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事实上，确有不少人想利用黎元洪这尊“菩萨”，进行反袁的号召。比如，宋教仁就一度有以黎代袁的计划，但没有来得及实施就遇刺而死。若干年后尚有人惋惜不已，认为若由黎元洪任总统，宋教仁任总理，则民国必不至于如此。
袁世凯既对黎元洪有了忌心，就断然不能容忍他在武昌另立别府。陈宧等人也一再提醒袁世凯：“纵观世界，尚无副总统领兵驻外的成例。美国为共和楷模，其副总统不仅驻京，且兼任上议院议长。对黎元洪亦当如此。”但袁世凯几次三番电召黎元洪进京，都被他婉言拒绝。
袁世凯对武昌的四个师六万精兵投鼠忌器，只得采用循序渐进的办法。他先是将黎元洪的谋士饶汉祥邀至北京，极力攻心，让饶出面劝说黎元洪。饶汉祥刚回武昌，段祺瑞随即便到，强拉硬拽，将黎元洪送上了北上的专列。车次途中，袁世凯即发布了段祺瑞督鄂的命令。这也可算是黎元洪和段祺瑞的一个过节。
袁世凯以当初接待孙中山的崇高礼仪接待黎元洪，极尽欢愉，时有报章将二人的会晤比为巴拿马运河凿通，大西洋和太平洋忽然翕合的奇观。但宴毕后，黎元洪却被送至瀛台下榻。此即当年慈禧软禁光绪的地方，黎元洪见此，心中已经雪亮，知道不仅湖北回不去了，而且身家性命都有危险。从此，他韬光养晦，绝口不谈世事，对袁世凯之羁縻赠馈，不谢亦不拒。每日晨起，即吟诵佛经，偶有客来，则颓然若愚。袁世凯对他极尽拉拢，终至结成儿女亲家，黎女绍芳嫁给袁的第九子。但这桩婚姻非常不幸，绍芳最终得抑郁症而死。
他在瀛台苦捱春秋，袁世凯则在紧锣密鼓地张罗帝制。黎元洪风闻此事，却始终不敢相信。他在湖北时，就有人推测袁世凯必然称帝，劝他加入反袁阵线。他说：“目前国情，以统一及安定民生为主。若全国统一，国会告成，项城如有野心，变更国体，即为违反约法，为国民公敌，不啻自掘坟墓。我当追随国人之后，誓死反对。即便我毁家灭身，继起者也必大有人在，中华民国断不至于灭亡。”如今谶言成真，袁世凯为了帝制自为之事，也亲来瀛台探访，不由得黎元洪不信了。而当袁世凯言及此事时，他毫不客气地回答道：“辛亥革命为推翻帝制、建立共和，死者何止万千，如今大总统回头再做皇帝，如何对得起这些先烈？”袁世凯怏怏而去。此时，参政院已成为帝制党的御用机构，黎元洪于是辞去参政院院长之职。虽然他仍参加参政院的会议，敢于对杨士琦、梁士诒等帝制党的论调反唇相讥，但由于多次遭到帝制党的倒彩，故不复到会，并请辞副总统、总参谋长。此时，由于瀛台作为皇帝的禁苑已不适合他再居住，遂举家迁入袁世凯在东厂胡同为他置下的私宅。这一时期，他为共和守节，极尽孤独困苦，有一次孙武来访，二人竟至抱头痛哭。
1915年12月13日，袁世凯接受百官朝贺，正式称帝，改元“洪宪”。两天后，“洪宪皇帝”发出第一道敕令，册封黎元洪为武义亲王。令文曰：
光复华夏，肇始武昌，追溯缔造之基，实赖山林之启，所有辛亥首义立功人员，勋业伟大，及今弥彰，凡夙昔酬庸之典，允宜加隆。上将黎元洪，建节上游，号召东南，拱卫中央，坚苦卓绝，力保大局，百折不回，癸丑赣宁之役，督师防剿，厥功尤伟，照《约法》第廿七条特颁荣施，以昭勋烈。黎元洪着册封武义亲王，带砺山河，与同休戚，槃名茂典，王其敬承。
