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经过这两个小时的苦战，马穆鲁克兵吓得魂飞魄散，他们称拿破仑为“炮火之王”、“上帝之鞭”，从此，拿破仑的威名传遍东方。法军士兵也在这一仗中使远征埃及所经历的千辛万苦得到了补偿。他们从杀死的和溺死的马穆鲁克兵身上搜到了许多值钱的东西，一些士兵往往因一具尸体而大发横财。
通往开罗的障碍被扫除了，法军很快进驻了这个城市。吓呆了的居民在沉默中迎接了征服者。拿破仑向开罗人士发出了下述公告：“昨天，马穆鲁克兵非死即伤，我正派兵追逐逃脱了的散兵游勇。把你们河岸的船只放过来，并派代表团来通知我你们归降，以面包、肉类、草料和大麦供应我的部队。不要惊慌，要安静如常，我确信再也没有其他人比我更急于为你们的幸福效劳了。”
极度疲乏的法军在开罗得到了大量食物，他们终于可以好好休息一下了。可拿破仑并没有闲下来，他以充沛的精力立即投入埃及的组织管理工作。他发出多道命令，号召法军严格遵守军纪，尊重伊斯兰教的信仰和当地的风俗习惯，不得骚扰清真寺和当地妇女。拿破仑亲自参加清真寺的礼拜活动，他甚至向阿訇们表示，自己也信仰伊斯兰教，并请他们给自己讲解《古兰经》。经过多方考察，拿破仑决定在埃及各省成立行政、警务、征税等机构。7月27日，他以国家研究院院士及总司令的名义发出了下列命令：“第一条，埃及各个省都应成立一个由7名成员组成的政府，负责照管本省的利益，告诉我民间所有的疾苦，防止村落之间的械斗，使用法国总督提供的武装力量监督和惩治罪犯，并在任何必要的时候向人民发布指示。
“第二条，各省都有！名始终受法国总督调遣的警务官。他统领60名武装的当地人，必要时得调往各地维持秩序，导致忠顺与安宁。
“第三条，各省应有1名责任监察官，监查租税和国家岁入的征收事宜，这种租税和岁入过去是属于马穆鲁克的，现在则是属于共和国的；在监察官之下应有一些必要的经理人员。
“第四条，每一个监查官应有一名法国人充任总管，他应向中央财政部门报告，并坚决执行他可能得到的一切命令。”
正当拿破仑致力于重建埃及的政治制度时，突然传来了法国舰队在海上覆灭的消息，拿破仑震惊了。
原来，纳尔逊发现自己判断错误以后，立即调转船头尾随法国舰队而来。8月1日，纳尔逊舰队的了望塔终于发现了停泊在阿布基尔湾的布律埃斯舰队。当时，法国舰队在这开阔浩瀚的阿布基尔水域没有充分的防卫设施。8月1日下午，纳尔逊舰队的14艘战舰，载着1000多门火炮，顺风驶至阿布基尔。法国舰队指挥立即发出紧急集合信号，可这时几乎有一半人员还在岸上搜集饮水和给养。纳尔逊判断在法国舰队的停泊线和浅滩之间，必有足够的地方可容英国舰只插进去，于是，他作了一个极为大胆、近乎冒险的决定：把舰队一分为二，5艘军舰插入法国舰队和浅滩之间，其余舰只则在朝海的一面，沿着法国军舰停泊线活动，从两方夹攻法舰。法国舰队在面临陆地的这一面没有配置炮手，因为他们作梦也不会想到这一面也会受到攻击。法国舰队左右两边受到英舰近距离的炮火轰击，只有招架之功，无还手之力。黄昏时，法旗舰“东方”号爆炸，舰队司令布律埃斯阵亡。次日拂晓，除了两艘主力舰和两艘巡洋舰得以逃脱外，其余舰只均已丧失行动能力。
拿破仑素以精力旺盛，镇定自若而著称，可他得知这一悲惨消息后，也经不住这突如其来的打击，他脸色发白，悲痛万分。他一眼就估量出这幕惨剧所带来的致命后果：同法国一切交通都被切断，返回法国的全部希望也随之断绝，除非屈尊向一个不共戴天的敌人投降。当他的秘书规劝他耐心等待督政府的帮助时，他怒气冲冲地嚷道：“督政府里尽是一帮混蛋！他们嫉恨我，恨不得我死在这里才快活。而且，你看全军有多么不满，谁也不愿呆下去。”
拿破仑相当地激动了一阵。可不久，笼罩着他的这种阴暗情绪就消除了，他又恢复了坚定自制和镇静。他意识到他现在最迫切的任务是振奋部队精神，驱散悲观情绪。他鼓舞部下说：“这样，我们被隔绝在埃及的土地上了。这很好。我们必须在惊涛骇浪的大海上活下来，大海会平静下来的。或许命运注定我们要改变东方的面貌。我们一定要留在这里，像古代人那样在这里完成伟大的功业。”“埃及曾经是一个强盛的帝国。它在向英国的进攻战中具有多么优越的位置！”“我们将不得不创立一个大帝国。……海洋把我们和祖国分开了，可是随便哪个海洋都不能把我们和非洲分开，也不能把我们和亚洲分开。我们的人数很多，我们不会缺少补充我们队伍的人力，我们也不会缺少弹药。”拿破仑的一番话使士气低落的军队重又充满信心和希望。
