义赏赐每个伤兵一枚拿破仑币。对受伤的军官，则按其级别发给500到3000法郎不等的慰问金。
然后拿破仑起程赴肖恩布鲁恩宫。抵达肖恩布鲁恩宫的次日，他接见了普鲁士的使节豪格维茨。豪格维茨本是代表普鲁士政府前来向法国下最后通牒的，普鲁士政府甚至还指示他：若是拿破仑被联军击败，他有权代表普鲁士公开与俄奥结盟。可如今法军大获全胜，他不得不隐瞒迫使命的目的，把最后通牒藏了起来。他带着甜蜜的微笑拜会了拿破仑，他向拿破仑深深地鞠着躬，对他的胜利表示热烈祝贺。胜利后的拿破仑对待这位使节异常严厉和高傲，他怒气冲冲地大声嚷道：“命运之神把你祝贺的对象改变了！你以为你的主子对我守信用吗？他公开向我宣战倒还体面些，即使他不存心这样。那样他就可以为他的各个新盟国效劳，而我在作战前就得顾到两头。你们希望同各方都做朋友，那是办不到的。你们必须在他们和我们之间作一选择。如果你们愿意随他们走，我不反对。但是，如果你们留在我这里，就必须是真心实意。我宁要公开的敌人而不要虚假的朋友。你们自称是我的盟国，竟然允许多达30000的俄国军队经过你们各邦同大军联系，这是什么意思？没有任何理由可以为这种行为辩解，这是公然的敌对行动。如果授给你的权力不允许你处理所有这些问题，你可以扩大。至于我自己，哪里发现敌人，我就向哪里进军。”
豪格维茨从拿破仑的这番话中看到一场风暴行将袭击普鲁士，于是，未经君主授权，就自作主张地同拿破仑签署了一项条约。根据条约，普鲁士必须与法国结盟，并向英国关闭一切港口。同时，普鲁士须用巴洛特和安斯巴赫两侯国交换汉诺威。普王弗里德里希·威廉三世早已吓得心惊肉跳，他正以惶恐的心情等待着拿破仑的惩罚。如今豪格维茨代他签订的这项条约，比他预料中的惩罚要轻得多。他不敢再讨价还价了，对条约的一切都表示同意。
拿破仑在离开奥地利之前，还有一件事要做，那就是惩罚那不勒斯王国。那不勒斯王国本应保持中立国地位，但那不勒斯王国的波旁王朝与革命后的法国有着不共戴天之仇，尤其仇恨拿破仑，所以当他们获悉法国海军在特拉法加海战中惨败后，欣喜若狂，认为拿破仑一定会失败，便和英国和俄国拉上了关系，向英国、俄国开放了各个港口，在其各邦接纳了12000名俄军和8000名英军。那不勒斯王后曾当着法国使节的面毫不掩饰地说：她想使那不勒斯王国成为一根点燃燎原烈火的火柴。“但请陛下想一想，不管这场大火的结局如何，火柴总是首先烧尽。”法国使者这样回答了他。现在，在奥斯特里茨战役以后，这根“火柴”在转瞬之间就燃为灰烬了。拿破仑对波旁王族进行了残酷的清算，他宣告：“波旁王朝不再统治那不勒斯了。”法军立即占领了整个王国。波旁王室在英国舰队的保护下逃到西西里岛，拿破仑的哥哥约瑟夫被任命为那不勒斯国王。
耶拿之战
1806年1月26日，拿破仑离开维也纳回到巴黎，受到无数狂欢民众的欢迎。几天后，一个令人兴奋的消息传来：拿破仑的死敌、英国首相威廉·皮特去世，英国要求与法国签订和约。威廉·皮特是第三次反法同盟的创立者和鼓吹者，他希望这个耗费了几百万黄金建立起来的联盟能够阻止法国向英国进攻。然而，奥斯特里茨一战使得这一联盟土崩瓦解。议员们开始指责威廉·皮特，反对党要他下野，皮特经受不住精神上的震动，就此一病不起，过了几个星期便一命呜呼。格兰维尔继任为英国首相，他任命了同情法国大革命的福克斯为外交大臣。福克斯一贯反对皮特的对外政策，他真诚希望法国和英国能和平相处。于是，福克斯派亚尔默思勋爵去巴黎进行和谈。
