事实上，当国民党夺得 2／3 “县市长”席位，取得“大胜”之后，马英九才真正开始面对“推动改革”的压力。马英九所要推动的改革，在党内，是要“确立正派、清廉、有竞争力的路线”；在整个泛蓝阵营，就是国亲两党的整合。他把国民党改革与自己的“总统”竞选之路绑在一起时，“改革成功”已成为了他问鼎“总统府”的惟一选项。
在马英九的改革计划中，首先要去除的是国民党的“黑金”形象。他用“清廉、勤政、爱民”来描述他理想中的政党伦理，而对胜选的国民党籍“县市长”们，他则叮嘱“不要让国民党好不容易擦亮的招牌蒙羞”。
12月 7日，马英九邀“县市长”当选人到国民党中央进行“廉能宣誓”。“县市长”当选人们在孙中山遗像前举起右手，宣誓“选举不买票，执政不贪污，问政不腐化”。国民党中央还进一步成立“廉能委员会”，对地方“县市长”实施党内监督。
05年 8月，马英九凭借在基层民众中的人气，入主国民党。同样依仗这些来自基层的支持，马英九带领国民党，横扫台湾各县市。但是，进入到国民党改革的实质阶段，仅凭感召基层的政治魅力，马还会一帆风顺吗？
国民党中生代代表、台中“市长”胡志强，建议国民党中央定期召开“县市长联谊研讨会”。胡志强所要求的，是国民党中央对地方施政更多的支持，而不仅仅只是“廉能”的“监督”。实在的政绩，才是国民党展现新形象、赢取民众更大的支持并进而夺回失去 8年的政权的重要筹码。
国民党改革必然要触及的，还有中高层的人事。相较于王金平，马英九在国民党中高层干部的支持面明显落了下风。而推进改革，去除“黑金”，恰恰也正要触动中高层的干部。目前国民党的高层人事的核心存在于马英九和王金平之间。两人的互动冰冻三尺，而这又会不会成为国民党改革的最大阻力呢？
更广泛意义上的改革是整个泛蓝阵营的整合。经“县市长选举”，马英九成为“泛蓝共主”。对马英九和国民党来说，整顿已边缘化了的亲民党和新党的力量，为国民党所用，成为当然的议程，亲民党在“立法院”的 32 个议席足以左右议会党派政治的格局。
亲民党在这次选举中，只争到 1个县长职位，与国民党讨价还价的资本大大减少。亲民党“议员”林郁方说：“回国民党是我的权利，也是我的责任。”他的党内同志孙大千也说，如果国亲两党合并一两个月内没有结果，“到时候就看着办！”
反对国亲两党合并声音最响的是亲民党副主席张昭雄，他放下重话：“国亲两党合并之日，我同时退出政坛。”宋楚瑜的态度是：“如果国亲两党真能合并，就算没有位子，从此退出江湖，我也不在乎。”
刚当选为台北“县长”的周锡玮当年入亲民党，后来带头重回国民党，扮演了沟通国亲两党的角色。12月 5日，他专程拜访宋楚瑜，而 7天后马英九和宋楚瑜的会晤，可能就是他这次拜访的结果。
12月 12 日晚，国民党主席马英九与亲民党主席宋楚瑜长谈了 4小时。宋楚瑜说，他和马英九就重大问题“无话不谈”，而个人利益的问题，“一句话也不会谈”。不过，双方实际取得的共识仅是“合作”还不是“合并”。《会谈公报》说“两党目前以加强合作为优先考虑”，而会谈后，马英九甚至用上了这样的外交辞令：“希望未来类似的会谈能推进双方关系。”
加强合作而不谈合并，台面上的理由是两党合并的一系列“法律问题尚未解决”。其实际原因，如《中国时报》指出，“宋（楚瑜）在乎的是能否维系亲民党主体性，包括未来县市长、立委提名机制建立，”而“马英九泛蓝地位渐巩固，合并并无急迫性，现阶段重点是党务改造。”
“宋楚瑜的位置要如何处理？这是非常实质的事。”王金平直接点中另一个要害。宋楚瑜说“退出江湖也不在乎”，但他的幕僚正谈论宋楚瑜竞选下任台北市长的可能性。然而即便宋楚瑜肯屈尊，国民党还没给出一个哪怕是口头上的“支持”。有人提醒提醒国亲两党合并要“紧事缓办”，中肯至极。
马英九不是不知道改革的艰巨，所以他才“需要很大的胜利”，以换得推动改革的“很大的动力”，然后才能以改革的成功，换取 2008 年的“总统”大位。
岛内舆论普遍认为马英九面前并非一马平川，而是道道难关的考验。在目前马英九就面临着四大考验：首先是如何处理好党内改革力度与协调好各方关系。“改革”是马英九在竞选国民党主席时高举的旗帜，但是改革必然会触动甚至颠覆党内现存权力格局和利益分配机制，可谓“说易行难”。在就职演说中，马英九提出了深化党内民主、2008年前处理完党产等七项改革设想，但要真正落实起来相当棘手，党内本身就有不少阻力。例如现在国民党每个月包括党工薪水、退休党工退休金和优惠存款补助等支出。基本开销大约要新台币 2亿元（约合 5000万元人民币），这样沉重的财政包袱肯定要抛掉，可是抛得不好就容易砸到“马脚”。
党主席选举时一场激烈的“王马之争”，已使党内出现严重的裂痕。马英九如果处理不当，裂痕只会越来越大。尽管马英九选后一再放低身段，邀请王金平续任常务副主席，但王金平始终坚拒，只选择担任国民党中央评议委员会主席团主席，以“退休”的方式摆出不合作的姿态。王金平在党内人脉广。又是现任台湾“立法院长”，而“立法院”又是在野的国民党最重要的政治舞台。若没有王金平的合作，马英九要想落实改革蓝图，可谓障碍重重。
