为他们根本找不到还击的目标。普军死伤枕藉。
霍恩洛厄见情势危急，急派人向在魏玛的吕歇尔军求援。吕歇尔军距此地仅10公里，但迟迟不至。萨克森师也未能及时投入战斗。与此同时，法军却是援兵迭至：苏尔特军团的二个师已进至拉纳军团的右翼；内伊军团精兵一部也已参战；奥热罗军团第二师进至普军右翼萨克森附近；骑兵军团五个师亦将集于战场。10时左右，浓雾消散了，和煦的阳光照耀着威武雄壮的法国部队，显得那样精神抖擞，士气高昂。普军在法军的打击下，已奄奄一息。霍恩洛厄见形势不妙，终于不顾一切，把所有预备队都投入了战斗，企图坚持到吕歇尔援军的到来。
中午12时左右，拿破仑意识到发起最后攻击的时刻到了，立即将预备队、近卫军、骑兵军全部投入战斗，向已动摇的普军猛扑过去。普军抵挡不住，沿着山坡溃逃，法军穷追猛打，普军死伤者无数。与此同时，扼守魏玛公路的三个萨克森师全被围歼。
这时，霍恩洛厄还抱着最后一丝希望，就是援军马上到来，使溃散的部队躲在援军后面，以免全军覆没。不过，吕歇尔将军可没有他那样焦急。他接到求援信后，不慌不忙地将15000人排列整齐，缓缓而行。直到下午2时，吕歇尔的先头部队才与法军遭遇。普军排着整齐的队形，迈着稳健的方步，刚刚靠近法军，还没来得及排开战斗架式，就被蜂涌而至的法军打得无法招架。15分钟内，损失兵力一半以上，幸存的普军纷纷掉转头来，朝着魏玛方向猛逃。在法军旗兵的追击之下，吕歇尔身负重伤，差点丧命。
下午4时，法军成纵队追击普军的残兵败将。他们如秋风扫落叶一般横扫着一切，不抓俘虏，不听求饶，见普军就杀，溃逃的普军大都成为法军的刀下之鬼。夜幕降临时，追至魏玛的法军在一片胜利的欢呼声中得意地返回了耶拿城。到此时之止，拿破仑仍然认为他所击败的是普军主力。
拿破仑回到耶拿城时，第三军一个明托布里安的上尉已在那等候多时。这位上尉向拿破仑报告说：第三军在奥尔斯塔特击败了由布伦瑞克指挥的普军主力50000人，普鲁士国王和他的大本营也包括在内。拿破仑简直不相信自己的耳朵，他大声地对托布里安说：“你们元帅把一个人当成了两个人吧！”可事实的确如此，托布里安的报告千真万确。
13日夜间，普王和布伦瑞克率领普军主力从爱尔富特和魏玛向北撤退，途经耶拿西北20多公里的奥尔斯塔特，普王决定在此地宿营，这时，已占领了瑙姆堡的达武军接到拿破仑的命令，叫他选择最短路线，尽快抵达耶拿以北的阿波尔达，威胁敌军左翼。达武军立即行动。14日6时，达武先头部队抵达奥尔斯塔特东北的汉森豪森村，浓雾之中，正好遇上普军主力的前卫施美陶的步兵师和布吕歇尔的骑兵师。达武先头部队立即构成方阵，集中火力射击，打退了普军旗兵的4次冲击。施美陶的步兵师因受火力阻拦，难以继续前进，便与法军形成对峙。10时许，达武军后续两师先后赶到，但普军的后续部队也于此时赶到。普军50000多人从左右两翼猛烈攻击达武的20000多人，达武处境十分危险。
这时，就在奥尔斯塔特附近的贝尔纳多特军明知达武处境危险，却见死不救。贝尔纳多特素与达武关系不和，他觉得去协助达武作战有失尊严。幸好普军仍拘泥于横队密集型的“线式战术”，呆板的方阵很快就受到法军灵活机动的火力杀伤。普军总司令布伦瑞克见法军顽强抵抗，亲率一团榴弹兵冲锋，不想被弹丸击中双眼，造成致命重伤，被抬出战场。普军群龙无首，各师各自为战，很快就处于不利地位，普王只得下令向魏玛方向撤退，准备与霍恩洛厄和吕歇尔两军会合，明日再战。
