，陈水扁这回是真的被架空；要么，很快即成立的国民党籍的“行政院”不过是又一个“过河桥”、“拉磨驴”；关系到国民党内的裂痕是消弭、还是因为“行政院长”的问题而扩大成隐患、乃至成为国民党又一次分裂的大患；关系到“立法院”里双方的争斗胜负，军购案的通过与否，得到美国鹰派支持与否；关系到 2008 年度民进党能否翻盘；关系到国民党是否再度分裂。
这个难题，陈水扁已经出给了马英九和国民党。马英九的答案只能有：1 、加速、迅速实施党内整合，确立党内的“纪律和制度”、“民主和集中”。以及，确立王金平在党内的“名分”。 2、党内公决此事、党内公决“行政院长”的国民党籍人选。以便国民党作为一个整体、可以一致对外。 3、加速泛蓝阵营的整合。
马英九以高民意支持度当选国民党主席。既为他 2008 年问鼎台湾地区领导人打下基础，也为国民党欲火重生带来新的机遇。但面对未来，重重挑战在等着他。
王金平和马英九在选举中积怨甚深，王金平对国民党的重要性不言而喻，没有王金平在国民党唯一可和民进党抗衡的“立法院”的支持。马英九在国民党中央的决策将难以落实，2008年要重夺执政权的难度也可想而知。在选举中，党籍“立委”、中常委大多挺王金平，连党主席连战也是票投王金平，显示马英九目前在国民党中高层支持度不高。如果在党内得不到支持。马英九是否会成为一个孤独的、虚有其名的党主席，党内很多人都不无担心。
至于 2008 年“总统”选举，马英九虽有高人气，但未来如何在民进党大肆利用执政资源图谋“长期执政”的情况下突出重围，重夺执政权，还要看他党务改造、整合泛蓝以及明年台北、高雄“市长”选举的成绩了。对马英九个人性格而言，不搞派系、坚持理想自然是优点，但在对台湾社会的政治现实无法超然其外的情况下，马英九如何在权力和形象之间取得平衡，人们将拭目以待。
国民党是岛内反对和遏制“台独”的极为重要的政治力量，新任国民党主席的两岸政策无疑对两岸关系的发展具有重大影响。马英九认同中华文化与中华民族。他反对“台独”，认为“台独”的主张是“不应该、不可能、不必要的，是冒险行为”。马英九在党主席选举中一再强调坚持“九二共识”、反对“台独”，要在连战“和平之旅”的基础上推动两岸关系。马英九当选后，也电复中共中央总书记胡锦涛，表示希望国共两党依“胡连会”五点共同愿景。继续推动两党交流，为促进两岸和平、繁荣与发展及谋求两岸同胞福祉而努力。
面对挑战。马英九说，当选党主席高兴一个晚上就可以了。7 月 22 日一大早。马英九在晨曦中第一次以中国国民党主席当选人身份。前往桃园县大溪慈湖、头寮蒋介石及蒋经国两位前主席的陵寝献花致敬。他在陵寝前说，国民党创党百余年，他在继承国民党薪火的同时，也感受到千斤重担；他将抱着戒慎恐惧、临深履薄的心情，学习前人如何在惊涛骇浪中前进。
铭刻老父遗愿从简办丧事05年 11 月 1日晚 7时许，马英九的父亲马鹤凌因心脏病突发抢救无效，在台北病逝，享年 86 岁。11月 2日，中国国务院台湾事务办公室发言人对马鹤凌先生的逝世表示深切的哀悼，并向中国国民党主席马英九先生及马鹤凌先生的其它亲属表示了诚挚慰问。马鹤凌是在 10 月 30 日下午15时左右突发心脏病被送往医院的，住院以来一直深陷昏迷，直到 11 月 1日清晨多重器官出现衰竭，才在其家人的同意下，被拔掉氧气管结束生命。
