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二、由此引出的修行论
只有如实理解了如来藏与烦恼的关系，才领会得正修行路。如来藏是无始本有之涅槃界，自性清净，但有外烦恼为染覆，所以修行就是离染、出缠，断除破坏外烦恼垢，使如来藏得以显现，如同破物见空，吹糠见米。五蕴世间是因缘生灭之法，以十二支因缘而流转积聚，因为是因缘积聚所生，“诸法和合无有实相”，所以它的实相是空。空，就意味着它没有实体可得，是可以转变，因此也是可以破坏的。五蕴积聚，发生诸多虚妄境界，这等境界都是妄识内现，无有实义，对此妄境界起爱乐贪著，起虚妄分别，起执为我，那么五蕴便如其所爱所执而积聚流转。全部佛法，都是要对治这些爱、执，断除其流转，破坏其积聚，显现涅槃界本来真净。当知色心五蕴，无不是外烦恼尘相，无我可得，性非清净，决不可于中妄认清净。说自性本空，指的是五蕴烦恼是有为有漏，是因缘生灭之法，可以转变破坏；说自性清净，则指烦恼所依涅槃界是无为无漏，自性清净，不是说烦恼也本来清净。如实见得烦恼藏与涅槃界的关系，那么便知道烦恼应断，涅槃当求，对于舍离烦恼而趣于涅槃界，便如天雨下注，江河归海，有沛然勃然之势用了。
要注意的是，所谓断除烦恼，并非无明烦恼法消灭归于无有，只是破坏其积聚，断除其流转，使原来如其我爱我执而流转积聚的五蕴法不再如其我爱我执而流转积聚，但以此显现涅槃界而已，而有为法界业力亦不消失，也不增减。烦恼藏有为法界，与如来无为法界是并列平行的。涅槃界如来法身，是无始时有，本来常住，非造作法，不待因缘而在。有为法界中无明烦恼呢，也是无始时有，不过它是因缘法，处于永恒的生灭流转之中。这个生灭流转，从无始时来，向无终时去，其相续生灭不穷，也可以说是常住之法，生灭是常。《楞伽经》说妄法是常，《胜鬘经》中讲无明住地是无始时有，“心不相应无始无明住地”。其他经典也都说无明烦恼是无始，求无始本际而不可得。《胜鬘经》说“非坏法故名为苦灭”，只说对涅槃界的证得乃称为苦灭，而有为法界却不是坏灭。《不增不减经》说众生界不增不减。《大乘同性经》中，楞伽王见三乘人归于涅槃而众生界不增不减，所以起厌倦想，佛则正告他：“非众生界有初中后求之可得，楞伽王，唯有已得圣法同性，是名尽于众生界耳，而有为道不尽不灭”，《大法鼓经》：“佛告迦叶，世间未曾尽，无所尽无尽时”。所以，断除烦恼是离染得净，不是转灭烦恼有为，吕澄先生对此说为“染净易位”，可谓一语以尽之。在瑜伽学里面，有阿赖耶之说，《楞伽经》首先将如来藏说和阿赖耶联系起来，以阿赖耶即是如来藏。如来藏是有容受执持有为法功能的，其中容受执持了有情诸烦恼法及无漏法种子，由有此杂染执受，如来藏即转名藏识，此义乃《楞伽经》特明。阿赖耶应理解为一个统称，在有为边，即是诸杂染种子的集合，在无为边，即是容受执持此诸种子的如来藏无为法界。如同虚空有物，则物与物中之空，一起得名。本此，瑜伽学中讲转依而证得涅槃，这个转，《成唯识论》明确地说为“转舍”，即将如来藏中所容受执持的有情烦恼法断舍而去，转而替换以无漏种子，此“转舍”不是“转变转化”，而是“染净易位”。烦恼是不可能转而变为涅槃法的。如果烦恼能转变成为涅槃净法，则有为界便是有尽，有减，有灭，清净法界则有增，有生，如此便成恶见，佛所呵责。
