顺治三年春，旗兵放马，吃了百姓的麦子。乡民无知，把马没收了。将军巴公下令兵士把乡民抓去，作叛逆论处，大半被杀，妻子田产一律没收入官。漏网的人弃家外逃，有家难归，各散四野。忽然有人出来领头，把逃跑在外的人招聚成群，借口借饷起义，实在是侵害善良百姓。达照师害怕，就带领他的法眷下了华山。
四月初旬，我想，外面土贼尽管作乱，但寺内安居自恣（又名结夏，依据四分律删繁阙行事钞卷上之四自恣宗要篇所载，佛制夏安居九十日，令僧众会集一处，修道精练身心，坚持戒行。然人多迷于己行，不自见所犯之过，理应仰凭清众之慈悲，予以晦示，故于自恣日尽量揭发己罪，表大众规诫，遂得内彰其隐私，外显其暇疵，经此发露忏悔，令得清净。夏安居之竟日，清众举示自身于见、闻、疑等三事中所犯之罪，面对其他比丘忏悔之，忏悔清净，自生喜悦，称为自恣。此日即称为僧自恣日、僧受岁日。）的律制废驰已久。如今我初当方丈，就应当领导大众依律制持戒修行，既然适逢夏季来到，怎么能再把安居自恣之制放在一边而不施行呢，故而在四月十六日作前安居。比丘一百六十多人，沙弥八人，共一百七十三人，个个都严遵律规努力用功，倍于平常。
到了五月二十日，天还未亮时，土贼首领张秀峰，领着一百多人来到山门外。门一开，他们就蜂拥而进。对我说：“这座寺庙楼房很多，厨灶也大，我们借住几天。”我说：“房灶倒是可用，但有两件事不太方便。一来，你们向人家索取饷银，如果不给，必然要捉人来吊打拷问追索。出家僧众在旁边看到，你们怎么下手。二来，我们僧人与你们同锅吃饭，若被官府察知，我们的罪责难逃。听说妙峰大师当初修建此寺时，都是附近村乡的父老乡亲欢喜相助，施工投劳，搬运铜殿和砖瓦木石等，其中也有诸位父祖的功德，今天如果毁坏，就是毁坏自家的福田。住处很多，为什么不到别处去找！”就这样再四推却，他才说：“就听师父所说，我们就在寺外。”没想到，房僧克修有个哥哥，也是那一伙贼寇的头领之一，克修私下经常出寺去看望。当我问到他土贼的动静消息，他却一言不吐。大众都感到很担忧，他却毫不在乎。我对大众说：“你们每人拿把柴来，把克修烧死，以绝大患，保护常住。”他听了吓得魂飞魄散，躲在自己的房间闭门不出。他的师父继贤流着泪跪在地上乞求，愿意听从我的教训，恳求免于烧死他。随即叫来克修，我对他说：“明天中午常住设斋，请为首的十个人，不准多来一个。若能依此，就免你死，如果进寺人多了，或者不来赴斋，还得治你焚烧之罪。”晚上我将大众招集起来议事，说：“明天中午，土贼的首领来时，阖寺大众左右两列排好队，年老的在后边，年轻的在前面，不要害怕，也不要说话。我不叫你们下去，你们都站着不动；若说‘去’，大家都一齐退下。只留二十个人，每一个席位二人照应。”到了中午，他们依约都来了，坐好以后，僧众排了两列。我说：“诸位今日举事造反，是因妻子眷属被掳，家产田地入官，又都是明朝子民，当然不能甘心枉受，都是不得已而为之。”他们听了，人人落泪，说：“师父是明白人，一切都知道。”我突然欠身以手击桌，厉声说：“今天请大家来吃斋，是因这铜殿是勅建，龙藏是钦颁，现在僧众不能安心清修，又怎么忍心毁掉这座千年常住？现在我这样也是不得已而为之！”他们看到我这样说，都吓得变了脸色。连声应道：“晓得，晓得！我们知道众僧人中有文武兼全的人。请师父不要动怒，明天一早我们就起营到别处去。”