事实上，从3月1日起，二二八事件的斗争就开始在两条战线上展开。一条战线是以地方士绅为主、部分群众团体代表参加的“处理委员会”，它多表现出成分的复杂性和斗争的某种妥协性；另一条战线是准备武装斗争的群众，台湾共产党地下领导谢雪红、张志忠等人皆参加了武装起义的领导和组织工作。就台中地区而言，当时局有变，风闻陈仪从台北率兵南下的消息传来的时候，“处理委员会”的士绅纷纷走避；谢雪红等人则将台中的群众武装组织重新编整，于1947年3月4日下午4时成立了“二七部队”，以纪念辑烟血案发生的2月27日。台中民兵对官方机构的控制，一直延续到3月8日。
那段时间里，杨逵在《和平日报》主编“新文学”副刊。二二八事件发生时，台中市的“处理委员会”曾派杨逵负责组织部，随时印发传单。杨逵常常自己跑工厂，和工人们一起印号外，报导有关时局变化的各种消息。因为形势动荡，各种矛盾错综交织，社会上也出现了一些乱打外省人的偏激行为，杨逵就出面劝说，并把外省人安排到一家旅馆里保护起来。他还以“台湾民主联盟”的名义，与当时中共台湾地下党台湾省工委书记蔡孝乾共同执笔了《告台湾同胞书之一》、《告台湾同盟书之二》，并由杨逵的长子杨资崩拿去刻钢板，油印后四处散发，影响甚广。
这两篇文章充分反映了台湾民众在忍无可忍的现实压迫下奋起反抗、要求民主和自由的迫切愿望，并以“不分本省外省全体人民携手为政治民主奋斗到底”的胸怀，呼吁制止那种排斥、殴打外省人的偏激行为，并对二二八事件以后的局势做出正确的引导和号召：
我们要求政治上彻底的改革，要求实现民主政治，是我们决争的目标。我们是汉民族，应该和全国被独裁一党专政所压迫的同胞携起手来，我们切不要再乱打外省中下级政府人员和商民，他们和我们一样同一国民同一汉族同胞，现在我们要分别：为我们台湾建设的好人，我们要保护他，残害我们的恶虫，要驱逐他。……大家要理解以后要和国内同胞精诚团结，打倒恶劣腐败政治……共同争取民主政治。
杨逵：《告台湾同胞书之一》，见吴克泰《杨逵先生与“二二八”》之附录；金坚范主编《杨逵：“压不扁的玫瑰花”》，台海出版社2004年9月版，第352页。
“处理委员会”控制台中期间，台湾共产党负责人蔡孝乾曾经找到杨逵，要他负责创办《人民日报》。杨逵与其意见不合，但仍然保留了两人的私下联系。在杨逵看来，台中的局势难以维持长久，一旦国民党大军开来，乌合之众随即会散去；倒是创办流动性的周刊或半月刊更符合实际。另外，与其大家都集中于台中闹市，还不如到乡下去发动农民，保存革命力量。当时负责台中起义群众组织工作的杨逵，遂撰写了《从速编成下乡工作队》一文。由于记者缺乏实际斗争经验，这篇文章以“杨逵”署名发表于3月9日的《自由日报》，同时也印成单页传单散发，以作为指导性的文件。杨逵对于动荡时局保持了清醒的头脑，他在文中呼吁建立和扩大除贪官污吏奸狞恶霸之反对派以外的民主统一战线，认为当务之急是要组织下乡工作队，到乡镇去从事宣传、组织和训练工作，以便保持和扩大有生力量。因为争取民主与自由，这工作不是一朝一夕就能完成的。在分项叙述工作原则时，杨逵还提出了具体的实施方法和工作对策：
第一，在市民控制下的都市，随时要从事统一工作。