马英九陪父亲走完最后一程。从父亲被送往医院的那一刻起，马英九始终眉头紧锁、忧心忡忡，但他始终牢记父亲的训戒，没有请假，而是照常坚持上班，只是在医院和市府之间来回奔波。两天来，他从没有在媒体面前掉过一滴眼泪。
马鹤凌逝世的当晚，马英九和母亲、姐姐等人都在他身边，陪着马老走完了人生最后一段路。据该医院医生表示，在宣布马鹤凌逝世的那一刻，马英九表现得极为悲痛，但他还是很有礼貌地向医护人员对父亲住院期间的救治表示了感谢。马英九说，将依父亲生前遗愿，对父亲后事一切从简，不设治丧委员会，不设公祭，婉拒各界花篮与祭奠，并以火葬方式处理，最后将骨灰移往灵骨塔。
11月 5日，马英九的父亲马鹤凌的遗体在台北市火化。简短的家祭仪式，节俭的丧事，使两岸的亲朋好友在悼念马鹤凌的同时，也为马家不铺张浪费的作风而感动掉泪。遵照马鹤凌生前遗嘱，马鹤凌丧事从简，不举行公祭。5 日的家祭仪式，除了马家 26 位至亲到场外，还有一小部分亲朋老友参加，其中包括国民党荣誉主席连战的夫人连方瑀。 早上 7点 20 分左右，马鹤凌的灵柩缓缓从入殓房推出，马英九捧着父亲的遗像与家人一起跟随在后，肃穆的脸上难掩悲伤。
火化前，马家举行了简短的家祭仪式，由马鹤凌的长女马以南诵读马英九撰写的祭文。期间，马英九频频拭泪。“父亲走了，永远走了，不会再回来了。泪眼中遥望西天，爸爸您好走，只盼来生再续缘！”祭文到此结束，现场回荡着一片低声的啜泣。
而后，国民党中评委主席团主席秦孝仪宣读“党旗覆棺证书”，后交给马英九。骨灰坛正面刻着马鹤凌生前写下的两行诗句：“化独渐统，全面振兴中国；协强扶弱，一起迈向大同。”坛盖上则刻有国民党党徽。随后，马鹤凌遗体送入火化房火化。1 个半小时后，马英九手捧马鹤凌的骨灰盒，马英九大女儿马唯中捧着爷爷的遗照，马家一行人从殡仪馆走出，前往富德公墓，进行骨灰下葬等仪式。
马英九遵照父亲遗嘱丧事从简，整个丧事仅花费不到 8万元新台币（约合 2万元人民币）。据给马家办理丧事的殡葬公司介绍，这个价钱只是一般行情的一半，创下了台湾几十年来政坛要员家属办理丧事的最低纪录。事实上，这个费用也和大陆普通民众办丧事的费用差不多，甚至比大陆一些普通官员办丧事的费用要低得多。
说到这里，如果我们再对照一下一年前台湾霖园集团创办人蔡万霖的丧事。便更能体验到马鹤凌丧事“间”到何种程度。04年 9月 28 日，蔡万霖病逝于台北国泰医院。他的灵堂设置两个月，摆放在灵堂的上万朵白色香水百合，要每五天更换一次，两个月内约需换上 12 次。光是购买鲜花，就高达 240万元新台币（约 60 万元人民币）。在治丧期间，国寿每天动员的员工就超过三百人，单是这些接待、服务人员的薪资就要耗掉上千万元。此外，蔡万霖遗体“住”进慈恩园总统套房，慈恩园封闭中栋五楼，整层楼每天的收费为三万五千元，蔡万霖遗体暂厝慈恩园达二个月之久，光是暂厝费就要二百多万。从中可知，马鹤凌丧事的费用还不到蔡万霖丧事的 1％。为了不给其它丧家带来麻烦，马鹤凌火化当天，马英九谢绝各界的吊唁。只是在其官方网站上开通了电子公祭，供网友凭吊。据统计，网络开通以来，时常出现线路拥堵，网民们以每小时 1000 次的点击量，在网上表达着对马老的祭悼。
4 日下午，为了表达对马英九及家属的慰问之情，台北市“议会”各党团 26位“议员”，前往市府向马英九慰问致意，其中还包括民进党 3位“议员”。
