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攻占雅法之后，瘟疫开始在军中流行，法军损失了约8000人。但瘟疫并没能阻止拿破仑的前进。3月20日，法军包围了阿克尔城堡。阿克尔城堡位于三面环水的半岛上，是巴勒斯坦的军事要冲，也是土耳其总督杰扎尔赖以顽抗的据点。阿克尔城堡有大炮250门，其守将是一位年长而英勇的人，他率领着一支非常强大的守城队伍。另外，阿克尔城堡还得到了一个英国海军支队的支援，这个海军支队拥有2艘战舰和几艘炮艇，其指挥是英国人西德尼·史密斯。在英国海军的旗舰上还有一位暂时充作英国陆军上校的法国炮兵军官菲利波。菲利波原是拿破仑在布里埃纳军事学校的同学，因参与反革命叛乱而被囚禁在巴黎的监狱。1798年4月21日，他同一些王党分子一起帮助扣押在巴黎的英国军官西德尼·史密斯逃出监狱。3月15日，他们到达阿克尔。由于他们二人在城中协助作战，更增加了法军攻克阿克尔城堡的难度。
这天，装载攻城火炮的法国船只到达阿克尔海边，拿破仑立即下令攻击。不巧海上大雾弥漫，看不清前面的目标，法军船只一直冲入到英国海军的怀抱中，英国海军不费吹灰之力便将船上的法军擒住了。船上的大炮也被土耳仆人拿来对付法军了。尽管没有大炮攻城，拿破仑还是包围了要塞的陆墙。3月28日，法军发动了第一次不成功的突袭。4月1日，又发动了一场突击，仍未成功。法军不仅攻城损失惨重，而且每周死于瘟疫的多达140人。在此之前，拿破仑从未遭受过失败，这次，他仍相信幸运之神不会其他而去。就在几次攻击失败以后，他还这样对秘书布里昂说：“我知道这个倒楣的地方已夺去我许多人的性命，消费了我许多时间。但是，事已至此，不能不试最后一着。如果我如愿以偿地成功，我会在城中找到总督的财宝和可供30万人的武器。我要鼓动并武装叙利亚的平民，他们憎恨杰扎尔的残暴。你也知道，每次攻势中，他们都默祷他的毁灭。然后，我要向大马士革和阿勒波进军。向这个国家挺进时，不满暴政的百姓将云集在我的旗帜周围，扩大我的军队。我要向民众宣布废除奴役制和土耳其的暴虐政府。我要亲率大军光临君士坦丁堡。我要推翻土耳其帝国，并在东方建立一个伟大的新帝国，把我的名字载入史册。”
拿破仑对未来充满必胜信心，可阿克尔城堡守卫的强大却打破了他的东方之梦。法军围攻阿克尔城堡历时2个月，期间猛攻8次，均以失败而告终。由于损失惨重，拿破仑不得不放弃围攻。5月17日，拿破仑宣布返回埃及。拿破仑至死仍对没有攻陷阿克尔城堡感到遗憾，他在圣赫勒拿岛的回忆录中说：“如果阿克尔早陷落，我当改变世界面目。”“东方的命运决定于那个小镇。”
5月20日，法军乘夜间悄悄撤离阿克尔城堡。病号和伤员已先期2天送走了。撤退比进军时更加艰苦，因为已经到了5月末，这些地方酷热难忍。士兵们既为难熬的干渴所折磨，又为火一般的烈日所暴晒，个个意志消沉。为了鼓舞士气，拿破仑不允许自己和其他高级军官有任何特殊化。瘟疫越来越严重，患者不得不留下，只有伤员仍旧带走。拿破仑命令所有的人急忙赶路，马、所有四轮车和马车全部用来运载伤员。这个命令下达以后，他的一个负责管理马匹的军官认为总司令应当例外，问他要哪一骑马，拿破仑大发雷霆，上前给问话的人一个耳光，并大声喊道：“全体步行！我第一个先走！难道你不知道命令吗？滚蛋！”