我们有点弊病，就是你一党我一派，各人的思想虽不得轻易改变，但，在此争取民主与自由，在此争取以自由无限制普选而产生自治政权这阶段，除贪官污吏奸狞恶霸之反对派以外，是可以扩大统一战线的。在此阶段，我们需要包容各界（学、工、农、商、妇女、文化各界），而且也要包容无党派，扩大民主统一战线。
第二，下乡工作队可以三人——五人为一组，分发各区，在地联合当地智识分子，进步而有热血的青年，开始宣传、组织、训练工作。进而与乡镇公所与警察合作，推行自由无限制的选举，产生乡镇区自治。
第三，在此工作第一的对象，就是乡镇中坚青年，以十人为一小队，五小队为一中队，二中队以上为一大队，这可以叫做乡民或镇民保卫队，而保卫队须要准备随时可以赶到他乡镇以至都市去应援。
第四，第二的对象就是以邻里或是村乡镇为基础地域的自卫团，这自卫团，原则上不移动，只要自卫自己的邻里，或是村镇。这邻里或村镇须要附属合作工作或是相互工作，以增加生产与防卫。
第五，第三就是妇女、工人、学生、教员等各界的组织，进而取得各界可以联合起来，互相帮助，互相看顾。 杨逵：《从速编成下乡工作队》，原载《自由日报》1947年3月9日；收入《杨逵全集》第10卷（诗文卷·下），（台南）国立文化资产保存研究中心筹备处2001年12月版，第239—240页。
作为一个信奉社会主义理想的行动派，杨逵又一次将精神理念付诸社会实践。他和叶陶身体力行，扮作农夫农妇，到邻近乡镇游走，四处传播消息，鼓动农村青年投身斗争行列，并将他们组织编队，三三五五一组地送到台中的“二七部队”，为群众武装组织开发兵源。后来从农村前来台中报到的队伍中，有一大部分可以说都是杨逵夫妇鼓动而来的。事实上，杨逵因为噍吧哖事件带来的童年记忆和自幼柔弱的身心性格，使他始终反对以武力解决问题。二二八事件发生后，杨逵并不看好发动起义、组织游击队之类的武装斗争，对武装反抗终归失败的结局也早有预料，但他仍尽力为“二七部队”开拓兵源，无非是想藉此迫使国民党政府改善政治，促进台湾的民主和自由，而并不是以武力长久对峙。
1947年3月8日，南京政府的援军抵达基隆，开始了报复性的大屠杀。风声骤紧，许多参加武装起义的台中人士纷纷躲藏，“二七部队”也于3月12日退守南投埔里一带，3月16日宣布解散。见大势已去，杨逵夫妇离家走避，踏上了逃亡之路。起初杨逵不想离开台湾，想和大家一起做些事。逃亡时，身上还带着油印机和纸张。他们先在山里隐匿了十几天，随后往二水、林内一带山区逃难，住草棚，藏牛栏，一路惊见同样出逃的友人。不久，风声更紧，杨逵夫妇沿着山线逃向海岸，希望能在鹿港一带找到船只，偷渡出海。但这时海岸线已被死死封锁，无路可逃。失望又疲惫的杨逵夫妇，在逃难四十多天后，只好折回台中。由于杨逵与叶陶一共被官方悬赏十万元，邻人立即通报警方，杨逵夫妇返家当夜即遭逮捕，被关押在干城营区的马棚里。此后，杨逵与叶陶所经历的恐怖经验和人生传奇，令他们命运起伏，五味杂陈。
当时关进干城营区马棚里的人很多，其中有不少是参加学生队的年轻学生。警方原来内定枪毙十七人，杨逵与叶陶都在名单之中。生性乐观的叶陶，自嘲死期来临，索性天天放开怀来唱台湾民谣《丢丢铜仔》，还不断向几位青年学生灌输社会主义思想；杨逵则沉默不语，久坐于地。
临刑前一天，事情突然发生了戏剧性的变化。魏道明作为当日新上任的台湾省主席，开始改变之前的官方处置政策，采用安抚手段，所有非军人被捕者改以司法审判，结果是救了十六条命，只有一人被枪毙。杨逵和叶陶侥幸逃过一次死亡的劫难。