我又以软语加以安慰，他们告别出寺，果然五更时就起营走了。我为了防止天明官兵突然来到，又赶紧下令各位管事各自打着灯笼，到处仔细巡视，如果有烧火做饭留下的灰烬，全部要扫除干净，用树叶覆盖好，如有禽畜的毛骨，细细拣取，扔到深涧里去。天快亮时，镇江都统马公带兵来到山上，骑着马直入寺内，说：“打探得土贼在这里住了八天，你们为什么收容留住而不报官？”我说：“既然他们在此住了多日，怎么会没有烧火做饭的灰烬柴炭残余；屠杀禽畜，吃剩的毛羽残骨；请派人四处细看就知道了。”差兵士四处查看，回报说果然没有任何形迹，他施了五两银子就走了。因为这些贼官祸乱的消息传播四方，施主善信都绝了踪迹。我们每天稀粥三餐，几天油盐不能接续。土贼不时往来，同住的大众心神不安。我对众僧开示说：“今天开始安居，千万不要害怕退心，自有善神暗中护佑！凡是有官家兵马或土贼来到寺里，我一人出面应答，不用烦劳你们大众去交涉。”大家听了，心神才安定下来，又恢复精勤修行。
六月初，土贼大批蜂拥而起，都上了华山。有的住在上园静室；有的住在龙窝静室；有的住在黄花洞静室；有的住在炼性岩静室；有的住在桥亭；有的住在厨房后面的静室；这六处都属于常住界内。他们有的写了条子以礼借用常住物品，有的倚仗贼势叫人前来索取，我孤身一人向前灵活善巧对付过去。这些人一听说官兵来了，就提前逃散；如果知道官兵走了，就又聚合起来。我揣摩久后必然招来大祸，就领着大众将各处静室全部拆毁不留。七月十五日我在方丈室中自恣（即忏悔）。当时愿云公担任西堂，随即作了一首解制诗（佛制，夏天安居住静到七月十五日结束，叫解制）：“安居岁事久沉埋，我佛严规负冷灰；白首僧流无一腊，宝华律社喜重开。受筹恰应南参数，坐草犹存西国裁；自恣已圆佳话在，波离（优波离，佛陀十大弟子之一，誉为持戒第一）绝学吼如雷。”
八月初局势稍静。我把常住的事托监院顿悟照管，一人在方丈楼内礼佛。到十二日开窗外望，见一中年人，上穿旧青衣，下露大红色，在廊下走来走去，四处察看。我马上下楼对顿悟说：“这人是官兵，装成俗人，到寺里来打探情况的，千万不能留住。”顿悟悄悄对巡照说了，巡照说：“这是身处患难中的人，留他过中秋吧！哪里不可以行行慈悲呢！”我知道后，把巡照叫来，诃责了一顿，那个人抬起头来看着我。不一会儿，有一百多名土贼，个个手持竹竿作兵器，站在房廊檐下。顿悟一见，十分恐惧。因为他是太监，都知道他很有钱，怕他们索取饷银，就假作热情，煮饭款待，想笼络他们。我知道后，立即下楼，土贼们都已坐在斋堂里，碗筷都已摆好，看来不能阻止了。我就向顿悟说：“寺中大众一百多人的性命，和这座千年古刹，就要毁在你这一餐饭上了。将来出了什么事，责任全在你，与我无干。”那个露红衣的人，微笑而去。将军巴公、廒公、和操江（官名）陈公，领兵出城，剿洗土贼，营寨扎在东谢山顶。才知道那个微笑的人，果然是官兵派来的探子。