由于缺少马匹，许多重炮不得不丢弃在沙漠里。士兵们对大炮的丢失倍感痛心，因为大炮曾使他们屡战屡胜，大炮曾使欧洲为之震惊。
5月24日，法军回到雅法。拿破仑下令炸毁该镇。27日，一声巨响，该镇顿时夷为平地。1小时之后，拿破仑与数名医师商议后决定，用药物提前结束那些已濒于死亡的疾病患者的生命。
法军继续在酷热的沙漠中穿行。干渴难忍的士兵常常看见那虚幻的海市蜃楼，尽管每次上当，但每次看见时仍奔向那空幻的湖泊。等奔至近前，这些湖泊便化为盐碱沙漠，失望之情难以言喻。战马也因贪饮沙漠中的咸水，大量倒毙在路旁。
经过25天的艰难行军，6月14日，法军终于抵达开罗。为了稳定人心，拿破仑发布了一些哄人的公告，他说：“我带回了大批俘虏和军旗，我已扫平了杰扎尔的宫殿和阿克尔城墙。全体居民都已由海道离开该镇，杰扎尔受了重伤。”他说回转开罗只不过是由于穆拉德贝伊又出来作乱了。他命缪拉将军前去围剿穆拉德贝伊。穆拉德闻讯，迅速退去了。
离开埃及
一个月后的一个傍晚，一名阿拉伯使者全速向拿破仑的住处奔来，他送来了驻扎在亚历山大港的马尔蒙将军的一份报告，报告中说：土耳其军在英国舰队的保护下在阿布基尔登陆，15000名敌军已经上岸。这个消息并未惊动拿破仑，他期待这个机会已经多时了。他一刻也不迟缓，迅速率领军队开往前线。
这时，阿布基尔要塞和阿布基尔村后面的一处堡垒均已陷入土耳其军之手，驻守此地的法军全部被俘。坐镇在亚历山大港的马尔蒙曾赶来救援，但见情形不妙，又回师固守亚历山大港。正当马尔蒙担心亚历山大港可能遭土军围攻时，拿破仑的军队及时赶到了。7月24日拂晓，法军开始攻击土军防线，缪拉率领一个骑兵旅奋勇冲杀，突破土耳其防线，砍伤和俘获了土军司令。土耳其全军涌入海中，被杀者或溺死者达几千人。幸存者重新登舰，抛弃了他们携带上岸的一切，仓皇逃窜。进攻、交战、败北、溃退，全都发生在转瞬之间，拿破仑得意洋洋地写道：“这是我所看到的最出色的战役之一。”
拿破仑已有10个月没有得到法国和欧洲的任何消息，这次打败土耳其登陆部队，他想借机到土耳其那里了解一些欧洲的消息。他派使者送休战旗到土耳其海军舰队司令舰上，没想到使者为英国海军司令西德尼·史密斯所阻。他严密防范土军和法军间有任何直接的联系。按照史密斯的要求，休战旗送到了他的座舰。使者受到了良好的接待。英舰司令料想拿破仑还不知道意大利的惨剧，故意幸灾乐祸地将一卷报纸当作礼物送给拿破仑。
使者带回了报纸，拿破仑岂不及待地连夜翻阅，并不断地发出愤怒的喊声。原来，在拿破仑远征意大利期间，一个强大的反法联盟又成立了，法国丢失了意大利，法军在莱茵地区一败再败。法国国内四分五裂，到处存在着怨恨和不满情绪。“一群笨蛋！意大利丢了！我的一切胜利果实都丢了！我们必须离开埃及。”拿破仑看完报纸愤怒地说。
