿票仓的投票率，依此达到做票的效果。对此蓝营表示自己从未采取这类行动，是地方人士自发行为，而且根本没有卷入金钱交易。
在选举进入白热化的最后阶段，台湾各界的人士都纷纷公开了自己的投票意向。中央研究院院长、诺贝尔化学奖得主李远哲在 3月 18 日正式宣布，支持陈水扁。李远哲在 4年前的 2000 年总统大选中就已经挺扁，这次再度挺扁，而且与陈水扁一起召开记者会。他表示，陈水扁团队虽然执政经验不足，但是“有理想性，可塑性高”，因此继续支持。但是台湾评论普遍认为，李远哲这次的挺扁效力远不如四年前高，有些评论家甚至称他已经“信用破产”。台湾学术界很多人也批评李远哲，再度破坏学术中立的原则。
台湾商界的两名重要人物，台塑董事长王永庆和长荣董事长张荣发虽然没有公开支持连宋，却批评政府迟迟不开放三通。其中张荣发一直是陈水扁的长期支持者，但是陈水扁上台后因三通问题两人关系破裂。台商的回台投票率是历次选举中最高的，他们中的大多数人都支持连宋。台商投票主要是因为民进党政府长期指责台商“不爱台湾”，而且迟迟不开放三通。
台商会长估计，大约会有 15 万台商返台投票，可以影响 30 到 45 万张选票。很多台商早在 2004 年 1月就在大陆台商中为所支持的候选人拉票，甚至传出在大陆举行竞选造势活动的消息，后因国台办介入，才被取缔。他们中的许多人在大陆、香港的机场中就已经举出“中华民国国旗”和连宋的竞选旗帜，公开挺连。除此之外，居住在其它国家的台湾侨民也纷纷返台。一般认为，越多台商和侨民返台投票，对泛蓝就越有利。
319 枪击案引发的抗议在 2004 年的“总统”大选中，陈水扁以不到 3万票极微差距击败对手连战，但其对手连战提出选举无效之诉；大选之前的 3月 19日，陈水扁与其竞选搭档吕秀莲被人枪伤，此事引起争议，包括支持陈水扁的泛绿人士当中，都有很多人认为是陈水扁高明的苦肉计。台湾旅美刑事鉴定专家李昌钰则指出，陈的伤口是枪伤造成，并且非近距离射击。但李昌钰认为由于案方现场未能及时封锁保全证据，现有证据难以进一步详细调查射击者的动机与身分。台湾刑事局专家令曾指出，从“中华民国”选举赌盘中获取暴利的作庄者（组头）为了左右情势，也有可能涉案。
3 月 19 日下午 1点 45 分，正在民进党票仓台南市扫街拜票的陈水扁、吕秀莲据称遭到枪击，吕秀莲膝盖受伤，陈水扁腹部轻微擦伤。根据吕秀莲本人的说法，子弹可能是先击中她的膝盖后，再弹到陈水扁腹部，两人后被送往奇美医院治疗，两人都意识清醒，没有大碍，医院外已经聚集大批民进党支持者。
“总统府”秘书长丘义仁在 3点 30 分证实，陈吕两人遭到枪击，并表示已经找到子弹，但是没有说明一共开了几枪、找到几个子弹，以及是否已经逮捕凶嫌。“总统府”也表示已经激活国安机制，并表示不会推迟第二天的选举投票。连战也在得知消息后表示“希望他们尽早康复”。
针对这次事件，一些人已经表示有所怀疑，因为根据电视画面所见，子弹在汽车挡风玻璃右侧撞击，留下一个弹孔，但是当时陈水扁站在汽车的右侧，吕秀莲在左侧，因此子弹应该是先打倒陈水扁，再击中吕秀莲。有舆论认为，选情在枪击事件之前泛蓝声势高涨，连宋当选在望，因此认为泛蓝支持者没有理由与动机去枪杀一个即将下台的总统，而相反民进党则有可能为了选举而上演“苦肉计”。但另一方面，有人也认为，吕秀莲在上星期 13 日已经弄伤了脚踝，所以没有需要再为拉票而上演苦肉计。尚有舆论揣测，此为“总统”选举地下赌盘负责人差遣杀手前往狙击。
事件发生后，民进党立即宣布停止当天下午和晚上的一切竞选活动。连宋阵营也表示立即停止竞选活动，并由马英九和连战夫人连方瑀到医院探望陈水扁。此外，枪击事件发生后，台湾实时激活国安机制。