拿破仑向亚尔默思勋爵表示：如果英国在他的条件下签订和约，他愿把汉诺威还给英王。消息传到普鲁士，整个宫廷大为震怒。普鲁士曾用了两个侯国交换了汉诺威，只是由于英国因此要对其宣战，才让拿破仑的军队继续驻扎该地。如今拿破仑又将汉诺威作为与英国和谈的筹码，普鲁士政府感到自己受了极大的欺骗。特别是那些在1805年曾极力主张加入反法联盟的人对此更是愤慨，他们断言，如果当时毅然决然地加入反法联盟，便会预防奥斯特里茨的失败，也不致使普鲁士今天在同拿破仑面对面的斗争中陷入孤立无援的境地。
这时，拿破仑为了巩固自己对德意志西部和中部部分地区的统治，决定建立莱茵同盟。1806年7月12日，德意志各国君主根据拿破仑的命令签订了相应的条约，莱茵同盟正式形成。参加同盟的有巴伐利亚、符登堡、巴登等16个西部和南部的德意志国家。这个同盟选举拿破仑为自己的保护人。为了对皇帝的“保护”表示感谢，同盟有义务在发生战争的情况下为拿破仑提供63000名士兵。许多以前服从奥地利哈布斯堡王朝皇帝们的独立小国，现在都要受到莱茵同盟各国君主的管辖，他们的领土也都划入莱茵同盟各国。整整存在了1000年的“神圣罗马帝国”名存实亡。1806年8月，奥地利皇帝根据拿破仑的建议，取消了“神圣罗马帝国”，废除了“德意志皇帝”的称号。
与此同时，拿破仑开始在被占领地区给身边的高官重臣、兄弟亲戚封王封爵。缪拉元帅为克累弗和贝格大公爵，贝尔蒂埃为纳夏泰尔大公，路易·波拿巴为荷兰国王，塔列兰为贝涅维特大公，贝尔纳多特为本特·科尔诺大公，康巴塞雷斯为巴马公爵，勒布伦为起亚琴察公爵，这些人是拿破仑在这些地区的全权代理人。
莱茵同盟的成立及占领区各重要官员的任命使得普鲁士极为不安。普鲁士看到拿破仑的权力已深入到德意志的心脏，直接威胁着普鲁士的领土完整，反法情绪日益高涨。1806年4月8日，普鲁士向法国发出最后通牒，要求法军立刻从德意志土地上撤出。拿破仑根本不予理睬。6月，拿破仑公开向立法院宣布，他有45万军队，而且有足够的经费来维持，不用借贷，也不会发生赤字。同时他将20万军队集中到莱茵河两岸的阿尔萨斯、洛林和莱茵同盟各国。拿破仑的所作所为激起了普鲁士主战派的狂热情绪，他们咒骂国王是胆小鬼，不敢去碰一碰科西嘉岛的小矮子，同时谴责主和派首领豪格维茨是祖国的叛徒。软弱无能的国王正逐渐受到主战派的控制。
7月6日，俄国外交官乌布里来到巴黎，名义上是来谈判，实际上是来探听英法之间的和平究竟有多大可能。两个星期后，塔列兰与乌布里签订了法俄和约的初约。不过，俄皇亚历山大并不急于批准这项和约，他要看法国与亚尔默思勋爵谈判的结果如何。
英法两国在谈判桌上讨价还价，互不相让。这时传来一个意外消息：外交大臣福克斯去世了。福克斯是英国唯一竭力主张与法国议和的人，随着他的去世，英法谈判也宣告结束，俄皇也就拒绝批准法俄和约。
7月24日，普、俄就同法国作战问题达成秘密协定。根据协定：一旦普法战争爆发，俄国则用武力援助普鲁士。这时期鲁士与英国的关系十分微妙，尽管两国表面上因汉诺威问题处于剑拔弩张的紧张状态，而实际上，英国正极力怂恿普鲁士对法作战，并保证提供大量英镑支援。这样，以俄普为中心、由英国提供经费的第四次反法联盟又开始形成。