舰队的丧失使拿破仑确信，必须迅速而有效地把埃及组织起来，必须在埃及站稳脚跟，因为法军还要在此地呆相当长的时间。拿破仑那灵活的、爱思索的脑袋似乎有使不完的劲，战争、防务、税收、政府、法院机构、贸易、艺术和科学，全都引其他的注意。他毫不迟疑地发出一道道命令和指示，为的是防止与失败俱来的迫在眉睫的危险。8月21日，拿破仑以法国科学院为模式建立了埃及科学院，蒙日任院长，拿破仑任副院长。科学院的任务就是促进埃及的进步和传播文化。考古学者、地质学者和历史学家从尼罗河到阿斯旺瀑布，考察古代王国的遗迹。科学家、工程师们则研究防治传染病和设计灌溉工程。在总工程师、建筑学家勒佩尔的领导下，他们正在进行苏伊士地峡的水准测量和联结地中海、红海的运河开凿工程。由于舰队的覆灭，专家学者们失去了绝大部分的财物和许多机械设备，很多事情不得不从头做起。他们扩大谷物的耕种面积，建造大型烘炉和面包房，以解决粮食供应的困难；他们建造啤酒厂酿造土啤酒，以满足部队需要；他们建立铸造厂和制硝厂，以供应机器、工具和火药。所有这一切就是为了使法军不需要依靠欧洲后方而生存下去。
为了确立法国人在埃及的绝对统治地位，拿破仑对一切胆敢与法国人作对的人绝不手软。驻守在亚历山大港的克莱贝尔将军以叛国罪逮捕了这个城市的百万富翁西弟·穆罕默德·艾里·科拉伊姆。此人被押送到开罗后，法军告诉他，如果想救救自己的脑袋，就交出30万金法郎。可此人却认为生死在于天命，他说：“如果我注定现在死，那就什么也救不了我，即使交出钱也没用。假如我注定要死，那我为什么还要交出这些东西？”拿破仑命人砍下他的脑袋，并将其脑袋拿到开罗街上示众，上面写着：“这就是所有叛徒和违反誓约者的下场。”艾里·科拉伊姆的死引起了一些富裕的阿拉伯人的恐慌，他们如数拿出了法军所要的一切。
由于法军的勒索，开罗在1798年10月末爆发了一次大规模的起义。起义军的势力一度很强大，将前去镇压迫义的15名法军全都剁成了肉泥。拿破仑怒不可遏，派出大军前去镇压，起义失败，起义者均被绞死。
这次暴动后不久，又有一阿拉伯人部落袭杀了一队法军。拿破仑立即命令克鲁阿泽副官前去包围整个部落。血腥的镇压开始了，房屋被毁坏，男人被杀光，妇女儿童被带到开罗。几个小时后，开罗广场上出现了一些驮着麻袋的驴子。麻袋打开后，只见那些被杀死的男人的头颅在广场上滚来滚去。开罗居民被这恐怖的一幕吓得魂飞魄散。从意大利到埃及，拿破仑一直认为“严惩几个”是控制被征服地区的有效手段。因此，只要谁胆敢触犯一下法国士兵，谁就会受到这位总司令的严厉惩罚。
埃及已成为拿破仑的掌中之物，可一个意外消息使他对这一切感到淡然无味了。他从朱诺那里得知留在巴黎的约瑟芬继续与夏尔中尉保持着暧昧关系，暴跳如雷，气得连话也说不连贯：“约瑟芬！……我在千里之外！……你就这样欺骗我呀！……离婚！公开离婚！让大家都知道！……这两个该死的家伙！……我要亲手干掉这两个伤风败俗、不知羞耻的劣种！……”拿破仑脾气变得越来越坏。为了安慰自己，他与一位骑兵尉官的妻子勾搭上了。
约瑟芬的不贞使他的情绪非常低落，他写信给哥哥约瑟夫说：“我需要离群索居。壮丽豪华使我感到腻烦，感情的源泉已经枯竭，对荣誉索然寡味。年仅29，却已历尽沧桑。”可拿破仑毕竟是拿破仑，这种悲观情绪并没有持续多久，他对战争的热情和强烈的征服欲使他抛开儿女情长，跨上战马又出发了。进军叙利亚土耳其见自己的领地埃及被法国人占领，十分恼怒，苏丹立即派兵朝埃及进发，向法国宣战。1799年2月，拿破仑留下狄舍将军保卫埃及，自己率12000人向叙利亚进军，迎击土耳其军队。
进军叙利亚的路途同样是艰苦的。沙漠行军的疲劳以及饮水的缺乏使得士兵怨声载道。他们咒骂共和国，咒骂发起这次远征的人。幸好沿途城市非常软弱，它们一个接着一个向拿破仑投降。2月17日，法军占领阿里什堡，接着又占领了加沙。2月28日，这支疲惫不堪的队伍第一次遥望见叙利亚青葱肥沃的田野，士兵们不禁联想起祖国的田园，一种思乡之情油然升起。山峦和绿洲暂时使人忘却了远征的辛苦与艰难。
3月4日，法军包围了美丽的城镇雅法。拿破仑向城中居民宣布道：“若是投降，可保全身家性命。若是顽抗到底，一旦雅法被攻占，城中居民一律杀光。”雅法没有投降，法军开始猛攻。6日，雅法陷落。法军冲进城中，见人就杀，见东西就抢。这时有人来报，大约4000名全副武装的土耳其士兵退守在一个设防很坚固的阵地里，拿破仑立即命博阿尔内和克鲁阿泽率军前去收拾他们。当法军到来时，阵地上的守军高声呼喊：“如能饶命就投降，否则，誓死坚守阵地，直到流尽最后一滴血。”博阿尔内和克鲁阿泽见敌军人数众多，恐硬拚难以取胜，便答应了他们的要求。这些土耳其士兵离开阵地，交出了武器。
当博阿尔内和克鲁阿泽带着4000名俘虏回来报告时，拿破仑怒气冲冲地指责道：“你们要我拿这批人怎么办？我有粮食供应他们吗？还是有船装运他们去埃及或者法国？你们为什么这样给我办事呢？”两位将军辩解说，总司令曾指示他们要