杨逵夫妇被专车送往台北警务处侦讯，当时由一个法官主审。那张刊登有杨逵署名的《从速编成下乡工作队》的《自由日报》赫然摆在桌上，旁边便是电击的刑具。法官催促杨逵，坦白讲来。杨逵心想，既然有报纸文章为证，注定是没命了，勿需再讲。所以不管法官怎么问，杨逵都保持沉默。最后法官说，你想想看，不然就要用电击，随即离去。这位法官后来到杨逵家中，把赖和未发表的稿子和才出一期的《文化交流》杂志拿走，从此就失踪了。之后，杨逵虽然被转至台北多家单位审讯，但都没有人问起《自由日报》这件事，估计证据已被神秘销毁，那位法官可能逃往大陆。
1947年8月，杨逵与叶陶在监牢度过一百零五天之后，终于被释放出狱。
死里逃生的杨逵并没有被这次挫折击败，反而更加活跃于台湾文化界。他四处奔波，先是倾力编辑印制鲁迅、沈从文、老舍等人的中日文对照本，发行了“中国文艺丛书”；1948年又担任《台湾力行报》“新文艺”副刊主编，参加了《台湾新生报》“桥”副刊有关台湾新文学重建的讨论。这期间，还有一段广为流传的杨逵事迹，那就是他与台湾大学的麦浪歌咏队结下的不解之缘。
麦浪歌咏队的前身成立于1946年，是以演唱《黄河大合唱》而著称的黄河合唱团。二二八事件之后，它于1948年发展为以省内外进步学生为主体的大型文艺社团。
麦浪歌咏队队员平常保持三四十人，最多时达到七八十人。他们多来自北方，看过随风浮动的麦浪，又喜爱诗歌中的“麦浪”意象，故取名为麦浪歌咏队。
在成立不到一年的时间里，麦浪歌咏队曾举办过十余场大中型演出活动。1948年12月底，麦浪为了给台大全校学生自治联合会筹募福利基金，曾连续三天在台北中山堂演出。从气势磅礴的《黄河大合唱》、《祖国大合唱》，到当年大陆学生运动中风行一时的歌曲《团结就是力量》、《你是灯塔》、《青春战斗曲》、《跌倒算什么》、《光明赞》；从《康定情歌》、《马车夫之歌》、《青春舞曲》、《插秧谣》、《在那遥远的地方》、《王大娘补缸》、《朱大嫂送鸡蛋》等地方民歌，到《农村曲》、《农村曲本事》等歌剧，这些唱出了祖国风光、传达了大陆人民心声的歌曲，这些表现了人民真正的生活的舞蹈，在充斥着日本歌曲与西方音乐的当时台湾社会里，引起强烈反响。为了让“麦浪”歌声传遍全岛，在台大校学生会的倡议下，从1949年2月4日起，麦浪歌咏队利用寒假举行了环岛演出。每到一地，麦浪歌咏队都受到当地百姓的热烈欢迎，场场爆满，盛况空前。许多台胞是含着热泪观看演出的，还有一位台湾老人在观后感中写道：“‘麦浪’的感人之处在于，它唱出了广大台胞对伟大祖国的真挚感情，唱出了他们对民主自由的渴望和对光明前途的憧憬。”
《青春三年在台湾的证言》，见蓝博洲《麦浪歌咏队》，（台中）晨星出版有限公司2001年4月版，第155页。
麦浪歌咏队环岛演出的成功，是与杨逵的大力支持分不开的。演出的第一站是台中，由于麦浪歌咏队的行动已经受到国民党特务的注意，演出的过程并非一帆风顺。杨逵四处奔波，联合当地文化界进步人士，想方设法找到一家戏院，帮助歌咏队解决了演出场地和住宿问题。他还在麦浪歌咏队与台中文艺界、报社媒体之间搭桥牵线，在报纸上大力宣传和介绍其演出活动。杨逵很认真地观看了演出节目，建议增加台湾民歌民谣，