ㄗ由希爬醋�11个同盟国的法官，记者席的右边是被告，观众坐在楼厅上，律师、助手和职员站在下面。每个人都戴着耳机，因为诉讼程序以英语和日语两种语言进行。
“在远东国际军事法庭上，有1，000个美莱（越南南方的一个村庄，1968年美军在那里杀害了100多平民。——译者）出现”，阿诺德·布雷克曼在他的著作《另一个纽伦堡：东京战争罪行审判未曾讲过的故事》中写道。在审讯期间，日本人席卷亚洲所作所为的成千上万骇人听闻的细节，通过大量的新闻报道、调查报告、统计资料和证人证词呈现出来。远东国际军事法庭不仅建立了南京大屠杀的永久性口述历史记录，而且证明了南京大屠杀仅仅是日本人在战争期间全部暴行的一小部分。检察当局发现，其中有日本人在其俘虏身上做医学试验，使重病和饥饿的囚犯因精疲力竭倒地死去的行军（如臭名昭著的巴丹死亡行军），修筑暹缅死亡铁路的残酷条件，把水或煤油灌进受害者的口鼻直到其肠子破裂的“水疗法”，悬吊俘虏的腕、臂或腿直至其关节完全脱臼，强迫受害人跪在利器上，令人痛苦之极的拔指甲，电击折磨，强迫妇女裸身坐在炭炉上，每一种可以想象到的殴打鞭笞形式（宪兵好用的一种折磨方法是把俘虏捆在树上，围着他们，用一种委婉地称作“三重攻击”或“三方会合”的方法把他们踢死），甚至活体解剖和吃人肉。后来认定，日本人对待战俘之残暴甚至超过纳粹。纳粹囚禁的美国战俘25人中仅死一人，相比之下，日本人囚禁的三人中就有一人死亡。
南京的暴行——也许是远东国际军事法庭最重要的事件——是作为整个战争时期日军行为的一个象征。合众社一名采访远东国际军事法庭的年轻记者布莱克曼指出：“南京的暴行不是所有战争都普遍发生的一种独立的事件。它是蓄意的，是政策。东京对此是知道的。因此，它是全世界传媒的头版新闻。这就是远东国际军事法庭的全部内容。”在审讯中出示的证据压倒了日方的辩护。国际安全区委员会的一些成员也飞到东京，宣读他们的日记，展示他们自己的研究发现，回答有关南京暴行的提问。
远东国际军事法庭的裁决毫不含糊地痛斥日本人在南京犯下的罪行，用一名观察者的话说，日本兵“就像一帮野蛮人被放了出来亵渎了这座城市”。法庭还作出结论，日本政府很清楚在南京的种种暴行。罪行毕竟是明明白白地在大使馆眼前发生的。国际委员会曾经每天都拜访日本驻外办事处和日本大使馆的代表报告当时的形势，在头6个星期甚至一天提两次抗议。美国驻东京大使的约瑟夫·格鲁个人会见日本的高层官员，包括广田弘毅，通知他日军的暴行。此外，1937年和1938年驻华的日本无任所公使伊藤也向广田呈交有关日军在华暴行的报告。
对南京暴行最强烈的谴责是针对松井石根的。作为当时日本华中远征军的指挥官，松井是最明显的目标：在侵占南京之前一个月，松井曾夸耀他的任务是“惩罚南京政府和无礼的中国人。”1937年12月17日，松井以极隆重的庆祝仪式进入该城，骑在红棕色的马上，接受士兵的欢呼。不过，历史学家曾提出，松井有可能做了南京暴行的替罪羊。松井患有肺结核，病体赢弱，在城陷之时他甚至不在南京。
由于这个问题缺少文献，松井对南京罪行的责任仍然是需要进一步研究和争辩的课题。然而，证据表明，这个患结核病的将军对整个事件感到罪责难逃，无疑是因为在朝香宫指挥之后，他未能维持日军的纪律。为了弥补在南京犯下的罪行，松井在离东京约50公里的海滨胜地，他的家乡热海的一座小山上树立了一座表示痛悔的神龛。从长江岸边运去的几袋泥土和日本当地的泥土混和在一起，经过雕刻、烧焙、上釉，制成——佛教仁慈悲女神观音像。松井一家请来尼姑在佛像前念经，哀悼中国的战争亡灵。