第二天清晨，拿破仑召来贝尔蒂埃和新任命的海军司令冈托姆，同他们密谈了2个小时，最后决定立即回法国。他命令冈托姆赶紧备妥2艘快速三桅船和2艘小船，外加四五百人两个月的粮食。他嘱咐贝尔蒂埃和冈托姆二人要严守秘密，不得走漏半点风声。8月5日，拿破仑离开了亚历山大港，10日到达开罗。为了掩人耳目，他派人放风说，他要去上埃及考察尼罗河三角洲，并要求开罗的政务会议在他不在时，按时向他报告当地的情况。军中谁也没人怀疑这一消息的可靠性，因为去考察尼罗河三角洲是拿破仑早已决定了的事。
拿破仑一行四五百人离开开罗，抵达亚历山大港。8月22日，拿破仑宣布，随他从开罗来的全体官兵的目的地是法国。全体官兵一阵欢呼雀跃，人人脸上显出极为兴奋的表情，他们早就在埃及呆够了。
在这里，拿破仑会见了梅努将军，他命他继续留在埃及，并对他说：“我要回巴黎去，我要驱散那些愚弄我们而不能治理共和国的律师。我将成为政府的首脑，我要团结一切党派，我要恢复意大利共和国，并且要稳固地占有这块美好的殖民地。”
此后，拿破仑又故意安排了一场明知自己不能赴约的约会，他邀请克莱贝尔将军到罗塞达来，同他会商极为重要的事情，他给克莱贝尔留下一封信，任命他为军队总司令，继续留在埃及，并授权他可以自由考虑撤出埃及的事宜。他在信中说：“考虑到英国舰队会随时出现，我决定把动身日子提前两三天。同我一起走的有贝尔蒂埃、拉纳、缪拉、安德列奥西和马尔蒙诸将军以及蒙日、贝托来先生。附上6月10日前英国和法兰克福报纸多份。您可以从中看到我们已经失去了意大利，而曼图亚、都灵和托尔托纳三处被围困。我有理由期望曼图亚可以坚守到11月底，我想在10月之前到达欧洲。……因为我乐于以后世的好起作为对我一生中艰难困苦的奖赏，我是抱着深深的遗憾离开埃及的。国家的利益、国家的荣誉、天职的责任感和国内发生的非常事态使我决定从敌人的舰队中间冲出去，回到欧洲。我的心永远同你们在一起。我像我在你们中间的时候那样，珍重你们的胜利。如果我一日不去帮助我托付给您的军队或者不去巩固基地早已打好的宏伟大厦，那我就是非常不称职的了。”拿破仑相信这封信到达克莱贝尔将军手上时，他已在海上了。他想以这种方式逃避克莱贝尔的责备和避免面对他那倔强戆直的脾气。
8月23日，夜色正浓，在微弱的星光下隐隐约约可以看见海面上前来警戒的海防舰。拿破仑一行悄然登上舰船，开始了焦躁不安的大海航行。
船队在顶风中上下颠簸，航程单调乏味，拿破仑不停地在甲板上踱步。他对回国是否受到欢迎没有把握，对法国国内的事态也只知道一鳞半爪，海上又布满了敌人的船舰，时刻都有被俘的危险，所有这一切在拿破仑的心里投下了阴影。拿破仑严密监督着他每道命令执行的情况，出现一片最小的帆影也会令他陷入不安，他非常担心会成为英国人的俘虏。他不断告诫海军司令，不要遵循通常的航线，而要驶向外海。“我希望，”他说：“你一直沿非洲一边航行到撒丁岛以南，我这里有一小队勇敢的伙伴和几门炮。万一英国人追上我们，我立即上岸，带上这伙人走陆路到奥兰、突尼斯或者别的什么港口，从那里我们会找到办法回国的。”
经过40多天的艰难航程，拿破仑船队成功地躲过了英国舰队的拦击，于10月8日到达法国南岸弗雷居斯海峡附近的港口。10月9日黎明，拿破仑一行在土伦东边的弗雷居斯镇上岸了。当这个小镇得知拿破仑将军回来了，平静的