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“党化教育”作为国民党执政后的重大举措，早在广东一省时期即已初露端倪，建立南京国民政府后更是加大了实施力度。作为主持全国学政的最高主管官员，蔡元培在实施“党化教育”方面也必须有所动作。1928年6月初的一次会议上，蔡元培就公私立专门以上学校举行三民主义考试一事作出说明，“略谓此项考试，目的在测验各专门学校学生对于三民主义认识之程度及态度，以便根据测验结果，规定三民主义教科之内容，一切办法，已见大学院通告。此项测验，无论及格与否，不影响其学业成绩。但各大学、专门学校之学生必须一律受验。上海公私立各校均于一日中举行，试题将由大学院颁发”。从中可见“党化教育”初始阶段的一般情形。一个月后，蔡元培列席了国民党中央常务会议，该会议议程包括“制定各校增加党义课程暂行通则”等内容（上海《时事新报》1928年6月4日、7月31日）。同年冬，蔡元培还与胡汉民、孙科等人共赴“党歌曲谱审查委员会”，审定试奏的“国民党党歌”词曲。此类活动，似属于政治群体性质，其间究竟有多少属于个人“雅好”，尚有甄别和探究之必要。
需要指出的是，国民党早期“党化教育”的内涵还比较丰富，除了灌输党义，还包括推行教育平等、实施义务教育等多项内容，带有一些积极因素，其初衷是要荡涤旧式教育的僵硬模式，焕发新机。然而，在国民党一党体制下，却最终演变为领袖崇拜、教条禁锢和程式规制，致令学校师生大为反感。其实即使在国民党内，对于所谓“党化教育”的理解和实施也存在着因人因地因时而异的多种形态，“党化教育”内容和形式本身也在不断变化，未可一概而论。总体说来，所谓“党化教育”（亦称三民主义教育），形式大于实质，推行过程中窒碍重重，效果不佳。即使最显力度的抗战时期，国民党党团组织进入大中学校，力求影响和操控教授及学生，却也大多运转艰难，效力有限，稍有成绩的西南联大直属党部也只能采取“以学术领导党务”、“寓宣扬主义于学术研究之中”的策略，且还需国民党中央组织部长朱家骅不断下拨特别钱款“输血”支撑。至抗战结束前夕，国民党“六大”会议决议，撤销军队和学校内的党部，全国各学校的国民党党部随之相继关闭〔4〕。可知，纵使抗战这样的“非常时期”加强“党化教育”的实际情形亦不过如此。故而，如果仅仅依据蔡元培主持和参与了初期实施“党化教育”的部分活动，就断定他背离了早先的“教育独立”理想，甚而得出他热衷“党化教育”的结论，就未免过于皮相了。
三
1928年8月17日蔡元培辞职一事，被后代史家描述为关键性“转折”：蔡从此出都门而定居沪上，极少来南京，进而与最高当局决裂，成为“反蒋派”代表人物云云。这样的叙述与史实明显存在出入。就在蔡元培辞职的同一天，由他提名为清华大学校长的罗家伦获得国民政府的正式任命。关于蔡的辞职，上海各报纷纷揣测原因，《时事新报》称：“据知其底细者言，蔡氏辞职实有二因：一系职务纷繁，劳苦太甚；一系趁五次会后，政府改组将有变更，可以及时引退。至有谓蔡因反对大学区制而辞职者，并非事实。”此一报道，显然意在平息和淡化外间对此事的关注。约半个月后，蒋介石在上海西摩路宋宅宴请留沪各中央委员，蔡元培与胡汉民、戴季陶、李石曾、李宗仁、宋子文等八人出席，席间议及中央政治会议改组、五院院长人选等事项。就是在此前后，蔡元培被内定为五院之一的监察院院长。
因而9月11日蔡元培致函胡汉民、蒋介石、谭延辏В昝鳌凹嗖煸涸撼ぞ霾坏Ｈ危笱г涸撼ぞ霾桓粗啊保庇种Ｖ乇硎荆骸按撕笤敢灾醒爰嗖煳弊矢窬×τ诘澄瘢哉位嵋槲敝矢窬×τ谡瘢ǖ茉钦位嵋槲保唤废壬翱子怪壬净嶂型艘饧茏瘢比∠且猓灾醒胙芯吭涸撼ぶ矢窬×τ诮逃酢Ｓ嗌负危芰τ邢蓿」苋绱司×Γ晕室愿嫖拮铩Ｈ粼倏燎螅囟嚓菸蟆Ｗ灾趺鳎瞿亚ň汀Ａこ戏羁遥袂胗癯伞！薄�5〕国民党高层随即指派宋子文、孔祥熙等“躬亲赴沪，恳切挽留”，蔡仍坚辞大学院长，并“荐贤自代”。起初传闻蔡推荐的人选乃易培基（属李石曾的中法系），而后来接替蔡氏职务的则是蒋梦麟。至于监察院长一职，蔡推却不过，只得应允暂居名义，具体院务由副院长陈果夫署理，此种状况延续近一年之久方告结束。
9月下旬，蔡元培与李石曾等同车由沪到宁，同寓张静江宅邸，蔡曾往“总司令部看蒋先生，其时胡展堂等亦在座”（《申报》1928年9月21日）。其后，蔡元培由宁返沪，以私人资格力劝同样提出“辞去本兼各职”的于佑任“勿即辞职”。此后，蔡元培来往于沪宁之间，从事政务，其行踪彰彰载于当时“京沪各报报端”。1929年间，蔡元培的国务活动也颇为频繁，他与蒋介石等高层人士的相互往来也时有所见。大体说来，至1930年以后，蔡到南京的次数才逐渐减少。不过应该看到，上海始终是南京之外的另一政治舞台，一些“党国大老”聚居于此，国民党及国民政府的一些幕后活动常常在此酝酿生成，蔡元培作为国民党政治集团中的资深要员自然参与其间，其在宁在沪，似不应成为判断其政治姿态的主要标尺。