十三日半夜，清兵一百多骑兵上山来将寺团团围住。大众慌乱，无路可逃。天明时，我对顿悟说：“我是方丈，你是当家。现在常住有事，要共同承当。如果清兵进了寺庙，常住就会被掳一空，还要连累大众。”就开门来到铜殿台，领兵军官问：“你们二人是谁？”我答：“方丈和当家。”军官很高兴我们自己先来投见，就一起到山门同坐。他问寺内有多少僧人，我答说：“老少共住有九十四人。”军官说：“把他们都叫出来，若不出来的，就是土贼。”另外还有木瓦匠和雕塑匠在寺内，顿悟把他们都叫了出来。让兵士中捆绑着的一个土贼认人，他被锁了一昼夜，魂散心昏，口不能言，只是乱点头。因此出来一个匠人，他头一点。把十六个人屈诬为土贼，用绳勒住颈部反捆而去。还剩下六人，也用绳索套在颈上，一起押去军营。军官见到有这些俗人，担心还有隐藏起来的。就派两个军官领着四名兵丁，命一个兵把住大门，叫我与顿悟一同进寺。凡是寮房上了锁的，他们都用指头戳破窗纸，向里窥视。我为了解除他们的疑心，就伸手把锁扭断，打开门让他们看。见到案上全是经书，其余就只有床榻而已。连开了两三间房都是如此，他们才相信没有欺妄。还有些上锁的房间，军官就不让把锁弄坏了。军官出了山门坐下，对我说：“有人报告你们寺中隐藏土贼。大老爷下令我们来捉，押解到兵营，老少一个不放过。”随即下令一名兵士骑马押解一名僧人走在后面，军官自己押我走在前面。我想寺内无人，兵也无主，若后面的兵卒拥进寺去，常住便会被抢得一物不剩。因此我就对军官说：“领兵的人，出阵都走在前面统率众人；回来时则在后面镇住。我是僧人首领，你是众兵统领，应下令兵士押众僧前行，你我在后，这样僧也少不了，兵也不会乱。”军官笑着说：“就照你说的办！”
走了二十里，到东谢山顶，进了大营，看见无数土贼，光着身子捆在那里，有千余名乡民喊天哭地。有一个士兵手拿一面旗，引着我们蹲坐在一处，又把被冤的十六个人押解上去，过了一会又押了下来，在我们背后。一名兵士说：“各位长老都要说实话。若不说实话，就像这十六个人一样杀头！”说完，只听见响声，十六个人全部被杀，其余六人获免其死，被杀者的血溅染了我们的僧衣。我对众人说：“你们千万不要慌张，人人一心念佛。若是多生以来的定业，今天必然要酬偿。若不在此劫数，自然解脱。平日修行，正在这个时候才能得力。”众人都依我所说，喃喃念佛。
陈县尹下来，单把顿悟叫了上去，拷审受苦。他供说我是方丈，就差兵来传唤我。想到生死如水上浮沫幻起幻灭，临难决不能失去僧人威仪，就缓步直上。左右列兵手执出鞘之刀，一齐吓喊，叫我跪下。我正色说：“身着如来袈裟，佛制不听拜俗，岂能跪地求生，而故意违律！”我合掌躬身一问讯，便立在旁边。巴将军指着我笑了起来，自己摩着脑门，伸出大拇指，向廒将军、陈操江二人说满州话。通事（翻译）对我翻译说：“巴老爷说，你的头顶与老爷头顶相同，是好和尚，不要你跪。”陈操江问我：“土贼久住华山，为何不星夜来报，而擅自收容隐藏？”我说：“华山虽高，顶上却有可通行的大路。如果土贼上前山而往后山去，前面的人看见，就说是住在华山了。若土贼从后山过往去前山，后面人见了也说住在华山了。若来报了又无贼可擒，罪反在我，并非我容隐不报。如今华山就在眼前，请大老爷亲自观看。”操江公回首仰望，果然有一条过山大路。就说：“这件事就暂且不追究了。”又问：“孙太监（顿悟）是明朝内官，私养土贼，心怀叛逆，你一定知情。”我说：“孙太监是崇祯十七年来山出家。现在作监院不到半年，我只知他舍官修行，他的存心好坏，这是密事，我怎么能知道呢！”操江公说：“这确是密事，想来你也不知道。下去！”我仍然像以前一样缓步而下。
上面又拷打审问顿悟给土贼饭吃的事，他又把克修牵扯出来，两人都不肯认，就给克修上夹棍并鞭挞。他忍痛不过，又供说我是方丈，为一寺之主。又来传我讯问