普鲁士的军官们热血沸腾，磨刀霍霍，决意要为祖国所遭受的侮辱、欺骗讨个公道，要对拿破仑的飞扬跋扈进行报复。路易莎王后和费迪南亲王成为这一派的首领。普鲁士的军队开始行动起来，一个个团队高唱着爱国歌曲经过柏林和马格德堡，向西方开去。国王和王后骑在马上检阅了集中在马格德堡及其西部地区的军队。
对于普鲁士的孜孜备战，拿破仑早已得到情报。8月份，拿破仑在德意志南部集中了19。2万人的大军。8月9日，普鲁士国王宣布总动员。8月25日，普鲁士召开了第一次军事会议，会上决定成立两个军团，由布伦瑞克公爵和霍恩洛厄亲王指挥。另建立一支独立军，由吕歇尔将军指挥。71岁的布伦瑞克任总司令。此后，普军及其盟国萨克森军开始向南推进。9月底，他们集结在一条宽70英里的正面上，中路是布伦瑞克指挥的第一军团7万余人，左路是霍恩洛厄指挥的第二军团5。5万人，包括萨克森士兵在内。右路是吕歇尔将军指挥的独立军5万人，其中包括两个萨克森师。
普鲁士军队曾在菲特烈大帝时威震一时，一些宫廷长官、军事将领以及路易莎王后至今仍对其军队的威力深信不疑。他们认为，只要普鲁士军队给拿破仑以勇敢的一击，拿破仑的大军就会一败涂地，保王党就可以在后方举行暴动，拿破仑的政权会因此被推翻，波旁王朝可以轻而易举地复辟。然而，这些自信的人却忽略了一个事实，那就是如今不是菲特烈大帝时代，普军的后勤、武器装备大多停留在50年前菲特烈大帝时代的水平，其战术思想仍固守传统的“线式战术”那一套，僵硬的队形、迟缓的动作和有顺序的排枪仍被认为是战无不胜的，而对法军宽松的队形和比较放任的射击纪律不屑一顾。普军对于法国革命后法军所发展的机动性和战术弹性简直毫无所知。普军的将军亦多年老保守者，年轻有才干的人很难有机会破格提升。这些年老保守者一味以菲特烈时的老将自居，妄自骄矜，对新情况，新战术漠不关心，且又重视排场、形式而不重实效。更为严重的是普将之间互不服气，指挥难以统一，这必将导致行动迟缓，各行其事。所有这些，已预先决定了这场大战的胜负。
9月25日，拿破仑离开巴黎。3天后，抵达梅因兹。至此，他对敌人的行动、实力及作战计划不甚了解，他所知道的仅为萨克森和普鲁士缔结了同盟，他必须对付他们的联合兵力。法国陆军对这个新战场很不熟悉，因此，拿破仑坚持在尚未发动作战之前应尽量搜集一切有关地形的情报，他派工兵军官前去侦察从图林根森林通往普鲁士和萨克森的道路。10月1日，拿破仑写信给贝尔蒂埃说：“我希望你把曾作道路侦察的工兵军官留在符兹堡，因为我要亲自询问他们有关地形性质的问题。……在班堡要建立一个面包制造厂，能供给8万人4天的口粮。班堡为一切军事行动的中心。假使我们被岂不得不如此，则我想能在10日前发动进攻。”
实际上，此时的普军仍未有明确的作战计划。9月24日和25日，普军诸将会于瑙姆堡，商议作战计划。霍恩洛厄的意见是：布伦瑞克主力军团迂回图林根山，由法兰克福方向前进，以一部守备该山；自己率军越过法兰肯森林，经拜律寺、班堡前进；吕歇尔军在右翼游动，取守势。总司令布伦瑞克则认为：以霍恩洛厄军的一个师对付、牵制拜律寺方向的法军；其余的师均与主力会合，越过图林根山，经爱尔富特至维尔茨堡取攻势，切断法军交通线，奇袭其营地；吕歇尔军则向法兰克福大道前进，牵制东进的法军。两种方案引起了激烈争论，两位将军各执己见，互不相让。普王见此情景，只好将两种方案