改建成研究流行病的实验室，他们称之为“荣1644部队”。虽然这个实验室靠近一个军用机场、一个艺妓区、电影院和显眼的日本人中心，例如日本领事馆、军警处及侵华派遣军最高统帅的指挥部，它仍然是严密警戒之下的机密。院子周围是高高的砖墙，上面有带剌的铁丝网，实验室有警卫巡逻，工作人员被命令绝不允许在写回日本的信中提到荣1644。里面的科学家给中国俘虏注射或喂食各种各样的毒药、细菌和致人死命的气体；这些物质包括丙酮、硝酸盐氰化物、亚硝酸盐氰化物和蛇毒，比如眼镜蛇、竹叶青蛇的毒液。日本科学家以这种方式每周杀死10个或更多的中国人，并用荣1644的焚化炉处置他们的尸体。
1945年8月日本投降时，荣1644的职员毁了他们的仪器和资料，炸了实验室，并在中国部队到达南京之前逃跑了。我们知道这个秘密实验室的情况仅仅因为那个部队的一些科学家在战后向美国审问者供认了他们的活动。
那些足够幸运逃脱了肉体折磨、日本人的医学试验和毒品诱惑的南京人，生活在军队恐吓的令人室息的环境中。日本当局设计了一种集体控制的方法，即用金字塔式的等级制度把人们组织起来。命令每十户指定一个头目，命令每十个这样的头目指定另一个头目，以此类推。在这个系统下，要求每一个南京人都持有登记卡，那上面有其十人，百人、干人头目签字证明其对新政权的忠诚。还要求每个人报告来到其户里的任何生人或未登记的人，他向十户头目报告，后者再向自己的直接领导者报告，如此逐级上报，直至消息到达市政府的区级官员。
这不是日本人的发明，而是传统的中国制度，叫作保甲制。无疑，日本人重新利用它来证明他们在南京的统治的合法性。
日本人经常检验这一保甲制度，有时释放没有通行证的人进城，看看他们是否能找到藏身之地。如果这些人没有在两个小时内被抓到或被告发，他们藏身地区的小组头目们会受到严厉的惩罚。委员会成员艾伯特·斯图尔特在他1939年的日记中写道：“这就是日本人维护人们对新政权的忠诚的方式。”
尽管经过战争、烈火和大屠杀，南京还是恢复了。令人恐惧的饥荒没有发生，不仅仅因为日本人最终允许食物运进城，也因为当地农民在日本部队离开南京去追剿内地的中国军队之后收获了冬小麦。在一年的时间里，富饶的长江三角洲地区大多数农业产量接近战前水平。这并不是说在日本占领时期南京没有食物匮乏之患。在城里，菜园和农田的收成都不好，因为日本人不仅抢走他们的蔬菜，还强迫农民开荒和把农产品运送给日本人享用。而且由于战争拖延，在南京的日本当局紧缩供应，严格控制必需品如煤和米的配给。不过没有证据表明南京的饥荒和营养不良比中国其他地区严重。其他城市如国民政府的新首都重庆在战争期间食物缺乏比南京严重得多。
虽然在日本人的统治下鸦片和海洛因的贩卖猖獗，但南京居民相对少病。占领之后城里的日本当局制定了严厉的政策，焚烧因病而亡者的尸体。他们还开始实行一项强制性的防疫计划，预防霍乱和伤寒，要求人们一年注射数次疫苗。中国卫生官员守候在街道和火车站给行人和进入这座城市的人注射疫苗。这在市民中引起了极大的不满，很多人害怕那些针会使他们丧命。西方传教士的孩子们仍然记得在火车站进入南京的中国人被命令浸泡消毒水——很多人认为这个要求很污辱人。（进入这个城市的西方人经常被喷洒来苏水。）
