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10月3日，拿破仑来到符兹堡，会见了侦察地形的工兵军官，布莱门上校就是其中之一。布莱门上校曾冒充萨克森军官，大摇大摆地通过普鲁士防线，他经过柯堡、耶拿、萨尔费德，最后抵达瑙姆堡，为拿破仑带回了大量重要情报和资料。拿破仑听取汇报以后，估计敌军主要展开在耶拿——埃森纳赫一线，而且左翼是暴露的，只有一支2000人的小部队进行掩护。根据这个判断，拿破仑决定：集中法军主力于右翼，以缪拉指挥的6个骑兵师为前卫，向拜律寺和霍夫方向实施主要进攻，大胆迂回普军左翼；同时，以路易·波拿巴指挥的兵力在法兰克福方向牵制普军的行动，并充当法军的总预备队。为了实施上述计划，拿破仑将法军划分为左、中、右三路纵队，分别向前开进。左路为拉纳的第五军、奥热罗的第普军，沿科堡、鲁多尔施塔特之线开进。中路为贝尔纳多特的第一军、达武的第三军、近卫军和骑兵的大部，沿班堡、科堡、珀斯内克之线开进。拿破仑的大本营随该路行动。右路为苏尔特的第四军、内伊的第六军和巴伐利亚军，沿安贝克、拜律寺、霍夫之线开进。拿破仑大军在30英里宽的正面上以三支平行纵队前进，各军都处在可以相互支援的距离内。
负责指如右路法军的第四军军长苏尔特，在这个迂回普军左翼的计划中处于举足轻重的位置。为了使他对自己的战略计划有着精确的了解，拿破仑不厌其烦地向他详细解释自己的意图。10月5日，他特意写了一封信给苏尔特，信中道：“我要分三路侵入萨克森，……当你到达霍夫时，其他各纵队也都会到达与你平行的位置。我通常将在中央纵队的头部。以如此巨大优势的兵力集中在狭窄的正面上，你应能认清我是不允许敌人有任何机会的。不管敌人怎样部署，我都要以两倍于他的兵力向他进攻。”“我相信骑兵是普鲁士陆军中最可怕的部分，但以你所有的步兵，若能构成方阵，则也就没什么可怕了。不过，在战争中任何预防措施都是不可疏忽的。在你的各师中务必携带3000到5000挖拙工具，以便必要时可以构筑防御阵地，甚至一条壕沟也都是有用的。”“假如你所遭遇的敌军兵力少于30000人，你可以与内伊会合后，再向其作集中攻击；但假使敌人已据有良好的防御阵地，则行动必须慎重。到达霍夫之后，你的首要任务是与罗本斯坦、艾贝斯多夫和希莱兹建立联系。那时我将在艾贝斯多夫。当你离开霍夫时所获得的情报可以决定你的下一次行动，或者向中央靠拢，或者再向疲劳恩前进。依照我今天所获的报告，敌人似乎是趋向我的左翼，因为其主力似乎是在爱尔富特。”“我必须坚持对于你一路所发现的任何事情都应该经常向我报告，以便让我了解敌情的变化。你也可能会想到运用这样一个20万人的营方阵是一种卓越的成就，那必须有相当的技巧和许多行动。”
拿破仑之所以对自己的战略计划作如此详细的解释，是因为他把这种“营方阵”即20万人的3支平行纵队以30英里宽的正面前进看成是战胜普军的关键所在。一旦在正面上碰到敌人，他可以用一个纵队迎敌而用品他两个纵队来迂回；如果敌人在侧面上出现，两军可以立即左右展开迎敌，而其余兵力则为支援。
10月7日，拿破仑接到普鲁士国王的最后通牒：要求所有法军撤出日耳曼领土，否则，“西西里岛晚钟事件”①将会重演。这是拿破仑开始战争的最好借口。法军开始通过人口稀少的图林根地区向北进发，每人携带4天口粮。在符兹堡、班堡和弗赫汉还准备了10天的补给量。