普王撤退途中，正好与耶拿战场上的残兵败将迎头相撞，他不禁仰天长叹道：一切都完了。两股败军合在一起，形成一股混乱的人流，没命地向魏玛方向逃跑。法军旗兵在后面紧紧追赶，战刀在败兵耳边呼呼作响，人人惊恐万状。路易莎王后，这位不久前还在疆场上鼓舞士气的巾帼英雄，这时也骑着马落荒而逃。两名法国旗兵举着马刀紧跟其后，王后吓得魂不附体。好不容易来到魏玛城门前，一支强大的法国龙骑兵又向她疾驰而来。王后见势不妙，不顾一切地冲进城去。城门关上了，王后终于捡了一条性命。
原想狠狠教训一下科西嘉穷小子的普鲁士国王，在战斗打响后一周就遭到了彻底失败。特别是10月14日这一天，法军一下子取得了耶拿和奥尔斯塔特两大战役的胜利，普军几乎全军覆没。拿破仑对部下的英勇作战非常满意，对达武以20000人的劣势兵力打败50000人的普军主力更是称赞不已。但有一人使拿破仑很不高兴，那就是贝尔纳多特。他对贝尔纳多特不去援救达武非常恼怒。他在瑙姆堡当着一批军官的面说：“我要是把他提交军事法庭，他准会被枪决。我不对他说这些，但是他不至于不明白我对他的行为是怎么想的。他有很强的荣誉感，自己不会不知道他的行为是可耻的。”因贝尔纳多特的妻子是拿破仑过去的恋人，是约瑟夫妻子的姨妹，凭着裙带关系，贝尔纳多特没受重罚。
普军在继续溃退，拿破仑估计普军的自然退却方向为马格德堡，于是，10月15日，法军兵分三路，开始了战史上著名的大追击。普军在溃退过程中，人数一天比一天地减少，绝望的惊恐心情一天比一天地加重。16日清晨，普军败退部队指挥官美伦多夫在爱尔富特率军万人向缪拉投降。普王害怕法军右路部队的追击，不敢回柏林，而是东向俄国求救。10月20日，霍恩洛厄避开法军，将各军团近40000多名残兵聚集起来，守御马格德堡。这些残兵个个赤手空拳，垂头丧气，霍恩洛厄料想这支队伍难以力敌，自率24000人分三路退往斯德丁堡。10月28日，霍恩洛厄在普伦茨劳被缪拉军团团团围住，不得不率军万人、马1800匹、炮64门投降。
就在霍恩洛厄投降的前一天，拿破仑随同4位元帅、骑兵掷弹兵、近卫轻骑兵得意洋洋地进入柏林。柏林市长毕恭毕敬地把首都钥匙交给了拿破仑，请求他赦免柏林。拿破仑下令商店继续营业，生活照常进行。柏林市民怀着恐惧和尊敬的心情迎接了拿破仑，表现出绝对的服从。拿破仑来到柏林市中心广场，这里竖着腓特烈大帝的半身塑像。拿破仑压低剑头，率先脱帽向腓特烈大帝致敬，军官们纷纷效仿。在普鲁士王宫里，拿破仑找到了腓特烈大帝的宝剑、他的颈甲以及勋位绶带和闹钟，他让人把这些东西带回巴黎，交荣军院保存，他说：“在缴获的普鲁士国王的珍宝中间，我最喜欢的就是这些战利品。我要把这些东西送给参加过汉诺威战役的老兵，他们将会把这些东西作为伟大军队的胜利和罗斯巴赫战役失败后所进行的复仇的象征珍藏起来。”同一天，拿破仑还命令把腓特烈大帝为纪念法国人在罗斯巴赫的失败而建立起来的纪念圆柱运回首都去。
拿破仑进驻柏林后，命令部队继续追击普军的最后残余。这时，布吕歇尔和魏玛公爵又从四散逃命的败兵中集合了20000多人，向北逃去。一路上受到贝尔纳多特、苏尔特和缪拉三位元帅的猛烈追击。布吕歇尔进入了靠近丹麦国境的卢卑克。丹麦国王出于对拿破仑的恐惧，坚决不准布吕歇尔入境。11月7日，三位元帅进入卢卑克，一场激烈的巷战开始了。布吕歇尔的这群乌合之众哪是法军对手，不多一会，就有6000士兵被击毙或俘获。布吕歇尔带着14000人冲出城去。傍晚时分，在卢卑克近郊的平原上，布吕歇尔及其队伍被法军团团围住，只得放下武器投降了。