菩提道，除了证得无为涅槃界之外，于有为法界也不断诸行，住于中道，而于中积聚广大无量有为无漏善法，摄化众生，成就不可思议之智慧功德，国土成就，报身成就，神通化身成就等等。有为无漏法，不同于烦恼藏，不会隐覆如来界，而是能透见如来界。打个比方说，烦恼藏是黑法，不透明物，能隐覆虚空界。有为无漏法是白净法，透明物，有形质而不碍虚空界，能见虚空界。凡此诸有为无漏善法，皆属有为，要于有为法界中积聚广大菩提资量，行无量六度而成，决非断烦恼而后了事，是为无漏积聚，不同于烦恼积聚。菩萨之功行，不尽有为，于此有为法界尽未来际无有休息。是菩提道无住涅槃，一向趣寂的二乘之人虽然能证究竟涅槃，但已舍有为功用，对此菩提之法、无住涅槃，如焦芽败种，永无份矣。究竟涅槃强调舍离有为住于无为，无住涅槃则强调有为法界在实相上与无为法界平等，要不住无为，不尽有为。关于无住涅槃，关于积聚有为无漏菩提善法，群经广说，这里就不展开了，只强调一点：菩提是以无功用行住于有为而尽未来际不舍妙行趋于圆满，是要穷际追求的，不是转灭烦恼而返于某个大本大源能够一切现成，不劳而获的。
三、与《大乘起信论》做对比
上面择要谈了如来藏思想的两个方面，一是如来藏与烦恼的关系，如来藏为容受处住处，烦恼则为能隐覆；二是修行道的问题，包括两个部分即转舍烦恼和摄受有为善法。下面就来比较《大乘起信论》在这些方面与如来藏思想的根本差异。
《大乘起信论》以真心开为二门，真如为体，生灭为用，讲的是一种体用关系。 “真如自体相者……名为如来藏”，它把如来藏称为真如，将真如当作体，“心真如者，即是一法界大总相法门体”。此体有生灭之用，开为心生灭门，“心生灭者。依如来藏故有生灭心”。因有生灭之用，“能摄一切法，生一切法”，是万法之本源。《大乘起信论义记》解释说，“生灭是揽理成事门，不坏理而成事故”，直以真如为理体，由理体而成万事，可谓的然明白也。《大乘起信论》以真心开体用二门，更讲体用合一。“不生不灭（体）与生灭（用）和合非一非异”，是故万法纷纷，无不从这个本源中产生，不曾离开过本源，本身就是以真如为体，即体而用，用不离体。这种体用关系，是当时魏晋玄学的思路，套用它来理解佛教的如来藏和烦恼法，是一个创见，但却是得不到正解的。在真正的如来藏思想中，烦恼有为法界与如来藏无为法界判然不同，不是体用关系，如来藏涅槃法界但为其依而不相离，本身却是无为性，不生不灭，无起无待，绝不是什么有为万法的本源。可见两者差别是如何巨大了。《大乘起信论》的思想乃是中国玄学的翻版，玄学上承道体论传统，专讲体用，道为体，万物由道所生，还归于道。《大乘起信论》的真如为体，生灭为用，就纯粹是玄学进路。而道体论在印土佛学看来，乃是世俗妄想，因为它要在因缘生灭的有为法界中认出一个道体来，以此为造作者，为本根。
《大乘起信论》将如来藏看作生化之体，“心动”，“心起”，乃生万法，说“一切法皆从心起妄念而生”，所以，很自然地它就将烦恼看为如来藏自内转变而产生的了。它认为心起念则生无明，看下面这段话：
“是心从本已来自性清净，而有无明，为无明所染，有其染心，虽有染心而常恒不变。是故此义唯佛能知，所谓心性常无念，故名为不变，以不达一法界故，心不相应，忽然念起，名为无明”。