3 月 20 日，台湾第十一任“中华民国总统”“副总统”选举举行。由寻求连任的陈水扁与吕秀莲以不到 3万票的微弱多数当选。这次的选举结果中，两组候选人的得票率是历年来最接近的，而且废票高达 33 万票，约为上一次“总统大选”选举 3倍，因此引起了泛蓝支持者的抗议。另一“总统”候选人连战称这次选举“疑点重重”，是一场“不公平的选举”，称要提出“选举无效之诉”，并要求中选会立即查封所有票箱，进行验票。台北市高等法院在 3月 21 日早晨7 点做出裁决，要求立即查封所有票箱。
在选举结果揭晓后，大批泛蓝支持者聚集在连宋竞选总部前，不愿散去，要求重点选票。在连宋离开后，群众持续聚集通晓，在高雄和台中也有群众聚集，抗议选举结果，甚至爆发警民冲突。在台中，泛蓝群众聚集在台中地检署前，要求立即查封票箱，台中“市长”、国民党中常委胡志强在凌晨 3点 30 分到达现场，与群众一起静坐抗议。
在台北，新党主席郁慕明、国亲多位立法委员也来到连宋竞选总部，支持连宋关于要求验票的要求。凌晨 4时，连宋律师团将 25 份已经签字的诉状分别递往全台 25 个县市的高等法院，同时开始有群众在“总统府”前聚集。3 月 21日上午 10 时，国民党“立法委员”章孝严来到“总统府”，称美国政府已经延后向陈水扁发贺电，表明美国方面也置疑选举结果。台北“市长”马英九、“行政院长”游锡坤也先后来到现场，要求群众保持理性，主动离开，但是没有效果。
泛蓝支持者宣布，他们将一直在“总统府”前广场静坐，直到全面验票。3月 22 日是大选后的第一个工作日，广场上聚集的群众有所减少，但是还是有很多人不愿离开，在下午下班时间，广场上的人群又开始增多。3 月 24 日，前民进党主席许信良加入到抗议行列中，并以绝食表达不满。3 月 27 日，蓝军在“总统府”前组织了大规模的游行示威。大量的国亲两党支持者聚集在凯达格兰大道，抗议选举不公，并要求重新点票。
据台北市政当局估计，参与游行的民众大约有 32 万人，不过主办单位则称有 47 万人参加。根据一些报纸进行的调查显示，59％ 的民众反对抗争，而 66％的民众赞成验票。与此同时，数百名在纽约的泛蓝支持者也举行了“纽约华人爱台湾”的集会，表示声援“3 、 27 ”大游行。此外在华盛顿等地也举行了类似的游行活动。
3 月 27 日当晚 9点，陈水扁亲自主持国际记者会，对示威事件发表强硬谈话，称“总统府”广场必须在 3月 29 日之前完全净空，称自己不是“软脚蟹”。不过他也表示愿意立即与连宋会面。
在“3 、27”游行结束后，身为台北市“市长”的马英九负责清场。在他的劝说下，大多数支持者离开了广场，只剩下上千名民众继续抗争，这些人在凌晨也陆续离开，到 3月 28 日清晨只剩下零星的数百人。 3月 28 日清晨 5点一刻，警方开始劝谕在凯达格兰大道上剩余的抗争民众离去，在此期间，民警发生了零星冲突。在早上 7点左右，清场工作已基本完成。而部分民众则转移到中正纪念堂继续静坐抗争。
马英九柔性清场成功，赢得台湾各界赞赏。连民进党也认为马英九尽责有功，知识分子也认为，马英九不姑息“暴乱分子”、呼吁群众守法的声明，值得肯定。民进党副秘书长李进勇说，持续七天在“总统府”前的国亲两党抗争行动，前晚终于和平结束，民进党表示欣慰和欢迎。在整个事件的最后关头，负责台北市治安的马英九也尽到台北“市长”的责任，国亲两党“总统府”前抗争活动得以圆满落幕，马英九也有功劳。不过，李进勇指出，整个活动过程仍有地方值得检讨。国亲两党府前抗争原是违法集会，但身为国民党高层的马英九，却以“市长”权力批准集会，令集会从非法变成合法。民进党认为，这点值得检讨。
马英九敲定以柔性方式驱散示威者后，一千名防暴警察既没用上四年前驱散国民党总部示威者的水炮，也表现得很克制，尽力避免使用警棍，徒手将人群或拉或抬。“总统府”前示威和