在蔡元培晚年“从政高峰”期间，他的一个重要使命，便是平息学潮、弥合党内派系纷争，实际上是一个“救火者”兼“和事佬”的角色。北京大学师生为反对北平大学区发生风潮，蔡责无旁贷地出面平息，并一度兼任北大校长，使北大安然渡过“多事之秋”。交通大学出现校长危机，蔡亦暂时兼领，以求平稳过渡。国民政府的“首都大学”中央大学连续发生学潮，拒绝和殴伤校长，政府强令解散该大学，其后成立“中央大学整理委员会”，蔡再次救急，出任该委员会的委员长，亲到南京，与学校师生代表沟通，讨论学校经费和甄别学生事宜，尤其为合适的校长人选几经周折，终于为中央大学此后的发展奠定了一个稳固基础。同时，对于国民党内层出不穷的派系之争，蔡以元老身份尽力排解，力求化干戈为玉帛，维系政治统一，此种努力在“九·一八”事变后国难深重关头尤具特别意义。
1929年春，蔡元培奉派调查和调解蒋桂矛盾酿成的“湘案”，力劝李宗仁顾及大局，向南京方面退让一步。1931年秋，他又作为南京方面的代表，赶赴广州，斡旋和纾解宁粤对立，最后促成双方和解，开启了“蒋汪合作”局面。这期间，蔡名义上虽是宁方代表，实则乃党内对峙的调停人，他的立足点颇为“超然”，以致一度引来蒋介石的极端不满。书生从政，亦自有其优势，旁人看来似不谙玄机，而结局反而于整体有益。不过，蔡元培也曾经历风险。同年12月15日，北平各校南下示威学生与南京本地学生数百人在中央党部门前示威请愿，一时间群情激奋。蔡元培与陈铭枢被委派出来接见学生，蔡未及数语，即被学生拖下殴打，陈则被学生用木棍猛击头部，当场昏厥。据报载：“蔡年事已高，右臂为学生所强执，推行半里，头部亦受击颇重”，后被解救送往医院，所幸无大碍。这就是后来被有些新闻记者所渲染的“蔡元培遭绑架”事件。蔡事后对新闻界发表谈话说，他理解学生忧患国难的情绪，但对“学风沦替”也深感忧虑。此次“历险”，对于曾经作为“五四”精神领袖的蔡元培而言，似不无某种吊诡意味。
四
可是，从事党政活动的“超然”姿态，并不意味着内心深处全无评判，更不等于对现存秩序的麻木迁就。蔡元培本来即是一个是非心极强的知识分子，置身政治舞台，对于自己周围的“党内同志”也自有一番观察和评判，只不过此种“自由议论”不轻易向外界道及而已。1931年“九·一八”事变，东北大片国土沦丧，不久，“一·二八”事变爆发，日本侵略军在上海狂轰滥炸，形势危急。此刻，蔡元培忧心如焚，郁积胸中的不满终于在1932年2月初中央研究院的一次活动中倾泻出来。
蔡在纪念周作时局报告时“先说明他前次留在南京维持危局的苦衷，后来又表示对国民党前途的悲观。他第一个指斥的是宋子文，他说当美国劝阻日军进占锦州时，日军暂按兵不动，那时宋子文便邀拉西曼氏纵酒狂欢，庆祝胜利，谁知不久，日军便进占锦州了。这些地方便表现出宋子文是怎样的幼稚，宋少不更事，固不足论。最可怪的要算所谓党国的领袖第一，胡展堂那位先生，在和会（即宁粤和谈——引者注）以前满口承诺合作，对于既往概不追究，而在和会时，他便首先作梗；在和会以后，他又负气不到南京，自己在广州组织起三个委员会来。其次要讲到蒋介石，他的专横独裁，实为古今中外罕有，只要看他的政府，一切措施无不出自私心，财政部长辞职时，他可以将一切事务官完全引跑了，他们的薪水非但分文不欠，并且他们临走的时候，还每人发干薪两月，而其他各部人员的薪水都欠几个月，教育（部）竟积欠几百万。蒋临走的时候，还请了三位军人做省政府主席，他的合作精神及和平诚意，已可见一斑。蔡个人表示时局艰难，政治尤一无办法，言下不胜唏嘘”（《文艺新闻》1928年2月8日）。
这通牢骚和议论，真可谓如鲠在喉，不吐不快，从其中涉及的对日外交内幕、宁粤和谈经过、蒋氏二次下野前的部署等细节来看，非局内之人难以道及。蔡氏在中央研究院内部发言时的此番抱怨，吐露了其内心的不满、无奈和忧虑，与他后来同最高当局的离心倾向相对应，具有相当的可信度。同时，也可借以观察蔡氏充当救火者和“和事佬”表面活动的实际内心感受。
晚年蔡元培是否真的如后人所说曾经历了跌宕起伏和左右摇摆？就一般规律来说，人们步入晚年思想观念基本定型，大分大合的变化比较少见。有时即使外在表现一时令人费解，其内在逻辑的相对稳固仍有线索可寻。蔡元培在“清党”时反对滥杀青年，后来又公开撰文追念“不嗜杀的总理”（孙中山），再后来参与民权保障同盟活动，营救政治犯等等，其间显然有一以贯之的价值主线存在。作为国民党人，蔡元培亦不乏团体的大局的意识，这一点可能与五四时期有所不同。对于处在执政地位的本党而言，他以党内元老身份努力消弭内争，