然而，自我鞭挞的公开表演是一回事，愿意为枉死的人讨回公道则完全是另一回事。直至今日，松井在远东国际军事法庭上的行为仍然令人费解。在证词陈述中，他没有揭示在南京所发生的全部真相，这陈述原本是会牵连到皇室的。相反地，他一派胡言，不是撒谎就是偶尔自我谴责一下。他试图为南京的暴行找借口，有时完全否认它们，并用他那关于佛教和中日亲善本质的拐弯抹角、含糊神秘的论述来激怒检察当局。他没有一次指责天皇。相反地，他自责没有适当地指向朝香宫亲王和天皇，而他还告诉公诉人，为他们去死是他的义务。他说，“我乐意以这种方式结束”，“我确实渴望随时去死”。
他的愿望实现了。法庭作出结论，南京的暴行“不是经秘密命令的，就是故意之所为”，并判处松井死刑。他不是唯一的一个；总共是7个日本甲级战犯，包括日本外相广田弘毅，他被远东国际军事法庭判决有罪，后来在东京巢鸭监狱被绞死。
不幸的是，南京暴行的许多主要的罪犯——或那些原可以用其皇家权威制止强暴的人——一天也没有出过庭。
中岛今朝吾将军在日本投降后不久去世。由于尿毒症和肝硬化，此人死于1945年10月28日，最严重的一些南京暴行就是其部队所为。有传言说中岛是个酒鬼，是自杀身亡。不过，他的长子说，他的病是由于吸入自他受雇进行化学武器研究和教学之后就接触的气体。凑巧的是，一名美国军事警察来询问中岛有关战争罪行的事，到了他家门口，正好碰上医生在通知其家人中岛死了。中岛的传记作家木材邦宪认为中岛奉行了“不留俘虏”的政策；他引述中岛之子的话说：“如果我父亲活着，他可能逃脱不了死刑。”
柳川平助将军也死于1945年。不过，在他心脏病发作去世之前，他和朋友菅原丰面谈了几次，他利用他们谈话的全部七本记录出版了一本书。虽然这本书主要是赞美柳川的军事业绩（菅原写道，“他是个杰出的人，一个伟大的天才”），但它确实提到达了南京的暴行。柳川对整个事件简直是不屑一谈，他向菅原保证关于其士兵暴行的报告纯属“捏造的谣言”。他反而夸耀说，他的士兵在南京非常遵守严格的纪律，甚至进驻中国人家时他们都小心翼翼地穿上拖鞋。
裕仁在日本投降之后又活了很久，但从来不曾为他在战时的行为面对彻底的道德清算。作为日本投降的交换条件，美国政府同意日本天皇免于审讯，所以没有作为被告，甚至没有作为证人传唤他。因为投降的条件使日本皇室的所有成员免受指控，裕仁的叔叔朝香宫亲王（在他的指挥下制造了“杀掉全部俘虏”的命令）也逃脱了审判，使他完全不用在远东国际军事法庭露面。
豁免裕仁的战争责任的决定及更加糟糕的保留其皇位的决定，后来妨碍了日本人民自身对其二战罪行的历史的觉悟。根据裕仁的传记作者和著名的日本学家赫伯特·比克斯所说：“许多人会觉得难以相信他们曾是侵略和近乎种族灭绝的谋杀的共犯，而他们曾如此忠心侍奉的天皇却从不用为其自身的言行承担责任……麦克阿瑟为后来日本关于战后君主玫体的保守言论准备了根据，这些言论否认昭和天皇曾握有实权。”