…①系指西西里岛的巴勒摩人民于1282年3月30日夜掀起的反法运动。当时人们以晚祷的钟声为号，群起反抗法国人的专横，这一运动波及全岛。
普军直到10月5日才统一作战方案，其计划是：主力集结于埃森纳赫、戈塔、爱尔富特一线，并向西南前进；左侧由霍恩洛厄军团掩护，费迪南亲王指挥的前卫从耶拿向南进到萨尔费尔德，陶恩齐恩的萨克森师则向霍夫挺进；吕歇尔军于右翼牵制法军。
普军的调动十分缓慢，因为当时期鲁士人尚未采用军的编制，总司令的命令必须分传给14个师。与此相反，拿破仑的命令只须传给6位军长，每个军团接到命令后，立刻起程，一路上马不停蹄，昼夜行军。6个军所组成的营方阵如同压路机一样迅速地向前滚动。
10月8日，缪拉的前卫在霍夫遇上陶恩齐恩的萨克森师。法国旗兵如旋风一般向敌人卷去，萨克森士兵哪见过如此强大的阵势，没战多久便仓皇北退。刚退到希莱兹，又碰上贝尔纳多特的前卫。萨克森师腹背受敌，损失惨重。
10月10日，拉纳元帅逼近萨尔弗尔德城，霍恩洛厄军团前卫费迪南亲王率领的9000人正驻扎在此地。费迪南亲王年轻有为，精力充沛，但缺少实战经验，又刚愎自用。他不顾一切向法军发起进攻，双方展开一场激战。由于费迪南亲王兵力有限，很快就被法军打垮。但费迪南亲王仍不服输，亲自参加肉搏战，一位法军下级军官大声喝道：“上校，投降吧，否则就叫你去见上帝。”亲王一声不吭，举刀便向这位军官砍去，这位军官举刀回敬，刀尖刺进亲王上身，亲王当场倒毙。
普军的初期失败，使得布伦瑞克大为惊慌。尤其是费迪南亲王的阵亡，给整个大军罩上了一片愁云。这时布伦瑞克猛然发现了自己犯了一个严重错误：向符兹堡前进恰好使自己的左面和后方暴露在法国优势兵力之下。于是，他决定立即退到马格德堡和易北河谷，以便掩护其与柏林之间的交通线。右边的吕歇尔军也奉命退回魏玛，霍恩洛厄军则奉命将兵力集中在耶拿以西的高原上以保护左翼。
10月11日，苏尔特的右翼纵队已经到达疲劳恩，贝尔纳多特的中央纵队在奥马之北，左翼的拉纳已进入萨尔费尔德。苏尔特在9日夜间送回一个情报，说敌军正在从疲劳恩退向吉拉，拿破仑断定敌军主力会集中在此地，并准备在此地进行大会战。可不久，缪拉又报告说，他的骑兵已通过吉拉，并未发现敌人踪影，萨克森部队似乎已向西通过罗达退往耶拿。拿破仑不得不推翻先前的判断。现在法军的三支纵队已相当集中，可拿破仑对敌人的部署还是一无所知。
10月11日午夜之后，拿破仑在奥马接到缪拉的报告，至此，他才对敌军的位置获得一点线索。这时，法军又截获了一些敌方文件。从文件中分析，拿破仑估计普军主力在爱尔富特和魏玛之间。12日凌晨4时，拿破仑向拉纳发出指示：“所有截获的文件都显示敌人已经丧失其头脑。他们昼夜高谈，但不知如何决定。你应能明了我军正在集中，我要切断他们到柏林的道路。现在就是要遇着敌人就猛攻，以求将其各个击破，而不让他们集中。”
同时，他又给缪拉下命令说：“午前我将赶到吉拉。你知道我还在包围敌人，但我必须有关于其意图的情报。在柴兹的邮政局也许可以向你提供若干情报。在前进时，要勇敢地攻击一切敌人。达武元帅正在把他所有的骑兵直接送往瑙姆堡。凭着你的骑兵你应能横扫整个莱比锡平原。”