黎元洪即召集智囊商量应对之策，饶汉祥劝他明哲保身接受王位，张国淦则坚决反对。黎元洪对饶汉祥嗤之以鼻，他说：“我意已定，宁死不受。”接着，国务卿陆徵祥等人来黎宅道贺，黎元洪当面表示不愿受爵后，即拂袖入内。袁世凯不久又派裁缝来量做亲王制服，被黎元洪逐客。袁世凯以为黎元洪终将接受，遂于19日重颁敕令，命九门提督江朝宗到黎宅宣封。黎元洪不见，江朝宗即长跪高呼“请王爷受封”，黎元洪大怒，从房中疾步奔出，戟手勒袖，指着江的脸骂道：“江朝宗，你怎么这么不要脸，快快给我滚出去。”江朝宗却仍挺身直跪，双手捧诏，大呼“请王爷受封”五字不止。黎元洪遂令左右将江朝宗架了出去。袁世凯闻讯，仍不死心，派袁克定等人往黎府馈赠各种礼物，但皆被拒收。自愿来祝贺的也大有人在，如内史监阮忠枢、公府顾问舒清阿等就前来道贺，阮忠枢一见黎元洪便口称“王爷”，并传达袁的旨意，说打算封黎为副元帅和辅国大将军，黎元洪怒道：“你们不要骂我！”而梁士诒来道贺时，黎元洪指着厅中一根石柱说道：“你们如再逼我，我就撞死给你们看！”
由于袁世凯之称帝，并未完全否定民国，而之所以册封黎元洪为“武义”亲王，正是表彰其武昌首义之功。首义之功既在，则无论黎元洪如何拒绝受封，袁世凯都莫可奈何，否则将无以向国人交待。同样的，黎元洪之所以要拒绝册封并反对帝制，也是因为首义之功本来就是属于民国的，而对帝制而言，是驴唇不对马嘴的。但是，他在那样一个非常时期能够始终地坚持自己的观点，不怕牺牲，毫不妥协，是难能可贵的。君不见，筹安六君子中，就有胡瑛、孙毓筠、刘师培、李燮和四个老革命党，当时连革命党人都如此堕落，黎元洪之守节就更显可贵了。
此时，密谋出京的蔡锷将军密访黎元洪。蔡锷说：“欲解决此事，惟有武力。”黎元洪叹道：“你我身在樊笼，何得出此。”蔡锷答道：“大计已定，请您候我出京四十日后，必有佳音。”不久蔡锷潜返云南，打响了反袁护国的第一枪。黎元洪闻讯大为欣慰，击节叹赏道：“松坡不愧英雄本色！”需要指出的是，蔡锷在出京前还去拜访了一个人，那便是段祺瑞，所谈的内容，多半和与黎元洪所谈相同。在洪宪帝制中，黎元洪和段祺瑞是共了一场患难的。
不久，袁世凯迫于压力取消帝制，但仍想占据总统之职，自然遭到了全国人民的反对。在护国军方面看来，此时的几个总统人选中，蔡锷的威望显然不够，孙中山必然会遭到进步党的反对，冯国璋或段祺瑞不可轻信，因此最合适的还是黎元洪。梁启超也认为，以黎元洪为总统，可以平息各派的争论，且可明确护国的目的不是为了争权夺利。事实上，黎元洪本来就是法定的总统继承人，又坚决抵制了洪宪帝制，是当仁不让的。于是，护国军大元帅唐继尧通电全国，恭承黎元洪为大总统，领海陆军大元帅。
此时不仅袁世凯对黎元洪忌心更盛，冯国璋等人也觊觎即将悬空的总统之职，黎元洪的处境十分危险。他一度想乔装出逃，因计划泄露而未果，袁世凯则令江朝宗严密监视他的行动。冯国璋自己想做总统，忙着迫袁退位，袁世凯因为北洋系的众叛亲离而绝望，忧惧成病。俗云：“人之将死，其言也善。”他必定是痛感戕害民国之非，故在向徐世昌、段祺瑞托孤之际，念念不忘“约法”二字，并谆谆告诫徐、段二人要好好辅佐黎元洪。依照相关法律，他在金匮石屋中预置的继承人，依次为黎元洪、徐世昌、段祺瑞。