几年之内南京便从废墟中站了起来。1938年春天，人们开始冒险回到这个城市。有些人回来查看损失情况，有些人回来找工作，因为他们的钱已经花完，还有一些人看看情况是否足够安全，能把他们全家迂回。南京重建开始时，对劳动力的需求增长，很快地便把更多的人吸引回来，不久之后他们的妻子和孩子就参加到向南京迁移的人流中。在一年半的时间里人口翻了一番，从1938年3月的25万一30万人增至1939年12月的57。6万人以上。虽然尚未达到这个城市在1936年的100万人口的水平。到了1942年人口达到了最高点约70万，并在战争持续期间稳定在这一水平上。
在日本人统治下的生活远谈不上愉快。但很多人逐渐相信征服者将留下来，一种屈服的情绪在这座城市蔓延开来。偶尔有一些地下的反抗——间或有人跑进坐满日本军官的戏院，扔一颗炸弹。但一般来说，这类造反是零星的和罕有的，大多数反抗日本人的敌意的表示是非暴力的，例如反对日本人的招贴、传单和在墙上的涂画。
南京的苦难终于在1945年的夏天结束了。1945年8月6日，美国在日本的第八大城市广岛投下一颗未经试验的铀弹，第一天杀死了这座城市24。5万人中的10万人。但日本人并没有投降，美国在8月9日向日本的城市长崎投下第二颗原子弹，一颗钚弹。之后，不到一个星期，8月14日日本作出了投降的最后决定。
日本人在这个前中国都城一直逗留到日本投降那天才匆匆撤离。据目击者说，看到日本人喝得酩酊大醉或在街上哭泣。有人听到传闻说，当地居民强迫没有武装的日本人跪在路边并殴打他们。然而报复日本驻军的行为并不多见，因为在这个混乱的时候，很多中国人躲在家里，由于害怕万一日本战败的消息不是真的而不敢庆祝。撤离是迅速的，没有大规模的对日本士兵的迫害和关押。一个南京居民回忆说，日本投降以后她在家里待了好几个星期，而当她出来的时候，日本人已经走了。
第八章 审判日
在第二次大战就要结束之前，同盟国就已组织了军事法庭要把日本战犯送交审判。由于充分预计到日本的战败，美国和中国国民政府为审判作初步的准备。1944年3月，联合国家建立了战争罪行调查委员会，并在重庆——南京沧陷后，中国的战时都城，为调查远东和太平洋战争罪行附设了一个委员会。日本投降之后，法庭的计划开始认真地进行。在日本的盟军最高司令部和中国国民政府密切合作，收集日军在华暴行的证据。由于在南京暴行期间犯下的罪行，日本的权威人物不仅在南京，而且在东京接受审判。
南京战争罪行审判
南京的暴行是这座城市心灵上的一道深重痛苦的创伤，一道隐藏多年的受了压抑的恐惧和仇恨的创伤。自1946年8月开始，在这座城市审判乙级和丙级战犯时，这道创伤破裂，进发出在战争时期聚集起来的全部毒物。
虽然只有少数几个日本战犯在南京审判，但给了当地中国百姓一个倾诉苦痛、宣泄仇恨的机会。审判持续到1947年2月，在审判期间，1，000多人证明了约460起谋杀、强奸、纵火、抢劫案件。中国政府在南京街头贴出布告，敦促目击者带着证据站出来作证；同时，12个区公所向全市收集人民的陈述。他们一个接一个出现在法庭，聆听中国法官对他们的警告：如果作伪证要判5年监禁，然后发誓句句真言，在书面陈述上签名、盖章、按指印或画押。证人不仅有幸存的中国人，还有一些安全区的领导人，如迈纳·瑟尔·贝茨和刘易斯·斯迈思。
