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李纪珠说，选前的民意调查结果显示，国民党在宜兰县、樟化县和嘉义市等几个县市都领先，但“看好度”却都输给民进党，“这显示选民对我们还是没有信心。”而国民党最终在这几个县市胜出，大大增强了选民和党员对国民党的信心。
对于此次国民党大胜、民进党大败的原因，岛内外的分析家意见基本一致：陈水扁上台五年多来，政绩乏善可陈，台湾经济停滞不前。选民对只会“拼政治”、打口水战的民进党高度失望、不满，这是泛绿失宠的根本原因。而 2005 年下半年执政当局爆出的种种政治丑闻，更重创了民进党赖以起家的“清廉”形象。“前几年民进党执政能力低下，还可用所谓‘干净’来保留部分选民的支持。但现在他们连‘干净’也没有了，自然遭到选民抛弃。”厦门大学台湾研究院政治研究所所长孙云对《财经》说。
在民进党牵涉的多起丑闻中，影响最大的莫过于“高捷弊案”。 05 年 8月，台湾从泰国引进的修建高雄捷运（地铁）的劳工因不堪工头克扣工资、生活条件恶劣而发生骚乱，在台湾社会引起很大震动。在事后调查中发现，在弊案幕后，存有一班由政商巨头组成的“黑金集团”，被媒体和在野党陆续曝出的涉案者，包括陈水扁的心腹陈哲男、前“内政部长”余政宪、现任“行政院长”谢长廷（前高雄市长）等绿营重臣；一些调查线索甚至直指陈水扁本人。
陈水扁政府在媒体不断深入的调查下恼羞成怒，以大力追踪报道弊案的 TVBS电视台有“中资”背景为借口，始而威胁吊销其执照，继而课以百万新台币的巨额罚款，落下打压新闻自由的骂名。另外，泛绿阵营在民调一路落后的情况下，再次抛出“非常光盘”、公布国民党候选人病历等手法，亦为公众所不齿，甚至引起本阵营内部的不满。选前一天，民进党屏东县党代表黄益盟在台湾《联合报》撰文，批评民进党的“恶质”手法打选战，“足见民进党的局势堪危”。岛内不少媒体和学者在“三合一”选举之前即已指出，陈水扁已经提前进入“跛脚鸭”时期。
同国民党的士气大振相比，“泛绿”阵营在选后则表现出毫无掩饰的沮丧与失落。受马英九“如国民党当选人未过半（11席）即辞去党主席”的破釜沉舟气势所激，民进党主席苏贞昌也在 12 月 2日喊出“不过十席即辞职”的承诺；次日，选举结果揭晓，他即黯然辞职。
民进党另一重要人物、“行政院长”谢长廷也两度向陈水扁请辞，陈水扁则表示“全盘检讨”后再作确定。陈水扁本人在民进党惨败后，则连续多日闭门不出。
“县市长”选举的大胜，强化了马英九“泛蓝共主”的优势地位，除了增进泛蓝阵营的凝聚力和自信心，更有助于“泛蓝”进一步整合。岛内外分析人士大多认为，国民党在县市长选举中的大胜，进一步巩固了马英九在 2008 年台湾地方选举中蓝营“总统”候选人的不二地位。
在选举中赢得大胜后，马英九近日已经开始着手巩固此次胜利。据李纪珠介绍，国民党正在筹划成立“廉政委员会”，以在党内对国民党籍当选“县长”进行监督，保证其施政品质，防止出现腐败；另外还计划组成督导小组，给新当选的“县长”上课，并选择党内有经验的“县长”辅导新手，提高他们的执政能力。马英九认为，要对得起选民，国民党就要对自己推荐的“县长”的品质负有责任。另外，由马英九主导建立的、以发展青年干部和吸引青年选民为目标的国民党“青年团”，也在 12 月 6日召开了筹备会议的。由此可见，马英九在组织建设和培养执政能力方面下了相当大的工夫。