其次，能否整合泛蓝是对马英九的又一考验。在泛蓝整合问题上。马英九提出“先在政策、法案和选举上充分合作，逐步整合，最后达到合并的终极目标”。新党早就想并入国民党，这次更让 3名党籍“立委”退党加人国民党。因此在整合上问题不大，难的是亲民党。国民党“十七全‘’通过取消”排宋条款“，向从国民党出走的党员敞开了回家的大门，被认为是向亲民党主席宋楚瑜释放出善意。马英九知道，只有泛蓝团结，他才有希望在 2008 年问鼎台湾地区领导人。但是，要想得到在国民党主席选举中公开支持王金平的宋楚瑜的合作和支持，同样是一项高难度的任务。
第三，马英九必须在即将到来的多次岛内选举中保持较高的胜率。在 2008年前，马英九需要应付好今年的台北和高雄“市长”选举以及明年的“立委”选举。场场都是恶战，没有了庞大的党产提供经费，又缺乏操盘选举的经验，马英九要想保持连胜相当困难。但至少要有较高的胜率，否则他就必须为国民党在选举中遭受重大挫败负责而引咎辞职。而如果在 2006 年卸任台北“市长”后，又失去党主席的舞台，马英九的政治前途将蒙上浓重的阴影。
最后，在两岸关系上，马英九必须在所谓的“理想”与现实之间作出正确的选择。马英九在当选党主席后，仍然公开支持“法轮功”活动、要求平反“六、四”事件等，摆出一副“民主斗士”的姿态。这样的姿态，与国共之间在连战访问大陆后出现的和解、合作势头是极不协调的，如果不能改变，很可能成为国共两党关系向前发展的障碍。对于马英九，人们期待他能够认清海峡两岸形势的深刻变化。扬弃过时的意识形态，正确处理两岸关系。两岸关系能否发展。对马英九是重大考验。
尽管困难重重，但马英九就任主席后，国民党确实出现了一些新的气象，例如中常会定期下乡举行；一些年轻面孔进入了中常会和中央委员行列；作为党的后备军的“青年团”正在筹建之中；马英九卖掉了国民党所属“国发院”的土地，从而为精简党工提供了较为充足的经费等。“改变才有希望”，这是国民党在 2004年台湾地区领导人选举中提出的竞选口号，也是目前党内上下一致的认识。可以预见，一心要带领国民党在 2008 年重新“执政”的马英九，还会对国民党进行更多更大的改变。
国民党士气、社会支持率的上升，进一步强化了其泛蓝阵营“老大哥”的地位，也带动了泛蓝阵营的变化。目前。马英九正积极安排与宋楚瑜会面，从国亲两党接触的情况来看，“马宋会”应该会很快举行。由于大部分泛蓝支持者包括部分亲民党支持者视马英九为“中兴少主”，加之亲民党今年以来内部纷扰不断，宋楚瑜在 2008 年台湾地区领导人选举中已基本“出局”，因此，“马宋会”可能会使泛蓝整合出现一些积极势头。不过，国亲两党能否真正整合，关键要看两党能否真诚合作，解决好权力和利益分配问题。
泛蓝阵营内部的调整，正朝着声势上升的方向发展，这自然对泛绿阵营产生了强大压力。陈水扁已经连任两届，将在 2008 年下台。民进党内的接班人之争。本来就已在党内几个“种子选手”之间明刀暗枪地展开，马英九担任国民党主席，更加深了他们的焦虑感，也使民进党内的权力争斗更加激化。泛绿阵营内部必然要求尽快推出自己的“08人选”来和马英九一争高低。这样的动作将使得泛绿阵营内部特别是民进党内各派政治力量产生激烈的碰撞。最终导致权力格局的重新洗牌。
马英九坐稳“泛蓝共主”
马英九高票当选国民党主席后不到五个月，其首次政治“大考”即赢取佳绩。12月 3日，台湾岛内“三合一”（县市长、县市议员、乡镇市长）选举结果揭晓，已在野五年的国民党大获全胜，蓝旗飘扬在整个北台湾上空。国民党在台湾“县市长”选举中大胜，巩固了马英九作为 2008 年蓝营“总统”候选人的不二地位。
“大家觉得士气大振，信心起来了。”12月 5日，国民党中常委、“立法委员”李纪珠在接受《财经》电话采访时，话语中仍显出相当振奋。55岁的马英九却仍旧保持着他那招牌式的冷静与清醒。“高兴一个晚上就好了，明天还要继续干活。”这是他向广大国民党员发出的信息。
在此次岛内“县市长”、“县市议员”和“乡镇市长”选举中，国民党的胜利都超过了预期。在最为外界关注的“县市长”选举中，国民党赢得全岛 23 个县市中的 14 席，已过半数；加上其“泛蓝”盟友亲民党、新党和无党籍各得一席，蓝营总共赢得 17 席，远超过执政的民进党所得的 6席。由此，从政治版图看，自台湾中部偏南的樟化、南投、花莲一线以北全部飘蓝，处于“泛绿”包围中的嘉义市和台岛东南的台东县，也都为“泛蓝”赢得。蓝营更保持了在连江、澎湖、金门三个外岛县的领导权。
对于国民党来说，此役最大的现实收获，应是国民党籍候选人周锡伟赢得了台北“县长”的席位。台北县人口超过 368万人，占全台湾 2300 万人口的六分之一，被视作岛内第一大“票仓”。民进党已经在此执政 16 年之久，而从国民党夺回台北县可以看出选民人心变动，对 2008 年岛内“大选”有重要指标的意义。而宜兰县和嘉义市等民进党执政数十年的地区此次“转