在法军的严厉打击下，普鲁士到处笼罩着绝望和沮丧，许多强大的城堡不加任何抵抗，就惊恐万状地投降了。马格德堡是普鲁士最后一个尚未投降的要塞，11月8日，克莱斯特将军带领全部守军向法军投降，这个号称第一流的强大要塞落入法军手中。至此，普鲁士战役全部结束，几乎所有普鲁士城市都在法国当局的控制之下。
拿破仑从来没有像现在这样得意过。以弗里德里希大王的尚武精神培养起来的普鲁士军队，自诩为欧洲最强大的军队，被他打得落花流水。在短短的一个月以内，作为欧洲四大国之一的普鲁士消失了，整个欧洲为之震惊，德意志各小国更是惊恐万状，他们赶忙派人到波茨坦宫向拿破仑表示归顺。他们跪拜在他的面前，祈求宽恕和庇护；他们向他阿谀奉承，保证自己对他的忠诚之心。拿破仑陶醉在胜利之中，似乎整个世界已踩在他的脚下。
普鲁士国王、路易莎王后以及他们的小朝廷极可怜地在其他地方流浪之后，躲藏到普鲁士王国边境小城美默尔城。普王没料到他的各邦在这么短的时间里都落入拿破仑之手，很后悔发动这场战争。他致书拿破仑请求休战，拿破仑回答说：“太晚了！但是不要紧，我希望停止继续流血，准备听取不至于损害这个国家的荣誉和利益的任何条件。”他召来了迪罗克将军，告诉他：“代表我看望每一个伤兵，发给他们需要的一切慰问品。然后去找普鲁士国王，如果他提出合理的建议就报告我。”
于是，普法双方开始谈判。拿破仑提出：将易北河以西的地方全部割让给法国；普鲁士赔偿军费1亿法郎；承认萨克森及易北河以西的德意志诸邦加入“莱茵同盟”；普鲁士将华沙、波森交还给法国等。后来又提出将但泽等9个要塞让与法国。尽管条件很苛刻，但因普军已溃散，普王只好在11月6日暂时承诺了这些条件。
拿破仑被战争的胜利捧到了不可一世的地位，自我意志无限扩张，谋求新的胜利、新的荣誉、新的权力、新的空间已成为他生命中不可缺少的一部分。他决定要给英国以致命的打击，1806年11月22日，拿破仑在柏林颁布了著名的“大陆封锁令”，强迫整个大陆屈从自己的意志，同英国在经济上打一场殊死战。
外交大臣塔列兰被召到波茨坦宫谒见皇帝，皇帝命令他立即向一切附庸国或半附庸国发出“大陆封锁令”。这一法令宣布英国各岛处于被封锁状态，禁止欧洲大陆各国同它们有任何通商往来；法国及其盟国军队不论在何处发现英国货物和臣民，将分别予以没收和监禁；任何违反此令的船只，都将作为战利品加以扣留。总之，凡是法国势力所及之处，都不得同英国有任何交往，否则都被认为是犯罪，是对拿破仑尊严的背叛。拿破仑命令元帅们尽可能逐步完全地占领北海和波罗的海沿岸地方，在那里派上法国税吏和宪兵，以杜绝和消灭走私行为。
欧洲以沉默的、恐惧的顺从态度接受了封锁法令。这一法令暂时斩断了英国和欧洲的联系，这对一直用别人的手发动一次又一次反法联盟的英国是一次极为沉重的打击。英国还从来没有同如此强大的对手较量过，它的英镑暂时失去了作用，它唆使别人为自己火中取栗的政策暂时失去了活动场所，英国第一次面临着整个欧洲大陆的挑战。这是一次殊死的搏斗，英国为了摆脱困境，又一次去找它的盟友俄国，告诉亚历山大，如果