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1940年，就在父亲病殁的这一年，杨逵还遭遇了一场牢狱之灾。因为当时有一位日本亲王要来台湾，而过去台中附近曾经发生过一次朝鲜志士赵志明暗杀日本亲王久迩宫未遂的事件，所以日本警察异常紧张，将附近一些所谓思想倾向有问题的人强行拘捕，杨逵也被不分青红皂白地关进监狱十余天。这次被关在一起的，有十八人之多，他们自称“十八罗汉”，大有相见恨晚、同气相求的感慨，出狱后大家还时有来往，这是杨逵在日据时期的第十次、也是最后一次被捕入狱。
1941年12月，太平洋战争爆发，日本殖民者对台湾的控制进入了“决战时期”的全面高压。是年4月19日，“皇民奉公会”成立，并创办《新建设》杂志作为言论机关，强力推行“皇民化运动”。台湾的各种民间文化团体渐次被收编成一元化的组织，成为动员“国民精神”的宣传机构。所有的剧团都被编入“台湾演剧协会”，并组织“演剧挺身队”、“音乐挺身队”，到处公演“皇民化戏剧”。1942年和1943年，日本殖民者在战争时期召开了两次“大东亚文学者大会”，并派代表到全岛各地举行所谓“大东亚文艺演讲会。”1943年4月，为了配合日本帝国主义的思想统治，西川满创立的台湾文艺家协会自动解散，原班人马随即成立了隶属于“皇民奉公会”的“台湾文学奉公会”，并以“确立本岛文学决战态势，文学者的战争协力”为宗旨，在台北公会堂召开所谓“台湾决战文学会议”。一时间，“皇民化运动”的气焰甚嚣尘上。
战争期的台湾天空虽然阴云密布，但对于绝大多数台湾作家而言，他们或拒绝写作，或凭良知抵抗，或阳奉阴违虚与委蛇，以各种方式维系了台湾新文学的气脉。1941年5月，曾经参加西川满《文艺台湾》的台湾作家张文环和黄得时，因为反感于西川满的独裁作风和《文艺台湾》的勤皇派色彩，毅然退出台湾文艺家协会，成立了启文社，并创办日文季刊《台湾文学》。这个以台湾文化运动之传承者自命，冒着被打成“敌性杂志”危险而创办的刊物，重新聚集了杨逵、吴新荣、吴天赏、吕赫若、巫永福、龙瑛宗、杨云萍等台湾文艺界人士，它使杨逵在战争期的文学再出发有了新的平台。
杨逵在后来写的《光复话当年》一文中，也曾谈到这时期的文坛景况：
抗战中，台湾文学界主要分为两大派，一是以日人西川满为中心的勤皇派，鼓吹着勤皇主义，为日本军阀的征服与版图的拓展而扬眉吐气；另一派是我们台湾同志的民族文学派，却不仅仅是台湾本地人，也有许多日本人支持着我们。“民族台湾”里占了好几个台大教授、新闻人、也有官吏。杨逵：《光复话当年》，手稿注明：“四十二年光复节，改登于新生活壁报国父纪念周刊”；收入《杨逵全集》第10卷（诗文卷·下），（台南）国立文化资产保存研究中心筹备处2001年12月版，第269页。
40年代初期，日本政府内部的分裂，日益凸显，有的主战，有的主和。在台湾的日本人当中，日本军部与警方迷信武力，仍旧采取弹压政策；但一般比较开明的日本人士，态度已有些转变了。在当时的官吏、记者、编辑及大学教授当中，出现了一些厌恶战争、反对日本帝国主义侵略政策的人士，如台大教授金关、中村，《台湾民俗》杂志的同仁们，又如台湾总督府杂志《台湾时报》月刊的编辑植田、浅田，以及“奉公会”《台湾文艺》杂志的编辑池田，《台湾公论》的编辑，《新高新报》的记者，以及身为小学教员的日本女作家坂口子夫妇等等。他们开始频繁地接触台湾作家，想走大家合作的路线。他们也常常到首阳农园访问、邀稿，期待杨逵拿起笔来。植田就曾几次找杨逵交谈，希望杨逵能够给《台湾时报》写稿。杨逵也与植田讨论这个问题，并坦白地告诉对方：“如果要我们作家合作，必须让我们报导实在的情形，在文学方面，也是描写实情。如要我们歌功颂德，那是不可能的事。”杨逵：《光复前后》，原载《联合报·副刊》1980年10月24日；收入《杨逵全集》第14卷（资料卷），（台南）国立文化资产保存研究中心筹备处2001年12月版，第11页。
在这种社会背景下，隐居首阳农园四年之后的杨逵，决定利用一切可以利用的条件和方式，透过“合法”的文学斗争，来对抗“皇民文学”，想方设法传递台湾新文学的薪火。从1942年起，杨逵再次出现于台湾文化界，并以他一向的积极态度介入敏感、复杂的社会政治问题。在刊物的邀约下，杨逵把一篇极富嘲讽意义的小说《泥娃娃》，投给了《台湾时报》的编辑植田。这篇作品一方面是表现武力不可仗恃，另一方面在指责日本军国主义强化的战争观念对儿童心灵的荼毒。由于刊物内部的矛盾，开明思想派一时获胜，《泥娃娃》得以全文登出，并发生强烈的影响，同时也引发殖民政府内部的摩擦。
