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总结来说，在《大乘起信论》里，“依”，是如来藏为烦恼法做出生根本，不是为烦恼法作容受处；“染”，是烦恼法让如来藏发生增胜的烦恼之用，不是如虚空之云覆盖隐没虚空。由于发生了这样的根本差别，在修道论上的不同就很自然了。
在修道论上，《大乘起信论》发生的不良影响非常大。它将烦恼看作真如之用，不知道有为烦恼界与涅槃界的差别，将它们混为一体，所以不知道有转舍烦恼趋向涅槃这么一回事，反而认烦恼为本真，“如是无漏无明种种业幻，皆同真如性相”。既然烦恼是真如起念之用，所以烦恼以真如为体性，本就是真如，修行人认出这个真如性就可以了，一认出，就可以将它返本还源，还灭于真如，这就是“本觉”思想的出发点，一切现成，本来是佛，不待寻求。但是，烦恼就是烦恼，是染污是障覆，性不入清净法界中，只有以种种方便破坏了它的积聚流转，涅槃界清净法性才能因此显露，烦恼与清净涅槃界性不相属，认烦恼为清净，无异于认贼为子。所以凡是持此类见解的禅修者，没有不为烦恼留难的，他们大谈所谓“本地风光”，正如池塘安于本位，不能决破烦恼堤岸，归于涅槃大海。这些人持此见起修，所谓入邪定聚者，殆有其指。他们所得所获，绝不是解脱，了不起可以称为逍遥而已。道家人物认自己形躯精神皆为道体生化，任运自然，无为无求，一切随其生化，视为当然本来，以此为逍遥，持“本觉”论的禅修者和这些人何其相似！取要言之，这种见解发生的影响有两方面。其一，是不能如实了知外有为烦恼，不能了知四谛精义，不能观察五蕴积聚，也不能观察它的十二因缘流转之相，不知道它是外障覆，不知道它是应断之法，无法发起胜欲断除。其二，不能如实知涅槃界无为真胜义性，不能正知如来藏自性清净、不生不灭，不知道它是真实应得应归依处，无法发起胜欲趋求。
如来藏思想本来是具有“功德本具”之义的，如来藏自性清净，功德具足，经中都有明言，吕澄先生反对“本觉”说，在解说如来藏时，却也明明白白地使用“本具”字眼。但是正如上面讨论的，烦恼法与如来藏是两回事，绝不可说它由如来藏转变出生，所以本具功德的是如来藏，烦恼诸法并无功德。而《大乘起信论》说的本具本觉，把烦恼法全当成真如，因而烦恼也是功德本具，是真如的功德起用。这种思想岂非离题万里？
《大乘起信论》认烦恼为清净真如，所以不能发生舍染趋净的大势用，不能断除烦恼，反而会在烦恼中认贼为子，自作留难。不仅如此，它对于修集菩提资粮，积聚有为无漏之善法，也没有明见。受其影响的学人，一味妄求所谓返本，消极逃避，根本难以发起菩萨大行大愿，对于“鹄悬法界，穷际追求”之菩萨事业，如聋如盲而已。自吕澄先生发明这其中的区别以来，有识者对此所作批评已经很多，此处不再赘述。
四、结论
如来藏思想与《大乘起信论》迥然不同，泾渭分明，那么《大乘起信论》不能归入如来藏经论中，可谓的然明白矣。但是印顺法师却将它当成如来藏系的经典来宣传，影响很大，这是有来头的。印顺法师的判教法，是继承太虚大师的，而太虚大师的判教法，则又远承华严宗贤首大师。贤首为了抬高自宗和《大乘起信论》的地位，将大乘学判为三类：龙树提婆学、无著世亲学和马鸣坚慧学，以马鸣坚慧学为最究竟。但是《大乘起信论》本是伪作，非马鸣所造，坚慧菩萨所著《大乘法界无差别论》则阐发真正的如来藏思想，与《大乘起信论》也有根本区别。所以贤首的判学是不成立的。在印度本就没有这么一个马鸣坚慧学，马鸣、坚慧两人年代相隔久远，将其判为一个学统，实是出于比附。现在印顺法师的判教，性空唯名、虚妄唯识和真常唯心，就从贤首而来，这种判教法显然也就跟着不成立了。印度没有所谓的真常唯心系，这个真常唯心系是中国特产，华化佛学。
如来藏思想不同于真常唯心论。真常唯心论是外道见，要从有为法界的因缘生灭中找出一个造作主宰来，或说为梵，或说为道，或比附佛教名相说为真如妙心，凡此种种，皆为世俗妄想。如来藏思想揭示的是无为涅槃界，不是象外道那样在有为的因缘法中建立作者和主宰，而是显示本有的非因缘生灭之性的无为法界。欧阳渐与吕澄师弟在新组织的五科佛学体系里，将如来藏思想归于涅槃学一科，此诚所谓拨乱反正，法归法位，千古不刊。涅槃界是全体佛法的归旨，如果不知有此常住安乐涅槃界，全部佛法就无施设之必要了。这里说的常住安乐是涅槃界无为安乐之相，决非象梵我论那样在有为生灭法中妄认常乐我净。佛法是一味法，同一指归，有毘昙学，有戒律学，有般若学，有瑜伽学，无不指向终极涅槃之域。如来藏系列的经论，正是开显如来法界，涅槃法界。将如来藏思想等同于《大乘起信论》之类的本觉说，目之为真常唯心论，显然是因为还没有理解其中的微妙义旨。
《大乘起信论》上承魏晋玄风，下启楞严，是佛学彻底华化的关键一环，它将如来藏本体化，玄学化，影响十分深远。根本原因在于，它误会了如来界与烦恼界的“依持”与“隐覆”真义，对有为法界与无为法界的关系未得正解，却套用中国传统的玄学思路，将两者理解为体用生化关系。中国哲学传统里的这种体用思路，在佛学中是不能成立的，它与佛学所建立的有为界无为界的范畴体系，是两个完全不同的模式，具有根本性的差别。知道了它们的根本差别，便能认识到：第一，如来藏思想不是真常唯心论，印度并不存在这样的真常唯心学统，真常唯心系恰恰是围绕《大乘起信论》等伪书在中国建立起来的。第二，不能将《大乘起信论》代表的本觉说看成如来藏思想在中国的逻辑必然，《大乘起信论》是因为误读如来藏思想，没能理会真义而造出的，本不合正义。