裕仁天皇在南京暴行中作用的详情仍然是个争论不休的课题，因为缺乏可用的原始权威资料。不像纳粹政府的记录，由同盟国没收并用缩微胶卷拍摄下来，后来在战争罪行审判中用作证据，日本人在麦克阿瑟将军抵达之前故意销毁、藏匿或篡改了他们大部分的战时文件。甚至连美国占领军确实在1945年设法获得的多数日本高层军事记录——一位教授称这些文献为“历史的无价之宝帼”，也在10年之后，在它们还没有恰当地用缩微胶卷摄下之前，由美国政府令人费解地、不负责任地还给了日本。由于这些原因，如今实际上不可能证实裕仁天皇是否计划、赞成，或者甚至是否知道在南京的暴行。
也许唯一的一部试图阐明裕仁与南京大屠杀有牵连的英文著作是戴维·贝尔加米尼的《日本天皇的阴谋》。在他的书中，贝尔加米尼声称，日本设计了一份征服世界的复杂精细的蓝图，而那个决定侵占南京的人就是裕仁本人。贝尔加米尼提供了一个饶有兴味的故事（表面上看引用了日本的绝密信息），来说明导致南京悲剧的一系列事件。不幸的是，贝尔加米尼的书受到有声望的历史学家的严厉批评，他们断言他举出根本不存在的原始资料或者引用神秘的、不透露姓名的消息提供者所说的、惊人而无法证实的东西。
更添混乱的是学者之间关于征服世界的日本的帝国阴谋是否曾经存在的争论。人们相信，在1927年远东会议期间，首相田中义一曾向天皇呈交了一份秘密报告，报告称为“田中备忘录”
（即《田中奏折》。——译注），据说概括了当时日本的野心。报告断言：“如欲征服世界，必先征服支那。”“惟欲征服支那，必先征服满、蒙，……倘支那完全可被我国征服，其他如小中亚细亚及印度、南洋等异服之民族，必畏我敬我而降于我。使世界知东亚为我国之东亚，永不敢向我侵犯，此乃明治大帝之遗策，是亦我日本帝国之存立上必要之事业也。”
如今，学者们普遍认为这份报告是伪造的，可能是从俄国人那里传出来的。但是，1929年9月这份备忘录第一次在北京出现的时候，它使很多人相信，日本侵略中国是其征服全球的、计划周全的阴谋的一部分。田中备忘录的英文本后来在上海的报纸上以英文刊出，而且甚至激发了一部典型的好莱坞影片《太阳血》。在影片中，詹姆斯·卡格尼为了拯救世界企图偷取日本的总计划。如今，田中备忘录仍大大地左右着世界的想象力：许多中国历史学家认为田中备忘录是可信的，而中国的百科全书、辞典，以及英文报纸和电讯社文章继续把备忘录作史实引用。
当前，没有一个有声望的日本历史学家相信日本有一个征服世界的预谋。对20世纪20年代和30年代日本国家行政机构的混乱状况进行的调查表明，这样一个密谋是不可能的：日本的陆军憎恨海军；在东京的最高司令部不知道在满洲的关东军在干什么，等到知道已为时太晚；外交部和武装部队之间的关系是冷淡到守口如瓶。
然而，许多历史学家认为裕仁一定知道南京暴行的事。（赫伯特·比克斯个人认为，“裕仁可能不知道”是“难以置信”的。）首先，它是世界报社的头版新闻。其次，他自己的弟弟该会告诉他骇人听闻的细节。1943年，裕仁天皇最小的弟弟三笠宫崇仁亲王曾在日本皇军侵华远征军的南京司令部当过一年参谋，他在那里听一个年轻军官说过用中国俘虏作刺刀练习的活靶以训练新兵。这名军官告诉亲王，“这样能帮他们提高胆量”。惊骇万分的三笠宫把这种练习描述为“真是一个恐怖的场面，只能叫作大屠杀”。“出于要结束战争的强烈愿望”，亲王发给年轻的参谋们一份调查表，征询他们对战争的意见；准备一次演讲，谴责日本侵略中国，并写了一份报告：《一个日本人对中日战争的反省》。这篇