首先，它说“是心本来自性清净，而有无明”，“心不相应，忽然念起，名为无明”，将无明烦恼看成真如心所起，因而也是真心所具的内在之法，不是外客尘覆障。其他地方也说，“真如本一，而有无量无边无明”，“如是无漏无明种种业幻，皆同真如性相”，明明白白将烦恼看成真如内在所有，与如来藏学“此烦恼垢为外障覆”的观点是截然不同的。其次，这里说真如能够起念，其他地方也到处都说“心动”，“心起”，既然能起，这不就是生灭了吗？真如成了生灭之法，是能生能起之体，内起无明，是内自染污。这个染污，便不是外烦恼隐覆的意思，而是内在的心动，心起。这样《起信论》所说的熏染，确切地说就是指自心起念而生迷。
可以清晰地看出，《大乘起信论》主张真如能内受染污，内起无明。在它那里，无明不是别的，不是外于真如有别体可得的，不是外来客尘，恰恰就是真如自己转生出来的。那么比较如来藏思想中说的，如来藏如虚空而不动，烦恼只是外来客尘障覆，就可看出两者的宗旨真是相差万里，天地异路。一者是说烦恼为外来覆障，一者则是自生烦恼；一者说自性清净不受烦恼染，一者则说内受熏染起无明。对于烦恼流转是外覆障这层意思，《起信论》完全不得要领。如来藏是无为法界，如虚空性，不生不灭。《大乘起信论》看似也说真如心体不生不灭，却又说它能生无明，能生万法，这不是明明前后自相矛盾吗？吕澄先生讥之为石女生儿，也确乎如此了。它只是窃用“不生不灭”一语而已，对“不生不灭”实在还未有如实领会。《大乘起信论》说的“不生不灭”，是就玄学拟想的“体”而言的，指心体的性质和总量不生不灭，如同金，可以打造为师子，也可打作指环，而金性不变。这种见解是世俗妄想，有为法但是因缘和合，并非什么本体造作转变出来，无有本体。再说，金在不断打造，一会是师子，一会是指环，明明在造作变化了，哪里又是什么不生不灭呢？所以它的“不生不灭”是虚妄拟想而已。
归根结底，是《大乘起信论》将如来藏为烦恼作依作持做建立的说法误会了，以为这个“依”乃是发生根本，是“依据根本转变出生”的意思。由此误会，更将无明烦恼之“染”理解为“内受熏染而转变成为”的意思。它不知道“依”是“依止、容受、支持”的意思，也不知道“染”是外作“障覆”的意思，凭着中国玄学道体论的传统见解，直将如来藏与烦恼理解成体用关系，成就了一个大误会。我们知道玄学讲的体用，建立一个万法之本，一本万用，正是一个生化过程。《起信论》拿这个体用生化的玄学思路去套如来藏的“依”，“持”、“建立”义，将如来藏也搞成了一个大本大源的东西，以为依如来藏生化一切烦恼法，这就不知不觉觉中已是离题万里了。它完全不理解如来藏与有为烦恼法的依持关系，不知道两者性不相属，“烦恼不触心，心不触烦恼”，却将如来藏搞成生灭之源。正因为此，《起信论》也才将“染”理解为真如内起无明，流转增胜，故有真如受熏一段大论。真如可突然念起而生无明，无明本以真如为体，依真如体有流转势用，故能依真如增胜，使真如作用，生出更多的烦恼法来，这就是真如受染污，是可变易。因为无明的流转势力之故，无明在真如心中增长出生之故，便说为真如在受无明熏染。但这是根本错误的，如来藏是依因，不是生因，不生故，无为性故，不受染污。真正的如来藏经论中，没有一部说如来藏是可以受染污、可以转生无明的，而只说“非烦恼所染”，“烦恼不触心，心不触烦恼”，“客尘烦恼不入众生清净界中”。
总结来说，在《大乘起信论》里，“