总统位置悬空，段祺瑞未必不动心，然因徐世昌坚持应由黎副总统接任总统，段无奈接受，但心里很不舒服。他与黎元洪早在前清两次秋操时就意见不合，后来自己又奉令夺了黎的湖北，矛盾不可谓不深。段祺瑞本就器宇不宽，如今携张国淦赴黎宅首致祝贺，竟然除了三鞠躬外，一言未发。他对黎的敌视和轻视，已是一目了然。所以，为祸民国的“府院之争”，其实自袁世凯逝世就已经开始了。
1916年6月7日，黎元洪在东厂胡同私宅就任总统。北洋系对他出任总统十分不满，拥至段祺瑞的国务总理办公室，要求段或者徐世昌接任总统。段祺瑞即表示：总统是谁并不重要，重要的是要实行责任内阁制，削弱总统权力，而增加总理权力。此外，黎元洪任总统，南方的军政府便无话可说。
袁世凯身穿洪宪皇帝装
于是，黎元洪任总统后，“府院之争”迅速爆发。所谓“府”，指黎元洪的总统府；所谓“院”，指段祺瑞的国务院。段祺瑞坚持内阁责任制，凡事多不与黎元洪商量，惟将其当作盖印工具使唤。而且，段祺瑞为政本就懒散，一天中有大半天在下棋打牌，院务多交与秘书长徐树铮来处理。而徐树铮偏偏是个目中无人之人，他对黎元洪毫无礼貌，经常说“这些事不劳您费心”之类的话，从而使“府院之争”不断升级。
最初，黎元洪想延揽南方护国军政府的人士入阁，唐绍仪、孙洪伊、张耀曾等人遂北上就职。他又想任命梁启超为府秘书长，被梁启超婉拒，一是因为梁启超极具政治眼力，看出了府院之间的矛盾，二是梁启超作为进步党人，对黎元洪延揽国民党人十分不满。极受黎元洪重视的内务部长孙洪伊，便是从在护国运动中脱进步党而入国民党的，因此孙后来也成为府院之争的一个焦点人物。
起初，由于府秘书长张国淦颇能调解双方的矛盾，府院之争尚能有所收敛。但随着张国淦不堪重负而辞职，丁世峄接任，府院双方就开始了针锋相对的斗争。先是丁世峄竭力增大总统权力，段祺瑞则公开表扬徐树铮的人品。接着，孙洪伊打抱不平，专门与徐树铮作对，日日火并。徐、孙第一次大冲突是因徐擅自以国务院名义发布电令，催促四省军队会剿驻粤滇军李烈钧部；第二次是因徐为福建贪官胡瑞霖辩护。这两件事都显然是徐理亏，院方不得已向府方让步，拟订了有利于府方的五项方案。然院方终难解心头之恨，于是以孙洪伊裁撤内务部冗员为罪名，着免其职。徐树铮将该免职令送交黎元洪盖印时，黎元洪严词拒绝。徐竟然说：“总统若再不用印，就只有不让孙洪伊出席国务会议了。”黎元洪愤怒地质问：“你有什么资格这样讲话？”徐树铮冷冷地回答：“这是段总理的意思。”
徐树铮的嚣张跋扈使他在国会中臭名昭著，一些议员列举了他的七大罪状，联署者达60余人。但段祺瑞坚决支持徐树铮，甚至当面对黎元洪怒吼：“总统不免孙洪伊，就请免我吧。”这样一来，黎元洪的态度不得不软化。最终由徐世昌出面协调，双方达成妥协，即孙、徐同时去职。随后，“府院之争”便更上层楼，成为黎、段的直接对垒了。段祺瑞依靠张勋等人的督军团，以对抗总统的权威，不久又以徐树铮已去职为借口，要求府秘书长丁世峄也去职。黎元洪无奈同意，但要求由张国淦任院秘书长。张国淦为人乐于排解纷争，故府院之争暂时消歇下去。
然而接下来的对德参战之议，成了黎、段宣泄矛盾的地方。段祺瑞早早地便与日本人达成默契，要对德宣战，黎元洪十分愤怒，曾指着亲日的曹汝霖的鼻子痛骂道：“你们要卖国，还要我随同卖国，你们还有没有心肝！”段祺瑞为了通过对德宣战的议案，组织军队和“各界人士”包围国会，并胁迫、殴打议员，企图强行通过。国会忍无可忍，乃呈请黎元洪免去段祺瑞的总理职务。1917年5月2