审判期间，痛苦地隐藏多年的证据展示出来。最著名的展品之一是一小本相册，有16张日本人自己拍摄的关于种种暴行的照片。大屠杀期间，这些底片由日本人送去冲印店，那儿的雇员偷偷多印了一套相片，放进相册，藏在浴室墙内，后来又秘密藏在一座佛像下面。这本相册从一人手里传到另一人手里，甚至在日本人发出威胁并搜查其拍成照片的罪证时，人们仍冒着生命的危险收藏它。为了这16张照片，有一名男子甚至逃出南京流亡。（这些照片从照相馆到战争罪行审判庭再到它们的最后栖身之地档案馆，其间漫长而又复杂的历程在中国激发了无数的文章以及一部大型纪录片）。
不过，不是所有的证据都是经由如此轰动曲折的道路到达法庭的。有的是直接来自旧的剪报。本书第二章描述过两个日军中尉野田毅和向并敏明参与臭名昭著的杀人竞赛，《日本广知新闻》有关此事的一篇文章被引用在审判中。在审判过程中，当然，这两名日军军官都否认每人杀人超过150个。其中一人指责这篇文章是外国记者凭想象捏造的，另一人坚持说竞赛的事是他瞎编的，是为了回日本后比较容易娶到老凄。1947年12月18日，当判决在法庭上宣读时，中国听众高声欢呼，高兴地落下眼泪。两名中尉由行刑队处以死刑。
南京战争罪行审判的焦点是谷寿夫。1937年，他在南京任日军第六师团师团长。这支部队在南京犯下了累累罪行，尤其在中华门一带。1946年谷寿夫被押回中国审判，一辆囚车把他运进南京的一座拘留营。为起诉他作准备，穿着白色工作服的法医专家挖开中华门附近5个葬地，挖出成千上万的骸骨和颅骨，许多是因枪伤而断裂，而且仍然染着黑色的血迹。
当面对整座城市集中爆发的愤怒时，谷寿夫一定感到胆战心惊。他穿着拆去星章和绶带的黄色军服，站在被告席上，80多名证人出庭详述无休无止的一系列恐怖行为。起诉书很长，列举了谷寿夫师团犯下的成百上千桩罪行：刺杀、烧杀、淹杀、勒杀、强奸、偷盗和破坏。罪证越来越多，件件令人发指，专家们在法庭的桌上展示成堆成堆的颅骨，加强了效果，中国公诉人甚至和专家站到一起。1947年2月6日，宣布对谷寿夫的判决时，法庭太小不足以容纳所有要出席的人，但法庭内还是挤满了2，000多名观众，同时用大喇叭向聚集在外面的好几万居民广播宣判的过程。
法庭裁决有罪，对此没有人感到意外。1947年3月10日，法庭作出结论：谷寿夫的部队违反了海牙会议“关于在陆地的战争及战时对待战俘的习惯法”并纵容了一场大屠杀，使南京据估计30万人丧生，之后，宣判谷寿夫死刑。4月26日，南京城里的大多数人走出家门，观看行刑，人们沿街或沿人行道而站，看卫兵把反绑双手的谷寿夫押往位于南京正南方的雨花台刑场。在那里，谷寿夫被枪毙，许多幸存者认为，与其多数受害者的遭遇相比，他的死已是太人道了。
远东国际军事法庭
远东国际军事法庭，亦称东京战争罪行审判，1946年5月3日在日本的首都开始。审讯的范围大得惊人。远东国际军事法庭吸引了20万观众和419名证人。审讯的文字记录多达49，000页，1，000万字，包括779份书面陈述和作证书，以及4，336件物证。这次审判被称作“世纪的审判”，持续了两年半——是纽伦堡审判所花时间的3倍。事实上，远东国际军事法庭会成为历史上最长的战争罪行审判。
远东国际军事法庭引起无数传媒和法律界人士的注意，尽管只有28名日本军事和政府官员被起诉。每次开庭，法庭里都挤满了1，000多人，包括法官、律师、外国记者：新闻摄影师、法律工作者、军事警察、速记员和翻译。记者席的左边，升高的台子上，坐着来自11个同盟国的法官，记者席的右边是被告，观众坐在楼厅上，律师、助手和职员站在下面。每个