这篇作品刊登后，植田又来邀稿，杨逵便创作了小说《鹅妈妈出嫁》，作品谴责了“大东亚共荣圈”虚构的“共存共荣”，在小说结尾处更是画龙点睛地写道：“不求任何人的牺牲而互相帮助，大家繁荣，这才真正是共存共荣……”。作品在《台湾时报》发表后，立刻受到日本警方的干扰。因为这本杂志是日本总督府的刊物，所以未能禁刊；而当杨逵后来将《鹅妈妈出嫁》连同其他几篇作品合并要出单行本时，却被查禁了。1942年，杨逵创作出现新气象，一年之内，他就发表了《无医村》、《泥娃娃》、《鹅妈妈出嫁》、《萌芽》、《绅士轶话》、《父与子》、《民众与娱乐》、《作家与热情》等十三篇文章，包括小说、散文、剧本、文艺时评等等。
1943年，杨逵于首阳农园种花之余默默翻译的长篇小说《三国志物语》四卷本，由台北盛兴书店出版。杨逵从小喜欢听卖艺人说书，《三国演义》、《水浒传》都是他耳熟能详的故事。在无法直抒胸臆的时代里，为了自娱娱人，更为了以大众化文学的方式传递出民族文化与文学的传统，杨逵将《三国演义》的故事，翻译成日文的《三国志物语》，并请画家林玉山画了插图。在此书的序言中，杨逵这样写道：
小说最重要的是必须有故事的趣味性。
虽然三国志或许能满足这种趣味性，但是只有这样就够了吗？
俗话说：“要用活眼读活书！”
我想用这句话来要求读者诸君。
读书最重要的就是要读出书中的精神。
我们万不能忽略了书中三杰的忠烈义勇精神。
而刘备、张飞、关羽三人性格迥异，却能为了完成大业而团结到底，千万不可轻忽。杨逵：《三国志物语·序》，《杨逵全集》第6卷（小说卷），（台南）国立文化资产保存研究中心筹备处1999年6月版，第156页。
在杨逵看来，台湾阅读阶层中喜爱《水浒传》和《三国志》的人们占有相当比例。如果能通过通俗小说的新创和提升，抓住这类阅读阶层，就能更好地发挥一个文学工作者存在的价值。因此，正是本着为台湾民众的文化需要着眼，本着延续民族文化传统和文学传统的宗旨出发，杨逵创作出版了《三国志物语》，并使通俗小说的写作在“皇民化运动”的推行时期，仍有民族意识的彰显。
从1941年到1945年台湾光复，在创作小说、剧本等作品的同时，杨逵还发表了二十九篇文艺评论，构成其创作的又一高峰。1943年5月，“皇民文学”的总代理西川满在“台湾奉公会”成立之际，于《文艺台湾》发表一篇《文艺时评》，攻击辱骂台湾文学的主流是“粪便现实主义”，又用个别变节分子所写的“皇民文学”来打压台湾新文学作家。西川满蛮横无理的殖民主义态度，引起了台湾作家的强烈愤怒，世外民（邱永汉）、吴新荣、台南云岭、吕赫若等人皆以自己的方式同西川满展开论辩斗争。杨逵此时则化名“伊东亮”，发表了《拥护粪便现实主义》一文，深刻揭露了西川满压制践踏台湾文学的真面目，从根本上维护了台湾新文学的品格。同年11月13日，在所谓“台湾决战文学会议”上，面对西川满之流“献上文艺杂志”、“服从战时配置”的废刊建议，黄得时、杨逵等台湾作家正面反弹，全力抗争，全场氛围一时间显得紧张肃杀。虽然在巨大的政治压力下，《台湾文学》最终不得已被强令废刊，但台湾作家的抗争精神令人感佩。
到了日本侵华战争后期，败相已露的日本统治者更加紧了对台湾的弹压，台湾作家连“不说话的自由”也被剥夺了。根据杨逵的挚友，战争末期与其交往甚密的钟逸人后来回忆，在“皇民化”甚嚣尘上的时候，当时很困扰扬逵的一件事就是，“日本当局以及‘皇民奉公会’有时会要他写些迎合当时的文章，这违反他的个性，当时有些台人作家，为生活所逼，而成为御用文人的也不是没有”。杨逵“生活固然艰困，又有肺病，但一直拒绝这种充当御用文人的要求，真的无法拒绝，也顶多是虚应故事应付一番”。钟天启：《瓦窑寮里的杨逵》，原载《自立晚报》1985年3月；收入陈芳明编《杨逵的文学生涯》，（台北）前卫出版社1988年9月版，第300页。
1944年6月，台湾总督府情报课（文化局）邀请台湾作家分赴台中州谢庆农场、台南州斗六国民道场、高雄海兵团，石底炭坑，金瓜石矿山等地，实地参观战时体制，以撰写“报告文学”，呼应日本帝国主义的南进政策。杨逵被派往石底炭坑，观察煤矿工人的起居作息、生存状况，并据此写了《增产的背后——老丑角的故事》。这篇作品保持了一贯的写实风格，因是应邀之作，也不乏反面寄意。杨逵生前曾与人言这是一篇敷衍之作，也就是“虚应故事应付一番”的文章。
“皇民奉公会”成立后，台湾的电影、演剧、文学、艺术等文化活动，都被迅速纳入殖民当局的一元化统制之下。1941年4月，“皇民奉公会”成立；翌年1月，“皇民奉公会”又组织“演剧挺身队”，动员各地文学界替他们工作。杨逵此时则巧妙地利用日本殖民者推广“皇民化戏剧”的机会，来反讽日本当局，启蒙民众觉悟。1943年1月，参加“二水奉公会”的朋友陈憨婴、杨招鉴来找杨逵，希望能为他们写一出剧本。杨逵创作了《扑灭天狗热》，投给《台湾公论》