拿破仑此时对胜利充满信心，他写信给塔列兰说：“情况发展完全和我两月前在巴黎所算计的一样；我从来没有错过，一切都使我深信普鲁士人绝无幸免的机会。他们的将领完全是白痴。”
在处理完繁忙的军务之后，拿破仑总忘不了给皇后约瑟芬写信，这是他历来的习惯。10月13日凌晨2时，他给约瑟芬写信道：“我的事务进行得颇为顺利，一切都恰如我所希望的。……我的健康极佳，尽管每天气马或乘车要走45英里到60英里，但体重反而增加。我8时入睡而午夜起床。”
13日上午9时，苏尔特、奥热罗、内伊、拉纳四军奉命集兵耶拿，准备渡过萨勒河，前去攻击正集中在魏玛和爱尔富特之间的普军主力。同时，拿破仑命贝尔纳多特军和达武军听到耶拿炮声后，立即攻击普军左翼。
13日下午3时，拉纳送来报告，说法军已经占领耶拿城，并将12000人的敌军赶向魏玛。另外，法军还发现有30000敌军驻在耶拿以西3英里的魏玛大道上。拿破仑兴奋不已，他断言一场与其军主力的大会战即将开始，普军是兔子尾巴长不了了。1小时后，拿破仑赶到耶拿，他徒步登上耶拿城西北1英里半的兰德拉芬高地，仔细观察了敌军前哨所扼守的阵地。他命拉纳守住这块高地，以掩护耶拿附近萨勒河上的渡口。
13日夜间，大雾笼罩着萨勒河谷及其四周的高地，法军借助着这浓雾，神不知鬼不觉地整夜沿着狭窄弯曲的小路调动兵力。
正如拿破仑所料，普军13日之前在魏玛、耶拿一带集结兵力达18万人，数量对法军处绝对优势。此时若能积极迎战，尚可与法军抗衡。然而，大战即将来临，普军的战守之策仍存分歧。一种意见认为普军应转进北方，另一种意见则认为应趁法军渡河之机发动进攻。军事会议在大本营开了9小时，久议不决。在军情紧急之际开如此冗长的会议，丧失了宝贵的战机和时间，法军得以更多地集兵，形成对耶拿的包围之势。13日，普军得知要地瑙姆堡被达武军所占，顿时震骇。布伦瑞克早无决战之意，便同意主力转进北方。普军临阵退却，无异于怯敌逃跑，这使本来就不甚明确、统一的作战计划更加混乱，士气极为低落。
法军集兵耶拿后，即作准备攻击。10月14日拂晓，天气异常寒冷，晨雾越来越浓，拿破仑由一群侍卫簇拥着，骑着马来到部队中间，检查战斗前的准备情况。他们打着火把行进，有意大声喧哗。拿破仑不时地同士兵和军官们交谈，激励他们的斗志，他一再宣称：今天气鲁士军队的处境，就和一年前奥地利军队在乌尔姆的处境一样。拿破仑走到哪里，哪里就是一片欢呼声。欢呼声穿过浓雾，传到了普军兵营，普军个个心惊胆颤，预感到厄运的来临。
6时许，拿破仑下令攻击，法军乘雾而进。拿破仑万万没想到此时他们面对的只是担任后卫的霍恩洛厄军团，普军主力早已悄悄北退了。战斗一开始，法军就占了上风，霍恩洛厄的几个师被打得落花流水。拉纳军继续攻击前进，霍恩洛厄命20000人排成密集的横队，向拉纳军团发起猛烈攻击。拉纳见敌众我寡，命军队采取守势。刹那间，法军不见了，只见一颗颗子弹、一串串炮火从房屋后、从果园里、从断墙边不断朝密集的普军飞来。于是，军事史上最出奇最不幸的怪事出现了：一个极为壮观的步兵阵线，在整整两个钟头内，站立在开阔地带上，任其法军无情火力的扫射，而毫无还手之力，因为他们根本找不到还击的目标。普军死伤枕藉。
霍恩洛厄见情势危急，急派人向在魏玛的吕歇尔军求援。吕