从父亲病危到骤然而逝到出殡前夕的短短六天里，马英九在媒体镜头前始终强压情绪不曾落泪，悲伤之情却溢于言表。据马家的亲朋戚友透露，马英九夜里独自处理父亲遗物时几度跪地痛哭失声，在镜头外情绪彻底崩溃。办理后事过程中，最让马英九痛心遗憾的，恐怕是无法遵照马鹤凌遗嘱，将父亲葬在祖母身旁。由于台北“市政府”在马英九任内下令禁止私人土地土葬，让马英九为自己立的法而陷入情理交战的困境，终为坚持他一贯的“守法”原则，不得不忍痛违背亡父最后遗愿。
马鹤凌和马英九父子感情深厚，马英九曾形容父亲是他心目中的“狮子”，对他的一生影响至深至远；而对马鹤凌来说，栽培出马英九这个“零缺点”的独子，是他一生最大的骄傲。在家中昵称为“弟弟”的马英九，从小受父亲细心栽培，背诵诗词古文、熟读《左传》《论语》、勤练毛笔字。马英九小学二年级迷上武侠小说，马鹤凌曾向媒体叙述，“弟弟”翻书后还会对邻居“讲武侠故事”，让他为儿子的表达能力和记忆力深感骄傲。
在人格教育方面，马鹤凌让子女自小培养强烈的国家观念，灌输“理正气和、义正词缓”，“有原则不乱、有计划不忙、有预算不穷”等生活原则，对马英九人格素养起着重大影响。
马英九踏入政坛后，父亲更在几个关键转折期充当导航灯。他担任“法务部长”时因查贿扫黑而饱受黑道威胁，大家都劝他放弃，唯有父亲力挺到底，对他说：“文天祥和郑成功都只活了 39 岁，你已多活了五年。”1998年台北“市长”选举，原本坚持不选的马英九，因父亲一句“国家社会的需要，是无法推卸的责任”，给他临门一脚送进台北市府。
马家父子相貌如出一辙、性格却南辕北辙；马鹤凌直率急切、马英九却显得优柔寡断。马鹤凌曾形容儿子“零缺点”，唯一让他担心的就是儿子太追求完美，给自己过多压力，且“脸皮太薄”，过于在乎别人看法。却也正因两人性格的互补，使父亲成了儿子背后的重要冲力。马鹤凌晚年见证儿子稳健跨步前进，说：“我对他寄以如此厚望，原是人生绝望中安慰自己的梦想，没想到五十多年来，他居然一步一步踏实地走向这条艰巨的路，我内心的快慰难以言喻。”
马鹤凌曾以四句话概括此生最大的心愿：“救台、兴中、平世乱、策进大同”。他说，“我只希望多活几年，亲自见到这理想一步步实现。”此番愿景他终究来不及见到，却已稳妥交至儿子手中，正“一步步实现”父亲要他“活在大家的心中、活在历史上”的期许；终其一生，马老先生也已了无遗憾。
马鹤凌如传统文人，诗词书画都有研究，他曾说，他为唱戏会着迷不在话下，做过一千多首诗，作梦也不断对词；打球花时间，下棋要练习，学生自治会运作起来更是光阴飞逝，这些事情让他“五马分尸”，所以再三告诫五个子女千万不能学，他曾说过，唯一教导儿子的，就是忠孝及民族大义。
而相对于马鹤凌的潇洒直率，马英九则从小便维持脸皮薄的乖小孩形象，从小被“强迫”读唐诗三百首、古文观止、左传、论语、孟子，每晚 10 时熄灯，早上 6时起床念书，还要练毛笔。马鹤凌曾说，记得马英九在读小学二年级那年，他闲来无事看武侠小说，儿子也跟着翻，结果在看过后对邻居讲武侠故事，他为儿子的表达能力、记忆力感到高兴，也立即停看武侠小说，以身作则，言行不敢稍有脱轨。
马鹤凌延续了父亲言教身教并重的观念。尽管家庭食指浩繁，马家的四女一子都受到高等教育，马鹤凌除从小要求子女熟读四书五经，也灌输子女应