但是，国民党在大胜之后也有隐忧。几位国民党籍“立法委员”因当选“县市长”而即将辞去“立委”职务，且空缺的“立委”职位不能补选，因此国民党在“立法院”的席位进一步减少。在“县市长”选举之后，台湾“立法院”的席位总数由 225席减为 220席，而包括国民党、亲民党和新党在内的“泛蓝”联盟所占席位，由 114席减少为 111席，勉强保持了在“立法院”过半的地位，但优势减弱。对于国民党来说，这意味着在未来“立法院”的投票中，亲民党、新党和无党籍立委的重要性将上升。
宋楚瑜领导的亲民党在此次“县市长”选举中，在基隆等地方也推出了自己的候选人，但国民党拒绝了亲民党提出的“避让”要求，结果也是国民党候选人击败亲民党候选人。这让一些分析人士担忧，国亲之间自马英九当选以来出现的紧张关系，可能会进一步加深。
现实的发展更加复杂。据中国新闻社报道，马英九和宋楚瑜约定在 12 月 12日晚于国民党中央党部会面，商讨国亲合并问题。两党都倾向在本届“立委”任期 2007 年结束前保留亲民党招牌；国亲两党的实质合并的时程，将在 2007 年之后。这似乎显示，双方有捐弃前嫌、同心协力对抗绿营的前景。
2006年临近，国亲两党还面临着另外一个棘手的难题，即台北“市长”选举。2006年上半年，马英九的台北“市长”两任届满，国民党必须另外推出有力的候选人，以保证泛蓝对传统地盘台北市的领导权。目前蓝营内呼声较高的可能人选，包括国民党籍的蒋孝严、吴敦义、欧晋德，以及前“行政院长”郝柏村之子、新党籍的郝龙斌。但近来宋楚瑜可能参选台北“市长”的传言日盛，宋本人态度也较暧昧。
鉴于国民党在这个问题上始终未有松口，且亲民党被边缘化的趋势日渐明显，台北“市长”人选问题可能成为导致两党争端升级的导火索。目前，泛蓝在立法机构内优势减弱，两党关系对岛内蓝绿力量对比相当重要。
现在“很大的动力”已在马英九手上，这或许是这次台湾“县市长选举”的最大意义所在，然而，这或许也同样是马英九和国民党面临的最大的风险。面对艰巨改革，马英九面临非常之压力。马英九牌“不沾锅”，是否可能以其政治洁癖，祭出非常之手段？第一次面对这样一个紧要关头，政治生涯一路顺风顺水的小马哥，能否顺利到底？这一切，都还要拭目以待。
马英九就任国民党主席，取得台湾“县市长选举”2/3 的重大成果，好比一阵“马旋风”，刮得岛内政局又起波澜。波澜起伏之中， 2008 年前的台湾政局变得更加扑朔迷离，两岸关系发展的前景依然是光明中有阴影、希望中有挑战。
应对陈水扁的新毒招12月 3日的选举刚过，大陆和台湾泛蓝民众还在高兴之中的时候，大选中落败的民进党“总统”陈水扁已经使出第一招：分化瓦解国民党，着力将国民党籍的“立法院院长”王金平，塑造成 2000 年度大选时节的第二个宋楚瑜。陈水扁邀请泛蓝大老王金平出面组阁，由于军购案等各重大法案都遭泛蓝封杀，此举可以以王金平与亲民党，无党联盟的友好关系，可以让国会正常运作，而“立法院长”出缺绿军将推柯建铭。马英九在听到这消息后立刻找连战商讨对策，但是据了解，连战不说话，没有给他任何意见。“
陈水扁不愧是政客中的权术高手。本次“三合一”选举落败之后、使出这一“毒招”，可谓一剑封喉，刺中国民党的目前的最大要害——马英九、王金平之间的矛盾。这一矛盾，马英九、王金平二人如果处理不好，可以造成国民党的内部分裂。从而造成下列多个对于民进党有利的形势：（一）加剧国民党内马英九、王金平的矛盾。将陈马矛盾、部分释放转变为王马矛盾，将民进党与国民党之争、部分转换为国民党内部之争。在国民党内培植第二个“宋楚瑜”，以便民进党 2008年度象 2000 年度大选一样翻盘如果从现任的“立法院院长”、到担任“行政院院长”，那么这对于党内选举党主席败落于马英九的王金平而言将是一个诱惑。但是，对于马英九则是一个挑战。马英九已经表态：组阁权释出后、应“让国会的多数党，或者是多数联盟来组阁，这个时候‘总统’所扮演的角色是，接受这样的一个人选，而不是去指定”。可见，马英九的意图，想自己指定蓝营指定的新“行政院长”、得到更大行政权力、架空陈水扁；而陈水扁的意图，则是自己和王金平达成协议、自己使用“借将”的方法、指定王金平为“行政院长”。从而达到下列效果：1 、以王金平“行政院长”的地位和发言权，增加王金平在国民党内抗衡、制衡马英九的筹码。
2 、将王金平变成自己对付马英九的筹码。将陈马矛盾、国民党民进党之争部分化解变为马王之争、国民党内部之争。
3 、王金平不过是“借将”借来的，与陈水扁以前曾经“借”用过的国民党籍的唐飞、江丙坤等一样，都是可以“过河断桥”、“卸磨杀驴”的——只要民进党 2008 年竞选又胜了就行。
4 、王金平如果担任“行政院长”，则与曾经担任台湾“省长”的宋楚瑜类似，未来增加了王金平从国民党出走、单独参与 2008 年度大选的机会和可能性，2008年度的大选中民进党才可有机会像 2000 年度大选一样、利用国民党的分裂而翻盘。
5 、未来两年短期内搞好经济的希望并不大，原因在于绿营将经济搞得积重难返，同时、整个世界的经济、由美国和中国主导其走势的经济将在 06 、07年度明显陷入“调整周期”。这样，未来两年短期内搞不好经济的责任，就可以由很快即成立的国民党籍的“行政院”承担大部分责任。尤其是：如果泛蓝执政者施政期间出现腐败丑闻的话，则可以重蹈以前下野的覆辙。至少对于 2008 年度的大选不利。
（二）釜底抽薪、削弱泛蓝在“立法院”的势力，通过主导“立法院”，进而通过军购案等提案，赢取美国鹰派等的进一步支持。如果陈水扁意图得逞，则台湾“立法院”将发生下列实力对比的消长变化：1 、多名泛蓝立委参与了地方政府选举并成功、担任地方官就要辞去“立委”职务；大致有四五席的样子。 2、国民党籍“立法院长”王金平辞去“立法院院长”职务，使国民党和泛蓝操控“立法院”的能力削弱。最主要的是：“立法院长出缺绿军将推柯建铭”，如果“立法院长”由绿营担任，则显然对于绿营操控“立法院”议程有利。上述三方面此消彼长、蓝消绿涨的结果是：民进党增强在“立法院”的操控能力、可以增加通过军购案等提案的希望，赢取美国鹰派等的进一步支持。
从上述仔细分析可以看出：如果陈水扁的意图实现，则即使泛蓝阵营得到“行政院”的组阁权，也会在“立法院”和党内团结的问题上有所失、并将留下中长期的党内分裂的隐患。可见，“三合一选举”之后的国民党、民进党之争斗，第一回合已经开始；这是“马英九能否当好泛蓝共主”的第一道考题、难题。这一争斗，关系到“行政院长”是由“泛蓝共主”马英九来指定、还是由选举失败者陈水扁来指定；要么，陈水扁这回是真的被架空；要么，很快即成立的国民党籍的“行政院”不过是又一个“过河桥”、“拉磨驴”；